3mft

CASK-4M CaM Kinase Domain, Mn2+

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peripheral plasma membrane protein CASK

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–337	片段：CASK-4M CaM kinase domain, residues 1-337 突变：Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5 % (v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MFT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KGD Crystal Structure of the Guanylate Kinase-like Domain of Human CASK 提交 2001-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 734–909（176 aa）片段：guanylate kinase like domain	未记录	FMT FORMIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；sodium formate, potassium chloride, magnesium chloride, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.31 Å R-free 0.212
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 487–572（86 aa）片段：PDZ DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K	分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 487–572（86 aa）片段：PDZ DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K	分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 487–572（86 aa）片段：PDZ DOMAIN 链 B 487–572（86 aa）片段：PDZ DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K	分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 487–572（86 aa）片段：PDZ DOMAIN 链 B 487–572（86 aa）片段：PDZ DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K	分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1KWA HUMAN CASK/LIN-2 PDZ DOMAIN 提交 1998-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 487–572（86 aa）片段：PDZ DOMAIN 链 B 487–572（86 aa）片段：PDZ DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 1.8M AMMONIUM SULFATE AND 100MM MES PH 6.5 AT 21 DEGREES C., temperature 294K	分辨率 1.93 Å R-free 0.298
1ZL8 NMR structure of L27 heterodimer from C. elegans Lin-7 and H. sapiens Lin-2 scaffold proteins 提交 2005-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 403–456（54 aa）片段：L27 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 2mM Lin-7/Lin-2C; 20mM HEPES, 5mM TCEP, 0.05% DSS, 0.05% sodium azide, 90% H2O, 10% D2O \| 90% D2O, 10% D2O	分辨率未提供
3C0G CASK CaM-Kinase Domain- 3'-AMP complex, P1 form 提交 2008-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）片段：CaM-Kinase Domain	未记录	3AM [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.270
3C0G CASK CaM-Kinase Domain- 3'-AMP complex, P1 form 提交 2008-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）片段：CaM-Kinase Domain	未记录	3AM [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.270
3C0H CASK CaM-Kinase Domain- AMPPNP complex, P1 form 提交 2008-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）片段：CaM-Kinase Domain	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
3C0H CASK CaM-Kinase Domain- AMPPNP complex, P1 form 提交 2008-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）片段：CaM-Kinase Domain	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
3C0I CASK CaM-Kinase Domain- 3'-AMP complex, P212121 form 提交 2008-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）片段：CaM-Kinase Domain	未记录	3AM [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5%(v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.234
3MFR CASK-4M CaM Kinase Domain, native 提交 2010-04-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）片段：CASK-4M CaM kinase domain, residues 1-337	突变：Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5 % (v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
3MFS CASK-4M CaM Kinase Domain, AMPPNP 提交 2010-04-03	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）片段：CASK-4M CaM kinase domain, rersidues 1-337	突变：Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5 % (v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.268
3MFU CASK-4M CaM Kinase Domain, AMPPNP-Mn2+ 提交 2010-04-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）片段：CASK-4M CaM kinase domain, residues 1-337	突变：Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；12.5 % (v/v) ethylene glycol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.234
3TAC Crystal Structure of the Liprin-alpha/CASK complex 提交 2011-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–345（345 aa）片段：UNP residues 1-345	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.4M ammonium sulfate, 0.2M NaCl, MES buffer, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
6KMH The crystal structure of CASK/Mint1 complex 提交 2019-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M KI, 20% PEG 3350, pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.224
6KMH The crystal structure of CASK/Mint1 complex 提交 2019-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–319（319 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2M KI, 20% PEG 3350, pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.224
6NH9 Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–187（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；291 K；30% v/v PEG 400 0.1M CAPS	分辨率 1.85 Å R-free 0.263
6NH9 Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 102–187（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；291 K；30% v/v PEG 400 0.1M CAPS	分辨率 1.85 Å R-free 0.263
6NH9 Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 102–187（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；291 K；30% v/v PEG 400 0.1M CAPS	分辨率 1.85 Å R-free 0.263
6NID Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain in complex with Neurexin-1 peptide 提交 2018-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 102–187（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.01M tri-sodium citrate 33% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.86 Å R-free 0.240
6NID Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain in complex with Neurexin-1 peptide 提交 2018-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 102–187（86 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.01M tri-sodium citrate 33% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.86 Å R-free 0.240
6NID Crystal structure of a human calcium/calmodulin dependent serine protein kinase (CASK) PDZ domain in complex with Neurexin-1 peptide 提交 2018-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 102–187（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.01M tri-sodium citrate 33% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.86 Å R-free 0.240
7OAI Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with PFE-PKIS12 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）	未记录	V5W 4-(Cyclopentylamino)-2-[(2,5-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.213
7OAI Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with PFE-PKIS12 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）	未记录	V5W 4-(Cyclopentylamino)-2-[(2,5-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.213
7OAI Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with PFE-PKIS12 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–337（337 aa）	未记录	V5W 4-(Cyclopentylamino)-2-[(2,5-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.213
7OAI Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with PFE-PKIS12 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–337（337 aa）	未记录	V5W 4-(Cyclopentylamino)-2-[(2,5-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.213
7OAJ Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 7 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）	未记录	V6E 4-(cyclopentylamino)-2-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% medium molecular weight PED Smears, 0.1 M magnesium acetate, 10% ethylene glycol, 0.1 M MES, pH 6.5	分辨率 1.93 Å R-free 0.224
7OAJ Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 7 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）	未记录	V6E 4-(cyclopentylamino)-2-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% medium molecular weight PED Smears, 0.1 M magnesium acetate, 10% ethylene glycol, 0.1 M MES, pH 6.5	分辨率 1.93 Å R-free 0.224
7OAJ Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 7 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–337（337 aa）	未记录	V6E 4-(cyclopentylamino)-2-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% medium molecular weight PED Smears, 0.1 M magnesium acetate, 10% ethylene glycol, 0.1 M MES, pH 6.5	分辨率 1.93 Å R-free 0.224
7OAJ Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 7 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–337（337 aa）	未记录	V6E 4-(cyclopentylamino)-2-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]-N-[3-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；9% medium molecular weight PED Smears, 0.1 M magnesium acetate, 10% ethylene glycol, 0.1 M MES, pH 6.5	分辨率 1.93 Å R-free 0.224
7OAK Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）	未记录	V6B 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclopentylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0	分辨率 2.23 Å R-free 0.264
7OAK Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）	未记录	V6B 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclopentylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0	分辨率 2.23 Å R-free 0.264
7OAK Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–337（337 aa）	未记录	V6B 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclopentylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0	分辨率 2.23 Å R-free 0.264
7OAK Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–337（337 aa）	未记录	V6B 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclopentylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0	分辨率 2.23 Å R-free 0.264
7OAL Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–337（337 aa）	未记录	V62 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclohexylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0	分辨率 2.17 Å R-free 0.274
7OAL Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–337（337 aa）	未记录	V62 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclohexylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0	分辨率 2.17 Å R-free 0.274
7OAL Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–337（337 aa）	未记录	V62 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclohexylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0	分辨率 2.17 Å R-free 0.274
7OAL Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 提交 2021-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–337（337 aa）	未记录	V62 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclohexylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293.15 K；9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0	分辨率 2.17 Å R-free 0.274
8Y68 the crystal structure of apo CASK-CaMK 提交 2024-02-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–332（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (v/v) PEG6000.	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
8Y68 the crystal structure of apo CASK-CaMK 提交 2024-02-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–332（332 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (v/v) PEG6000.	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
9KYS the Ca2+/CaM-CASK-ARD complex 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 287–332（46 aa）链 D 287–332（46 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；magnesium chloride, PEG 3350	分辨率 1.76 Å R-free 0.231
9M5Y the crystal structure of the Ca2+/CaM-CASK-CaMK complex 提交 2025-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–332（332 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.0, 10% (v/v) PEG 6000.	分辨率 1.80 Å R-free 0.197
9M6G the crystal structure of the Ca2+/CaM-CASK-CaMK-Mint1-CID complex 提交 2025-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–319（319 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MLI MALONATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；289 K；0.1 M Sodium malonate, pH 5.0, 12% (v/v) PEG 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.187

共 21 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSKP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–351； UniProt 1–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mft
沉积日期 deposition_date	2010-04-03
结构标题 title	CASK-4M CaM Kinase Domain, Mn2+
关键词 keywords	Catalytic mechanism, kinase catalysis, Mg2+-mediated phosphate transfer, protein kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.73 Å
零角强度 I(0) i0	19795000.00
分子量 molecular_weight	34328.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43276 Å³
包络体积 envelope_volume	51168 Å³
水化壳体积 shell_volume	21562 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.3 Å
壳层 Rg shell_rg	26.36 Å
包络 Rg envelope_rg	19.95 Å
形状 Rg shape_rg	19.72 Å
总 Rg total_rg	20.66 Å
总原子数 total_atoms	2414
残基数 n_residues	302
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8972
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.371
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4658000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3mfta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3mftA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3mftA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.943 Å
晶胞边长 b length_b	61.811 Å
晶胞边长 c length_c	101.463 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2135
R_work r_work	0.2105
R_free r_free	0.2700

描述 description	Peripheral plasma membrane protein CASK
分子量 formula_weight	39291.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	Pro22Ala, His145Glu, Gly162Asp, Cys146Asn
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2563

CASK-4M CaM Kinase Domain, Mn2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peripheral plasma membrane protein CASK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	138

fit	/app/data/saxs_computation/mf/3mft/3mft.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mf/3mft/3mft.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mf/3mft/3mft.dat