SAXSdb — 3kzd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 841–930	片段：PDZ Domain 突变：Q844H	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaSCN, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.30 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KZD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3KZE Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in Complex With SSRKEYYA Peptide 提交 2009-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 841–930（90 aa）片段：PDZ Domain 链 B 841–930（90 aa）片段：PDZ Domain 链 C 841–930（90 aa）片段：PDZ Domain	突变：Q844H 突变：Q844H 突变：Q844H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Na2SO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.80 Å R-free 0.212
4GVC Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with phosphorylated Syndecan1 Peptide 提交 2012-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 841–930（90 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 841-930)	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1 M sodium acetate, 25% PEG4000, 8% isopropanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.54 Å R-free 0.200
4GVD Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with Syndecan1 Peptide 提交 2012-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 841–930（90 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 841-930)	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1 M MES, 20% PEG8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.243
4GVD Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with Syndecan1 Peptide 提交 2012-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 841–930（90 aa）片段：PDZ domain (UNP residues 841-930)	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1 M MES, 20% PEG8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.243
4K2O The Structure of a Triple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain 提交 2013-04-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 429–702（274 aa）片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702)	突变：K596A, K597A, K598A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris, 20% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.15 Å R-free 0.220
4K2P The Structure of a Quintuple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain 提交 2013-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 429–702（274 aa）片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702)	突变：K596A, K597A, K598A, M580L, M586L	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 19% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.98 Å R-free 0.236
4K2P The Structure of a Quintuple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain 提交 2013-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 429–702（274 aa）片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702)	突变：K596A, K597A, K598A, M580L, M586L	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 19% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.98 Å R-free 0.236
4K2P The Structure of a Quintuple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain 提交 2013-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 429–702（274 aa）片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702)	突变：K596A, K597A, K598A, M580L, M586L	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 19% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.98 Å R-free 0.236
4K2P The Structure of a Quintuple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain 提交 2013-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 429–702（274 aa）片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702)	突变：K596A, K597A, K598A, M580L, M586L	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 19% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.98 Å R-free 0.236
4NXP Crystal Structure of Free T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) 提交 2013-12-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 841–930（90 aa）片段：PDZ domain	突变：L911M, K912E, L915F, L920V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；1.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris, pH=8.5, 12% Glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
4NXQ Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Caspr4 Peptide 提交 2013-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 841–930（90 aa）片段：PDZ domain	突变：L911M, K912E, L915F, L920V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1M Magnesium chloride, 0.1M MES, pH=6.5, 20% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
4NXQ Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Caspr4 Peptide 提交 2013-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 841–930（90 aa）片段：PDZ domain	突变：L911M, K912E, L915F, L920V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1M Magnesium chloride, 0.1M MES, pH=6.5, 20% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
4NXQ Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Caspr4 Peptide 提交 2013-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 841–930（90 aa）片段：PDZ domain	突变：L911M, K912E, L915F, L920V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1M Magnesium chloride, 0.1M MES, pH=6.5, 20% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
4NXR Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Neurexin-1 Peptide 提交 2013-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 841–930（90 aa）片段：PDZ domain	突变：L911M, K912E, L915F, L920V	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1M Sodium acetate, 0.1M HEPES, pH=7.5, 22% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.195

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIAM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–94； UniProt 841–930

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kzd
沉积日期 deposition_date	2009-12-08
结构标题 title	Crystal Structure of Free T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain
关键词 keywords	;PDZ, CELL JUNCTION, CELL ADHESION, SIGNALING PROTEIN, TIAM1, Guanine nucleotide exchange factor, Guanine-nucleotide releasing factor, Lipoprotein, Myristate, Phosphoprotein, Polymorphism ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.25 Å
零角强度 I(0) i0	1791200.00
分子量 molecular_weight	9116.0 kDa
排除体积 excluded_volume	11505 Å³
包络体积 envelope_volume	13120 Å³
水化壳体积 shell_volume	9415 Å³
包络直径 envelope_diameter	42.5 Å
壳层 Rg shell_rg	17.67 Å
包络 Rg envelope_rg	12.60 Å
形状 Rg shape_rg	12.22 Å
总 Rg total_rg	13.70 Å
总原子数 total_atoms	642
残基数 n_residues	85
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	44.6 Å
Rg (实空间) rg_real	13.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7910e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9820e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1791000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8702
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.144
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.221
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	278000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.969

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3kzdA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.782 Å
晶胞边长 b length_b	44.782 Å
晶胞边长 c length_c	70.799 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	34.010 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2240

描述 description	T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1
分子量 formula_weight	10154.4 kDa
突变 mutation	Q844H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	754

Crystal Structure of Free T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	75

fit	/app/data/saxs_computation/kz/3kzd/3kzd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kz/3kzd/3kzd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kz/3kzd/3kzd.dat