3mmo

Structure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase in complex with cyanide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eight-heme nitrite reductase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	HEME C × 48 CYANIDE ION × 6 CALCIUM ION × 12 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 9 TETRAETHYLENE GLYCOL × 45 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 SODIUM ION × 18 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5F2I3_9GAMM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–525； UniProt 29–553 作者链 B； PDB构建体 1–525； UniProt 29–553

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mmo
沉积日期 deposition_date	2010-04-20
结构标题 title	Structure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase in complex with cyanide
关键词 keywords	alpha protein, eight hemes c, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3mmo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3mmo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3mmo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.84 Å
Rg（电子密度）	45.83 Å
总 Rg	46.07 Å
原子数	44226
残基数	3108
排除体积	477170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3mmo__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eight-heme nitrite reductase
分子量 formula_weight	59491.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	16063

EPGENLKPVDAMQCFDCHTQIEDMHTVGKHATVNCVHCHDATEHVETASSRRMGERPVTRMDLEACATCHTAQFNSFVEVRHESHPRLEKATPTSRSPMFDKLIAGHGFAFEHAEPRSHAFMLVDHFVVDRAYGGRFQFKNWQKVTDGMGAVRGAWTVLTDADPESSDQRRFLSQTATAANPVCLNCKTQDHILDWAYMGDEHEAAKWSRTSEVVEFARDLNHPLNCFMCHDPHSAGPRVVRDGLINAVVDRGLGTYPHDPVKSEQQGMTKVTFQRGREDFRAIGLLDTADSNVMCAQCHVEYNCNPGYQLSDGSRVGMDDRRANHFFWANVFDYKEAAQEIDFFDFRHATTGAALPKLQHPEAETFWGSVHERNGVACADCHMPKVQLENGKVYTSHSQRTPRDMMGQACLNCHAEWTEDQALYAIDYIKNYTHGKIVKSEYWLAKMIDLFPVAKRAGVSEDVLNQARELHYDAHLYWEWWTAENSVGFHNPDQARESLMTSISKSKEAVSLLNDAIDAQVASR

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE
分子量 formula_weight	266.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1218

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3mmoA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3080 —

结构域编号 domain_id	3mmoA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

结构域编号 domain_id	3mmoA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3

结构域编号 domain_id	3mmoB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3080 —

结构域编号 domain_id	3mmoB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Flavocytochrome C3; Chain A

结构域编号 domain_id	3mmoB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3

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晶胞边长 a length_a	194.560 Å
晶胞边长 b length_b	194.560 Å
晶胞边长 c length_c	194.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	11.980 Å
R 因子 r_factor	0.1488
R_work r_work	0.1481
R_free r_free	0.1618

Structure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase in complex with cyanide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eight-heme nitrite reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mmo__assembly_1__model_1

3mmo__assembly_1__model_1 | I(q)

3mmo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase in complex with cyanide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eight-heme nitrite reductase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mmo__assembly_1__model_1

3mmo__assembly_1__model_1 | I(q)

3mmo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)