SAXSdb — 3lcn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	mRNA transport factor GFD1 × 1 （Q04839） ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	mRNA transport factor GFD1 × 1 （Q04839） ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	mRNA transport factor GFD1 × 4 （Q04839） ZINC ION × 6 water × 8	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	mRNA transport factor GFD1 × 2 （Q04839） ZINC ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NAB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–105； UniProt 1–105 作者链 B； PDB构建体 1–105； UniProt 1–105

mRNA transport factor GFD1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q04839

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2 × 1 （P32505） ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2 × 1 （P32505） ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2 × 4 （P32505） ZINC ION × 6 water × 8	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2 × 2 （P32505） ZINC ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GFD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–29； UniProt 123–151 作者链 D； PDB构建体 1–29； UniProt 123–151

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3lcn
沉积日期 deposition_date	2010-01-11
结构标题 title	Nab2:Gfd1 complex
关键词 keywords	;nuclear mRNA export, Metal-binding, Nucleus, RNA-binding, Zinc-finger, Membrane, mRNA transport, Nuclear pore complex, Phosphoprotein, Protein transport, Translocation, Transport, NUCLEAR PROTEIN ;; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3lcn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3lcn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3lcn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.24 Å
Rg（电子密度）	14.62 Å
总 Rg	15.93 Å
原子数	1926
残基数	121
排除体积	17161 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3lcn__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3lcn__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3lcn__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3lcn__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
分子量 formula_weight	11461.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3920

MSQEQYTENLKVIVAEKLAGIPNFNEDIKYVAEYIVLLIVNGGTVESVVDELASLFDSVSRDTLANVVQTAFFALEALQQGESAENIVSKIRMMNAQSLGQSDIA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	mRNA transport factor GFD1
分子量 formula_weight	3543.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

KQDTASKMKLLKKKIEEQREILQKTHHKN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	89

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3lcnA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Nuclear abundant poly(A) RNA-bind protein 2, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3lcnB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Nuclear abundant poly(A) RNA-bind protein 2, N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	55.833 Å
晶胞边长 b length_b	121.762 Å
晶胞边长 c length_c	37.376 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.073 Å
R 因子 r_factor	0.1891
R_work r_work	0.1871
R_free r_free	0.2263

Nab2:Gfd1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

mRNA transport factor GFD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3lcn__assembly_1__model_1

3lcn__assembly_1__model_1 | I(q)

3lcn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Nab2:Gfd1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

mRNA transport factor GFD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3lcn__assembly_1__model_1

3lcn__assembly_1__model_1 | I(q)

3lcn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)