3lhb

THE 2.7 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYGENATED HEMOGLOBIN FROM THE SEA LAMPREY (PETROMYZON MARINUS)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (HEMOGLOBIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLB5_PETMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 C； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 D； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 E； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 F； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 G； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 H； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 I； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 J； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 K； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 L； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3lhb
沉积日期 deposition_date	1999-01-12
结构标题 title	THE 2.7 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYGENATED HEMOGLOBIN FROM THE SEA LAMPREY (PETROMYZON MARINUS)
关键词 keywords	HEMOGLOBIN, OXYGEN TRANSPORT, BOHR EFFECT, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3lhb__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3lhb__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3lhb__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.07 Å
Rg（电子密度）	20.02 Å
总 Rg	21.03 Å
原子数	2374
残基数	298
排除体积	42771 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3lhb__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3lhb__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3lhb__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3lhb__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3lhb__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3lhb__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3lhba_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3lhbl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3lhbA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3lhbL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

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晶胞边长 a length_a	59.630 Å
晶胞边长 b length_b	215.160 Å
晶胞边长 c length_c	75.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2320

描述 description	PROTEIN (HEMOGLOBIN)
分子量 formula_weight	16291.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	14244

THE 2.7 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYGENATED HEMOGLOBIN FROM THE SEA LAMPREY (PETROMYZON MARINUS)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (HEMOGLOBIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3lhb__assembly_6__model_1

3lhb__assembly_6__model_1 | I(q)

3lhb__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

THE 2.7 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF DEOXYGENATED HEMOGLOBIN FROM THE SEA LAMPREY (PETROMYZON MARINUS)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (HEMOGLOBIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3lhb__assembly_6__model_1

3lhb__assembly_6__model_1 | I(q)

3lhb__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (3)