3lms

Structure of human activated thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor, TAFIa, in complex with tick-derived funnelin inhibitor, TCI.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxypeptidase B2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Carboxypeptidase inhibitor × 1 （Q5EPH2） ZINC ION × 1 GLYCINE × 1 GLYCEROL × 4 CHLORIDE ION × 3 CALCIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBPB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–309； UniProt 115–423

Carboxypeptidase inhibitor

Rhipicephalus bursa

UniProt Q5EPH2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Carboxypeptidase B2 × 1 （Q96IY4） ZINC ION × 1 GLYCINE × 1 GLYCEROL × 4 CHLORIDE ION × 3 CALCIUM ION × 1 POTASSIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TCI1_RHIBU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–74； UniProt 23–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3lms
沉积日期 deposition_date	2010-02-01
结构标题 title	Structure of human activated thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor, TAFIa, in complex with tick-derived funnelin inhibitor, TCI.
关键词 keywords	;fibrinolysis, cogaulation, funnelin, alpha-beta-hydrolase, metallopeptidase, Alternative splicing, Carboxypeptidase, Disulfide bond, Glycoprotein, Hydrolase, Metal-binding, Metalloprotease, Polymorphism, Protease, Secreted, Zinc, Zymogen, Blood coagulation, Metalloenzyme inhibitor, Metalloprotease inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3lms__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3lms__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3lms__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.94 Å
Rg（电子密度）	19.89 Å
总 Rg	20.96 Å
原子数	3102
残基数	383
排除体积	55106 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3lms__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carboxypeptidase B2
分子量 formula_weight	35835.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.20
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3190

ASASYYEQYHSLNEIYSWIEFITERHPDMLTKIHIGSSFEKYPLYVLKVSGKEQAAKNAIWIDCGIHAREWISPAFCLWFIGHITQFYGIIGQYTNLLRLVDFYVMPVVNVDGYDYSWKKNRMWRKNRSFYANNHCIGTDLNRNFASKHWCEEGASSSSCSETYCGLYPESEPEVKAVASFLRRNINQIKAYISMHSYSQHIVFPYSYTRSKSKDHEELSLVASEAVRAIEKTSKNTRYTHGHGSETLYLAPGGGDDWIYDLGIKYSFTIELRDTGTYGFLLPERYIKPTCREAFAAVSKIAWHVIRNV

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Carboxypeptidase inhibitor
分子量 formula_weight	7807.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NECVSKGFGCLPQSDCPQEARLSYGGCSTVCCDLSKLTGCKGKGGECNPLDRQCKELQAESASCGKGQKCCVWL

来源 Source

来源生物 organism	Rhipicephalus bursa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	67831
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	88

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3lmsa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3lmsb1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.9 — Defensin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.9.1 — Defensin-like
家族 Family family	g.9.1.3 — Tick carboxypeptidase inhibitor-like

结构域编号 domain_id	d3lmsb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.9 — Defensin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.9.1 — Defensin-like
家族 Family family	g.9.1.3 — Tick carboxypeptidase inhibitor-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3lmsA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	3lmsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1680 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Carboxypeptidase inhibitor, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3lmsB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	20 — Anthopleurin-A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthopleurin-A

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晶胞边长 a length_a	157.180 Å
晶胞边长 b length_b	157.180 Å
晶胞边长 c length_c	57.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	46.180 Å
R 因子 r_factor	0.1858
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2162

Structure of human activated thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor, TAFIa, in complex with tick-derived funnelin inhibitor, TCI.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxypeptidase B2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Carboxypeptidase inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3lms__assembly_1__model_1

3lms__assembly_1__model_1 | I(q)

3lms__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of human activated thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor, TAFIa, in complex with tick-derived funnelin inhibitor, TCI.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxypeptidase B2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Carboxypeptidase inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3lms__assembly_1__model_1

3lms__assembly_1__model_1 | I(q)

3lms__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)