SAXSdb — 3mf7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

coryneform bacterium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–150	片段：UNP residues 2-118 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：hanging drop；pH 4.6；298 K；three micro liter of 15.6mg/mL cis-CaaD protein sample mixed with three micro liter crystallization solution: 0.125 M CaCl2, 0.07 M sodium acetate buffer, 12.5% isopropanol, hanging drop, temperature 298K, pH 4.6	分辨率 1.65 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MF7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3MF8 Crystal Structure of Native cis-CaaD 提交 2010-04-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）片段：UNP residues 2-118	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 9；298 K；three micro liter of 14 mg/mL cis-CaaD protein sample mixed with three micro liter crystallization solution: 8 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bicine buffer (pH 9.0), hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.01 Å R-free 0.236
9NF1 cis-CaaD E114D mutant 提交 2025-02-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	突变：E114D 突变：E114D 突变：E114D	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,351	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
9NF3 cis-CaaD E114D mutant with a covalent ethylene intermediate of the hydration and decarboxylation of cis-3-chloroacrylic acid 提交 2025-02-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	突变：E114D 突变：E114D 突变：E114D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,353	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
9NF9 cis-CaaD E114N mutant apo 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–150（150 aa）链 B 1–150（150 aa）链 C 1–150（150 aa）	突变：E114N 突变：E114N 突变：E114N	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；(0.03 M citric acid, 0.07 M BIS-TRIS propane) pH 7.6	分辨率 2.51 Å R-free 0.290
9NFD cis-CaaD E114N mutant with acetylenecarboxylic acid substrate and hydration product malonic semialdehyde 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	未记录	FK2 3-oxidanylidenepropanoic acid × 2 A1BXY prop-2-ynoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.05 M citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane) pH 6 17% w/v PEG 3,355	分辨率 2.30 Å R-free 0.276
9NFF Native cis-CaaD with acetylenecarboxylic acid substrate 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	未记录	A1BXY prop-2-ynoic acid × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium tartrate dibasic, 20% w/v PEG 3,353	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
9NFH Native cis-CaaD 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.18 M ammonium acetate 16% PEG 3,352	分辨率 1.32 Å R-free 0.213
9NG4 cis-CaaD Y103F mutant apo 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	突变：Y103F 突变：Y103F 突变：Y103F	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M sodium fluoride 20% w/v PEG 3,350	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
9NG5 cis-CaaD Y103F mutant soaked with acetylencarboxylic acid 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M magnesium sulfate hep-tahydrate 20% w/v PEG 3,350	分辨率 2.28 Å R-free 0.354
9NG7 cis-CaaD H28A mutant 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium acetate 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
9NG8 cis-CaaD T34A mutant apo 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–150（150 aa）链 B 1–150（150 aa）链 C 1–150（150 aa）	突变：T34A 突变：T34A 突变：T34A	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,350	分辨率 2.51 Å R-free 0.283
9NG9 cis-CaaD T34A mutant soaked with acetylenecarboxylic acid 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–150（150 aa）链 B 1–150（150 aa）链 C 1–150（150 aa）	突变：T34A 突变：T34A 突变：T34A	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,350	分辨率 2.35 Å R-free 0.280
9NGA cis-CaaD T34A mutant soaked with cis-3-chloroacrylic acid 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	突变：T34A 突变：T34A 突变：T34A	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,350	分辨率 2.40 Å R-free 0.308
9NGB truncated cis-CaaD 提交 2025-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–120（119 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.301
9NGD cis-CaaD/Cg10062 chimera 提交 2025-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–120（119 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M lithium chloride 20% w/v PEG 3,350	分辨率 2.70 Å R-free 0.336
9NGL cis-CaaD E114Q 提交 2025-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	突变：E114Q 突变：E114Q 突变：E114Q	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；(0.05 M citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane) pH 5 20% w/v PEG 3,354	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
9O2N cis-CaaD Y103F mutant soaked with cis-3-chloroacrylic acid 提交 2025-04-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M sodium fluoride 20% w/v PEG 3,350	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
9YRI cis-CaaD E114Q mutant with covalent intermediates of the hydration and decarboxylation of acetylenecarboxylic acid 提交 2025-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	突变：E114Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E114Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E114Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；(0.05 citric acid, 0.05 BIS-TRIS propane) pH 5 20% w/v PEG 3,352	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
9YRJ Cis-CaaD E114Q mutant with a covalent hydroxypropionate intermediate of the hydration of acetylenecarboxylic acid 提交 2025-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	突变：E114Q 突变：E114Q 突变：E114Q	3OH 3-HYDROXY-PROPANOIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；(0.05 M citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane) pH 5 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.93 Å R-free 0.240
9YTU cis-CaaD E114D mutant with a covalent intermediates of the hydration of acetylenecarboxylic acid 提交 2025-10-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–150（149 aa）链 B 2–150（149 aa）链 C 2–150（149 aa）	突变：E114D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E114D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E114D	A1BXY prop-2-ynoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 M ammonium sulfate 20% w/v PEG 3,360	分辨率 2.51 Å R-free 0.260

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6VPE5_9CORY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 2–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mf7
沉积日期 deposition_date	2010-04-01
结构标题 title	Crystal Structure of (R)-oxirane-2-carboxylate inhibited cis-CaaD
关键词 keywords	beta-alpha-beta motif, tautomerase, dehalogenase, cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase, Isomerase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.59 Å
零角强度 I(0) i0	3566510.00
分子量 molecular_weight	13071.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16217 Å³
包络体积 envelope_volume	18980 Å³
水化壳体积 shell_volume	11492 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.4 Å
壳层 Rg shell_rg	19.74 Å
包络 Rg envelope_rg	14.83 Å
形状 Rg shape_rg	14.58 Å
总 Rg total_rg	15.64 Å
总原子数 total_atoms	923
残基数 n_residues	117
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.5 Å
Rg (实空间) rg_real	15.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5670e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2670e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3567000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7463
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.461
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	588900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.962

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3mf7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.783 Å
晶胞边长 b length_b	96.783 Å
晶胞边长 c length_c	96.783 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2220

描述 description	Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase
分子量 formula_weight	16732.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.8.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1040

Crystal Structure of (R)-oxirane-2-carboxylate inhibited cis-CaaD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	coryneform bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1728
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

fit	/app/data/saxs_computation/mf/3mf7/3mf7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mf/3mf7/3mf7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mf/3mf7/3mf7.dat