SAXSdb — 3l2o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	F-box only protein 4 × 1 （Q9UKT5） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	F-box only protein 4 × 2 （Q9UKT5） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–163

F-box only protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9UKT5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	S-phase kinase-associated protein 1 × 2 （P63208） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FBX4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–312； UniProt 55–387

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3l2o
沉积日期 deposition_date	2009-12-15
结构标题 title	Structure-Based Mechanism of Dimerization-Dependent Ubiquitination by the SCFFbx4 Ubiquitin Ligase
关键词 keywords	small G protein fold, Ubl conjugation pathway, ubiquitin protein ligase, PROTEIN BINDING-CELL CYCLE complex; PROTEIN BINDING/CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3l2o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3l2o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3l2o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.27 Å
Rg（电子密度）	31.50 Å
总 Rg	31.83 Å
原子数	3349
残基数	419
排除体积	59858 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3l2o__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3l2o__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 1
分子量 formula_weight	16827.1 kDa
突变 mutation	deletion: 38-43, 70-81; P2A; insertion: GGSG between 69 and 82
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3425

MASIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPGGSGTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWCEEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	F-box only protein 4
分子量 formula_weight	35848.7 kDa
突变 mutation	deletion: 150-170
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AASTLTRLPIDVQLYILSFLSPHDLCQLGSTNHYWNETVRDPILWRYFLLRDLPSWSSVDWKSLPDLEILKKPISEVTDGAFFDYMAVYRMCCPYLIIQNEPRFAMFGPGLEELNTSLVLSLMSSEELCPTAGLPQRQIDGIGSGVNFQLNNQHKFNILILYSTTRKERDRAREEHTSAVNKMFSRHNEGDDQQGSRYSVIPQIQKVCEVVDGFIYVANAEAHKRHEWQDEFSHIMAMTDPAFGSSGRPLLVLSCISQGDVKRMPCFYLAHELHLNLLNHPWLVQDTEAETLTGFLNGIEWILEEVESKRAR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3l2oa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.1 — BTB/POZ domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3l2oA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3l2oB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3l2oB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	92.194 Å
晶胞边长 b length_b	92.194 Å
晶胞边长 c length_c	148.068 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2517
R_work r_work	0.2495
R_free r_free	0.2949

Structure-Based Mechanism of Dimerization-Dependent Ubiquitination by the SCFFbx4 Ubiquitin Ligase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

F-box only protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3l2o__assembly_1__model_1

3l2o__assembly_1__model_1 | I(q)

3l2o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure-Based Mechanism of Dimerization-Dependent Ubiquitination by the SCFFbx4 Ubiquitin Ligase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

F-box only protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3l2o__assembly_1__model_1

3l2o__assembly_1__model_1 | I(q)

3l2o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)