SAXSdb — 3kyh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-capping enzyme subunit beta

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 241–549 链 B； UniProt 241–549	片段：Triphosphatase domain	mRNA-capping enzyme subunit alpha × 2 （Q01159）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；1.0 M ammonium citrate, 0.1 M sodium citrate, 1.0% PEG (polyethylene glycerol) 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KYH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D8H X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST RNA TRIPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH SULFATE AND MANGANESE IONS. 提交 1999-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 241–549（309 aa）链 B 241–549（309 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.34；295 K；0.1M MES, 38% SATURATED (NH4)2SO4, 5MM DTT STABILIZED IN 2.5M AMSO4 + BUFFER, 200MM MNCL2 IN STABILIZATION CONDITION FOR MANGANESE COMPLEX, pH 6.34, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.310
1D8H X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST RNA TRIPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH SULFATE AND MANGANESE IONS. 提交 1999-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 241–549（309 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.34；295 K；0.1M MES, 38% SATURATED (NH4)2SO4, 5MM DTT STABILIZED IN 2.5M AMSO4 + BUFFER, 200MM MNCL2 IN STABILIZATION CONDITION FOR MANGANESE COMPLEX, pH 6.34, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.310
1D8I X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST RNA TRIPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH A SULFATE ION. 提交 1999-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 241–549（309 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.34；295 K；0.1M MES, 38% SATURATED (NH4)2SO4, 5MM DTT STABILIZED IN 2.5M AMSO4 + BUFFER, pH 6.34, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.05 Å R-free 0.270
1D8I X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST RNA TRIPHOSPHATASE IN COMPLEX WITH A SULFATE ION. 提交 1999-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 241–549（309 aa）链 C 241–549（309 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.34；295 K；0.1M MES, 38% SATURATED (NH4)2SO4, 5MM DTT STABILIZED IN 2.5M AMSO4 + BUFFER, pH 6.34, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.05 Å R-free 0.270

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CET1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–310； UniProt 241–549 作者链 B； PDB构建体 2–310； UniProt 241–549

mRNA-capping enzyme subunit alpha

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q01159

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–459 链 D； UniProt 1–459	未记录	mRNA-capping enzyme subunit beta × 2 （O13297）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；1.0 M ammonium citrate, 0.1 M sodium citrate, 1.0% PEG (polyethylene glycerol) 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCE1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–461； UniProt 1–459 作者链 D； PDB构建体 3–461； UniProt 1–459

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kyh
沉积日期 deposition_date	2009-12-06
结构标题 title	Saccharomyces cerevisiae Cet1-Ceg1 capping apparatus
关键词 keywords	;Capping, RNA, 5' modification, triphosphatase, guanylyltransferase, complex, Hydrolase, mRNA capping, mRNA processing, Nucleus, Phosphoprotein, GTP-binding, Nucleotide-binding, Nucleotidyltransferase, Transferase, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.77 Å
零角强度 I(0) i0	327589000.00
分子量 molecular_weight	151810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	191350 Å³
包络体积 envelope_volume	285180 Å³
水化壳体积 shell_volume	53537 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.7 Å
壳层 Rg shell_rg	48.31 Å
包络 Rg envelope_rg	44.80 Å
形状 Rg shape_rg	45.75 Å
总 Rg total_rg	45.96 Å
总原子数 total_atoms	10696
残基数 n_residues	1326
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.7 Å
Rg (实空间) rg_real	45.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	327500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8524
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.378
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.539
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.895; Smooth: 0.409

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	mRNA-capping enzyme subunit beta
分子量 formula_weight	35525.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.33
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10696

MYKNVPIWAQKWKPTIKALQSINVKDLKIDPSFLNIIPDDDLTKSVQDWVYATIYSIAPELRSFIELEMKFGVIIDAKGPDRVNPPVSSQCVFTELDAHLTPNIDASLFKELSKYIRGISEVTENTGKFSIIESQTRDSVYRVGLSTQRPRFLRMSTDIKTGRVGQFIEKRHVAQLLLYSPKDSYDVKISLNLELPVPDNDPPEKYKSQSPISERTKDRVSYIHNDSCTRIDITKVENHNQNSKSRQSETTHEVELEINTPALLNAFDNITNDSKEYASLIRTFLNNGTIIRRKLSSLSYEIFEGSKKVM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	mRNA-capping enzyme subunit alpha
分子量 formula_weight	53030.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SLMVLAMESRVAPEIPGLIQPGNVTQDLKMMVCKLLNSPKPTKTFPGSQPVSFQHSDVEEKLLAHDYYVCEKTDGLRVLMFIVINPVTGEQGCFMIDRENNYYLVNGFRFPRLPQKKKEELLETLQDGTLLDGELVIQTNPMTKLQELRYLMFDCLAINGRCLTQSPTSSRLAHLGKEFFKPYFDLRAAYPNRCTTFPFKISMKHMDFSYQLVKVAKSLDKLPHLSDGLIFTPVKAPYTAGGKDSLLLKWKPEQENTVDFKLILDIPMVEDPSLPKDDRNRWYYNYDVKPVFSLYVWQGGADVNSRLKHFDQPFDRKEFEILERTYRKFAELSVSDEEWQNLKNLEQPLNGRIVECAKNQETGAWEMLRFRDDKLNGNHTSVVQKVLESINDSVSLEDLEEIVGDIKRCWDERRANMAGGSGRPLPSQSQNATLSTSKPVHSQPPSNDKEPKYVDEDDWSD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3kyha_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.63 — CYTH-like phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.63.1 — CYTH-like phosphatases
家族 Family family	d.63.1.1 — mRNA triphosphatase CET1

结构域编号 domain_id	d3kyhb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.63 — CYTH-like phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.63.1 — CYTH-like phosphatases
家族 Family family	d.63.1.1 — mRNA triphosphatase CET1

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3kyhA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mRNA triphosphatase Cet1-like

结构域编号 domain_id	3kyhB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mRNA triphosphatase Cet1-like

结构域编号 domain_id	3kyhC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	3kyhC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	3kyhD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

结构域编号 domain_id	3kyhD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	165.993 Å
晶胞边长 b length_b	165.993 Å
晶胞边长 c length_c	172.355 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.980 Å
R 因子 r_factor	0.2516
R_work r_work	0.2492
R_free r_free	0.2980

fit	/app/data/saxs_computation/ky/3kyh/3kyh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ky/3kyh/3kyh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ky/3kyh/3kyh.dat

Saccharomyces cerevisiae Cet1-Ceg1 capping apparatus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA-capping enzyme subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

mRNA-capping enzyme subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)