SAXSdb — 3kuq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho GTPase-activating protein 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1066–1275	片段：Rho-GAP domain	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；291 K；30% PEG-3350, 0.2M sodium chloride, 5% glycerol, 0.02M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KUQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DKY Solution structure of the SAM-domain of Rho-GTPase-activating protein 7 提交 2006-04-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–78（78 aa）片段：SAM-domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.08mM SAM DOMAIN, 20mM d-TRIS-HCL, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2GYT Solution structure of the SAM (sterile alpha motif) domain of DLC1 (deleted in liver cancer 1) 提交 2006-05-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）片段：sterile alpha motif (SAM) domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 1 NMR样品组成 1mM DLC1-SAM 15N, 13C-labaled; 50mM sodium phosphate buffer(pH 7.0); 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM DLC1-SAM 15N-labaled; 50mM sodium phosphate buffer(pH 7.0); 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KAP Solution structure of DLC1-SAM 提交 2008-11-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–76（60 aa）片段：sterile alpha motif (SAM) domain, UNP residues 17-76	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 5% [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM [U-100% 15N] DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 5% [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 5% [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 100 % D2O, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 100% D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LOZ The novel binding mode of DLC1 and Tensin2 PTB domain 提交 2012-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 811–824（14 aa）片段：UNP residues 811-824	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tensin2-1, 1.2-1.4 mM DLC1-2, 100 mM potassium phosphate-3, 100 mM potassium chloride-4, 1 mM EDTA-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.2-1.4 mM Tensin2-6, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-7, 100 mM potassium phosphate-8, 100 mM potassium chloride-9, 1 mM EDTA-10, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C] Tensin2-11, 1.2-1.4 mM DLC1-12, 100 mM potassium phosphate-13, 100 mM potassium chloride-14, 1 mM EDTA-15, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.2-1.4 mM Tensin2-16, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C] DLC1-17, 100 mM potassium phosphate-18, 100 mM potassium chloride-19, 1 mM EDTA-20, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
5FZT The crystal structure of R7R8 in complex with a DLC1 fragment. 提交 2016-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 467–489（23 aa）片段：TBS, UNP RESIDUES 467-489	未记录	MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；15% ETHANOL, 0.1 M TRIS PH 7.4 AT 4OC	分辨率 2.10 Å R-free 0.231

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RHG07_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–228； UniProt 1066–1275

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kuq
沉积日期 deposition_date	2009-11-27
结构标题 title	Crystal structure of the DLC1 RhoGAP domain
关键词 keywords	;Structural Genomics Consortium, GTPase activation, SGC, Alternative splicing, Cytoplasm, Phosphoprotein, Polymorphism, HYDROLASE ACTIVATOR ;; HYDROLASE ACTIVATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rho GTPase-activating protein 7
分子量 formula_weight	26038.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1542

MHHHHHHSSGRENLYFQGSVFGVPLTVNVQRTGQPLPQSIQQAMRYLRNHCLDQVGLFRKSGVKSRIQALRQMNEGAIDCVNYEGQSAYDVADMLKQYFRDLPEPLMTNKLSETFLQIYQYVPKDQRLQAIKAAIMLLPDENREVLQTLLYFLSDVTAAVKENQMTPTNLAVCLAPSLFHLNTLKRENSSPRVMQRKQSLGKPDQKDLNENLAATQGLAHMIAECKKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	30

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3kuqA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	555 — Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rho GTPase activation protein

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.577 Å
晶胞边长 b length_b	97.502 Å
晶胞边长 c length_c	92.577 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.750 Å
R 因子 r_factor	0.2182
R_work r_work	0.2162
R_free r_free	0.2603

Crystal structure of the DLC1 RhoGAP domain