SAXSdb — 3m97

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c-552

Paracoccus denitrificans

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 38–176	片段：soluble domain with flexible linker segment (UNP residues 38-176)	HEC HEME C × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；20 % PEG 550 MME, 0.1 M Zinc sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.33 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3M97	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C7M SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE REDUCED STATE 提交 2000-03-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K NMR样品组成 20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O	分辨率未提供
1I6D SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE REDUCED STATE 提交 2001-03-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K NMR样品组成 20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O	分辨率未提供
1I6E SOLUTION STRUCTURE OF THE FUNCTIONAL DOMAIN OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C552 IN THE OXIDIZED STATE 提交 2001-03-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE FUNCTIONAL DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K NMR样品组成 20 MM PHOSPHATE, 90% H2O/ 10% D2O	分辨率未提供
1QL3 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state 提交 1999-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.40 Å R-free 0.242
1QL3 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state 提交 1999-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.40 Å R-free 0.242
1QL3 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state 提交 1999-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.40 Å R-free 0.242
1QL3 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the reduced state 提交 1999-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.40 Å R-free 0.242
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
1QL4 Structure of the soluble domain of cytochrome c552 from Paracoccus denitrificans in the oxidised state 提交 1999-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 78–176（99 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.268

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY552_PARDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 2–140； UniProt 38–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3m97
沉积日期 deposition_date	2010-03-20
结构标题 title	Structure of the soluble domain of cytochrome c552 with its flexible linker segment from Paracoccus denitrificans
关键词 keywords	;Electron transport chain (cytochrome), Electron transfer, P. denitrificans, electron donor, Cell membrane, Electron transport, Heme, Iron, Membrane, Metal-binding, Transmembrane, Transport ;; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.80 Å
零角强度 I(0) i0	3820200.00
分子量 molecular_weight	13195.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16161 Å³
包络体积 envelope_volume	18560 Å³
水化壳体积 shell_volume	11567 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.6 Å
壳层 Rg shell_rg	19.49 Å
包络 Rg envelope_rg	14.38 Å
形状 Rg shape_rg	13.72 Å
总 Rg total_rg	15.17 Å
总原子数 total_atoms	913
残基数 n_residues	118
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.9 Å
Rg (实空间) rg_real	15.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7770e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8711
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.234
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	636000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c-552
分子量 formula_weight	14515.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	1140

MGHGAEGEEHAQAYTYPVESAGGAEGEAVDEGPDFATVLASADPAAGEKVFGKCKACHKLDGNDGVGPHLNGVVGRTVAGVDGFNYSDPMKAHGGDWTPEALQEFLTNPKAVVKGTKMAFAGLPKIEDRANLIAYLEGQQ

来源 Source

来源生物 organism	Paracoccus denitrificans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	266
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	227

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3m97X00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.376 Å
晶胞边长 b length_b	38.991 Å
晶胞边长 c length_c	93.014 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.332 Å
最低分辨率 resolution_low	29.130 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.1996
R_free r_free	0.2291

fit	/app/data/saxs_computation/m9/3m97/3m97.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m9/3m97/3m97.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m9/3m97/3m97.dat

Structure of the soluble domain of cytochrome c552 with its flexible linker segment from Paracoccus denitrificans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c-552

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution