3kz4

Crystal Structure of the Rotavirus Double Layered Particle

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intermediate capsid protein VP6

Bovine rotavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	Inner capsid protein VP2 × 120 ZINC ION × 300	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Inner capsid protein VP2 × 2 ZINC ION × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 75	Inner capsid protein VP2 × 10 ZINC ION × 25	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Inner capsid protein VP2 × 12 ZINC ION × 30	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Inner capsid protein VP2 × 2 ZINC ION × 5	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	Inner capsid protein VP2 × 120 ZINC ION × 300	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP6_ROTBN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 D； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 E； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 F； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 G； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 H； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 I； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 J； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 K； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 L； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 M； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 N； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 O； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kz4
沉积日期 deposition_date	2009-12-07
结构标题 title	Crystal Structure of the Rotavirus Double Layered Particle
关键词 keywords	icosahedral virus, capsid, Core protein, RNA-binding, dsRNA virus, Metal-binding, Virion, Zinc, Rotavirus, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3kz4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3kz4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3kz4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	294.10 Å
总 Rg	293.80 Å
原子数	3246540
残基数	405120
排除体积	57659000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3kz4__assembly_1__model_1`	900-meric （900）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3kz4__assembly_2__model_1`	pentadecameric （15）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3kz4__assembly_3__model_1`	75-meric （75）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3kz4__assembly_4__model_1`	90-meric （90）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`3kz4__assembly_5__model_1`	pentadecameric （15）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`3kz4__assembly_6__model_1`	900-meric （900）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Inner capsid protein VP2
分子量 formula_weight	102595.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	54109

MAYRKRGARREANINNNDRMQEKDDEKQDQNNRMQLSDKVLSKKEEVVTDSQEEIKIADEVKKSTKEESKQLLEVLKTKEEHQKEIQYEILQKTIPTFEPKESILKKLEDIKPEQAKKQTKLFRIFEPRQLPIYRANGEKELRNRWYWKLKKDTLPDGDYDVREYFLNLYDQVLTEMPDYLLLKDMAVENKNSRDAGKVVDSETASICDAIFQDEETEGAVRRFIAEMRQRVQADRNVVNYPSILHPIDYAFNEYFLQHQLVEPLNNDIIFNYIPERIRNDVNYILNMDRNLPSTARYIRPNLLQDRLNLHDNFESLWDTITTSNYILARSVVPDLKELVSTEAQIQKMSQDLQLEALTIQSETQFLTGINSQAANDCFKTLIAAMLSQRTMSLDFVTTNYMSLISGMWLLTVVPNDMFIRESLVACQLAIVNTIIYPAFGMQRMHYRNGDPQTPFQIAEQQIQNFQVANWLHFVNNNQFRQVVIDGVLNQVLNDNIRNGHVINQLMEALMQLSRQQFPTMPVDYKRSIQRGILLLSNRLGQLVDLTRLLAYNYETLMACVTMNMQHVQTLTTEKLQLTSVTSLCMLIGNATVIPSPQTLFHYYNVNVNFHSNYNERINDAVAIITAANRLNLYQKKMKAIVEDFLKRLHIFDVARVPDDQMYRLRDRLRLLPVEVRRLDIFNLILMNMDQIERASDKIAQGVIIAYRDMQLERDEMYGYVNIARNLDGFQQINLEELMRTGDYAQITNMLLNNQPVALVGALPFVTDSSVISLIAKLDATVFAQIVKLRKVDTLKPILYKINSDSNDFYLVANYDWVPTSTTKVYKQVPQQFDFRNSMHMLTSNLTFTVYSDLLAFVSADTVEPINAVAFDNMRIMNEL

来源 Source

来源生物 organism	Bovine Rotavirus
通用名 common_name	RV-A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10934
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Intermediate capsid protein VP6
分子量 formula_weight	44922.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O

MDVLYSLSKTLKDARDKIVEGTLYSNVSDLIQQFNQMIITMNGNEFQTGGIGNLPIRNWNFDFGLLGTTLLNLDANYVETARNTIDYFVDFVDNVCMDEMVRESQRNGIAPQSDSLRKLSGLKFKRINFDNSSEYIENWNLQNRRQRTGFTFHKPNIFPYSASFTLNRSQPAHDNLMGTMWLNAGSEIQVAGFDYSCAINAPANTQQFEHIVQLRRVLTTATITLLPDAERFSFPRVINSADGATTWYFNPVILRPNNVEVEFLLNGQIINTYQARFGTIIARNFDTIRLSFQLMRPPNMTPAVAALFPNAQPFEHHATVGLTLRIESAVCESVLADASETMLANVTSVRQEYAIPVGPVFPPGMNWTDLITNYSPSREDNLQRVFTVASIRSMLVK

来源 Source

来源生物 organism	Bovine rotavirus
通用名 common_name	RV-A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10934
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

结构域编号 domain_id	3kz4C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4F01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4H01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4I01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4J01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4K01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4K02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4L01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4M01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4M02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4N01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4N02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kz4O01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3kz4O02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

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晶胞边长 a length_a	740.750 Å
晶胞边长 b length_b	1198.070 Å
晶胞边长 c length_c	1345.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3120

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.3280
R_free r_free	0.3390

Crystal Structure of the Rotavirus Double Layered Particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kz4__assembly_1__model_1

3kz4__assembly_1__model_1 | I(q)

3kz4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Rotavirus Double Layered Particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kz4__assembly_1__model_1

3kz4__assembly_1__model_1 | I(q)

3kz4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

7. 引用文献 (1)