SAXSdb — 3l91

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl-homoserine lactone acylase pvdQ subunit alpha

Pseudomonas aeruginosa

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	1,2-ETHANEDIOL × 19 OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PVDQ_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–170； UniProt 24–193 作者链 B； PDB构建体 1–546； UniProt 217–762

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3l91
沉积日期 deposition_date	2010-01-04
结构标题 title	Structure of Pseudomonas aerugionsa PvdQ bound to octanoate
关键词 keywords	PvdQ, pyoverdine, acylase, NTN Hydrolase, Quorum sensing, Zymogen, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3l91__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3l91__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3l91__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.28 Å
Rg（电子密度）	25.99 Å
总 Rg	26.89 Å
原子数	5535
残基数	710
排除体积	97761 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3l91__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acyl-homoserine lactone acylase pvdQ subunit alpha
分子量 formula_weight	18592.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.97
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5982

DMPRPTGLAADIRWTAYGVPHIRAKDERGLGYGIGYAYARDNACLLAEEIVTARGERARYFGSEGKSSAELDNLPSDIFYAWLNQPEALQAFWQAQTPAVRQLLEGYAAGFNRFLREADGKTTSCLGQPWLRAIATDDLLRLTRRLLVEGGVGQFADALVAAAPPGAEKV

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Acyl-homoserine lactone acylase pvdQ subunit beta
分子量 formula_weight	60489.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.97
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SNAIAVGSERSADGKGMLLANPHFPWNGAMRFYQMHLTIPGRLDVMGASLPGLPVVNIGFSRHLAWTHTVDTSSHFTLYRLALDPKDPRRYLVDGRSLPLEEKSVAIEVRGADGKLSRVEHKVYQSIYGPLVVWPGKLDWNRSEAYALRDANLENTRVLQQWYSINQASDVADLRRRVEALQGIPWVNTLAADEQGNALYMNQSVVPYLKPELIPACAIPQLVAEGLPALQGQDSRCAWSRDPAAAQAGITPAAQLPVLLRRDFVQNSNDSAWLTNPASPLQGFSPLVSQEKPIGPRARYALSRLQGKQPLEAKTLEEMVTANHVFSADQVLPDLLRLCRDNQGEKSLARACAALAQWDRGANLDSGSGFVYFQRFMQRFAELDGAWKEPFDAQRPLDTPQGIALDRPQVATQVRQALADAAAEVEKSGIPDGARWGDLQVSTRGQERIAIPGGDGHFGVYNAIQSVRKGDHLEVVGGTSYIQLVTFPEEGPKARGLLAFSQSSDPRSPHYRDQTELFSRQQWQTLPFSDRQIDADPQLQRLSIRE

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)
分子量 formula_weight	144.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	379

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3l91A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	439 — Penicillin Amidohydrolase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Penicillin Amidohydrolase, domain 1

结构域编号 domain_id	3l91B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

结构域编号 domain_id	3l91B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	120 — Penicillin G acylase, beta-roll domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region

结构域编号 domain_id	3l91B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1400 — Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aminohydrolase, alpha-helical knob region

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晶胞边长 a length_a	120.289 Å
晶胞边长 b length_b	165.281 Å
晶胞边长 c length_c	93.998 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.660 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1684
R_work r_work	0.1675
R_free r_free	0.1854

Structure of Pseudomonas aerugionsa PvdQ bound to octanoate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl-homoserine lactone acylase pvdQ subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3l91__assembly_1__model_1

3l91__assembly_1__model_1 | I(q)

3l91__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Pseudomonas aerugionsa PvdQ bound to octanoate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl-homoserine lactone acylase pvdQ subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3l91__assembly_1__model_1

3l91__assembly_1__model_1 | I(q)

3l91__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)