3mnz

Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide bearing Ala substitutions in a helical conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.6 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 126–239	片段：mouse Fv,human Fc	gp41 MPER-derived peptide × 1 ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN × 1 （S6B291） NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II, condition with 0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350. Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MNZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HZH CRYSTAL STRUCTURE OF THE INTACT HUMAN IGG B12 WITH BROAD AND POTENT ACTIVITY AGAINST PRIMARY HIV-1 ISOLATES: A TEMPLATE FOR HIV VACCINE DESIGN 提交 2001-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 132–239（108 aa）链 M 132–239（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295.5 K；NH4SO4, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1N0X Crystal Structure of a Broadly Neutralizing Anti-HIV-1 Antibody in Complex with a Peptide Mimotope 提交 2002-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 132–239（108 aa）片段：UNP residues 132-239 链 M 132–239（108 aa）片段：UNP residues 132-239	未记录	GOL GLYCEROL × 8 SO4 SULFATE ION × 4 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295.5 K；ammonium sulfate, lithium sulfate, CAPS buffer, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K	分辨率 1.80 Å R-free 0.252
3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–239（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 131–239（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
3CFJ Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, orthorhombic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% MPEG 2000, 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M ACETATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3CFK Crystal structure of catalytic elimination antibody 34E4, triclinic crystal form 提交 2008-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 131–239（109 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 1 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；33% PEG 2000, 0.2M CDCL2, 0.1M BIS- TRIS-PROPANE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 6.70	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–239（107 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3MNV Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment 提交 2010-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 133–239（107 aa）片段：FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 126–239（114 aa）片段：mouse Fv,human Fc	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.253
3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 126–239（114 aa）片段：mouse Fv,human Fc	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.253
3PGF Crystal structure of maltose bound MBP with a conformationally specific synthetic antigen binder (sAB) 提交 2010-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 132–239（108 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；19% PEG 3400, 8% Tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
4D9Q Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 130–238（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.28 Å R-free 0.230
4D9Q Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 130–238（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 7 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.28 Å R-free 0.230
4D9Q Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 130–238（109 aa）链 L 130–238（109 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 10 ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES pH 6.5, 25% PEG 550 MME, 0.01 M zinc sulfate and 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.28 Å R-free 0.230
4NUG Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT151 提交 2013-12-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 132–239（108 aa）	未记录	P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 3350, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K	分辨率 1.86 Å R-free 0.207
4NUJ Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT152 提交 2013-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–239（108 aa）	突变：N107K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293.15 K；40% PEG 600, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K	分辨率 1.83 Å R-free 0.210
4NWT Crystal structure of the anti-human NGF Fab APE1531 提交 2013-12-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 ACT ACETATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；12% PEG 20000, 0.1M NaCl, 0.1M MES pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.181
4NWU Crystal structure of APE1551, an anti-human NGF Fab with a nine amino acid insertion in CDR H1 提交 2013-12-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；16% PEG 6000, 0.1 M Citric acid pH6.0-7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.198
5VIY BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195 提交 2017-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 L 132–239（108 aa）链 N 132–239（108 aa）链 P 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.20 Å
5VJ6 BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies PG9 and 8ANC195 提交 2017-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 N 132–239（108 aa）链 P 132–239（108 aa）链 R 132–239（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 11.50 Å
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5VKK Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab 提交 2017-04-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol	分辨率 2.01 Å R-free 0.237
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 126–239（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 L 123–239（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500 0.1 M MES pH 6.2 0.00001 M phenol	分辨率 5.90 Å R-free 0.299
5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 L 123–239（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500 0.1 M MES pH 6.2 0.00001 M phenol	分辨率 5.90 Å R-free 0.299
5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 1 M NaCl 11% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.292
5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 1 M NaCl 11% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.292
5W42 Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Minnesota/11/2010 (H3N2) 提交 2017-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M MES (pH 5.0)	分辨率 3.57 Å R-free 0.228
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
5XRQ Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 提交 2017-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)	分辨率 2.60 Å R-free 0.214
6APD Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425 提交 2017-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 E 132–239（108 aa）链 G 132–239（108 aa）链 I 132–239（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000 10% 2-propanol 0.1 M sodium citrate pH 5.5	分辨率 4.10 Å R-free 0.256
6ARP Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment 提交 2017-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 132–239（108 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate, 1.6 M ammonium sulfate, 5% glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6ARP Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment 提交 2017-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–239（108 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate, 1.6 M ammonium sulfate, 5% glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6ARU Structure of Cetuximab Fab mutant in complex with EGFR extracellular domain 提交 2017-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；150 mM ammonium sulfate, 16.5% PEG3350, 10 mM cadmium chloride, 100 mM imidazole, 5% glycerol	分辨率 3.20 Å R-free 0.267
6BFT Structure of Bevacizumab Fab mutant in complex with VEGF 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 130–239（110 aa）链 L 130–239（110 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM MES, 6.0, 225 mM ammonium sulfate, 13% PEG4000, 10% isopropanol	分辨率 2.55 Å R-free 0.220
6BKC Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody AR3B 提交 2017-11-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 131–239（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；293 K；20% (w/v) PEG 3500, 0.2M Li-chloride	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
6DC4 RSV-neutralizing human antibody AM22 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 132–239（108 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2-Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DCQ Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab 提交 2018-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 L 132–239（108 aa）链 N 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent removed with Biobeads prior to grid freezing cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 0 Blot time 5 sec	分辨率 3.10 Å
6E4X Human antibody S5V2-29 in complex with influenza hemagglutinin A/Texas/50/2012 (H3N2) 提交 2018-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 122–239（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；100 mM magnesium sulfate, 100 mM PIPES, pH 6.0, 30% PEG400	分辨率 2.25 Å R-free 0.225
6NZ7 Crystal structure of broadly neutralizing Influenza A antibody 429 B01 in complex with Hemagglutinin Hong Kong 1968 提交 2019-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；10 % PEG8000 (w/v), 100 mM Tris/Cl, pH 8.5 and 7.5 % 1,6-hexanediol (w/v)	分辨率 2.95 Å R-free 0.267
6NZ7 Crystal structure of broadly neutralizing Influenza A antibody 429 B01 in complex with Hemagglutinin Hong Kong 1968 提交 2019-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；300 K；10 % PEG8000 (w/v), 100 mM Tris/Cl, pH 8.5 and 7.5 % 1,6-hexanediol (w/v)	分辨率 2.95 Å R-free 0.267
6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate	分辨率 3.20 Å R-free 0.299
6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate	分辨率 3.20 Å R-free 0.299
6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 131–239（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate	分辨率 3.20 Å R-free 0.299
6UC5 Fab397 in complex with NPNA peptide 提交 2019-09-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 122–238（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M HEPES, pH 6.62, 22% w/v PEG4000	分辨率 1.75 Å R-free 0.225
7CZQ S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P2B-1A10 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 122–239（118 aa）链 N 122–239（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7CZR S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_2B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 130–239（110 aa）链 N 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7CZS S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_3B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 K 130–239（110 aa）链 M 130–239（110 aa）链 N 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7CZU S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_2B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 122–239（118 aa）链 N 122–239（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7CZV S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_3B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 K 122–239（118 aa）链 M 122–239（118 aa）链 N 122–239（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7CZX S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B9 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 K 130–239（110 aa）链 M 130–239（110 aa）链 N 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7D00 S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with FabP5A-1B8 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 130–239（110 aa）链 N 130–239（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 39 个其他 PDB 条目、66 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8TCD0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 109–222； UniProt 126–239

ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN

Homo sapiens

UniProt S6B291

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 133–241	片段：mouse Fv,human Fc	gp41 MPER-derived peptide × 1 ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN × 1 （Q8TCD0） NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II, condition with 0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350. Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 3MNZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 133–241（109 aa）片段：mouse Fv,human Fc	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.253
3MNW Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide in a helical conformation 提交 2010-04-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 133–241（109 aa）片段：mouse Fv,human Fc	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；Reservoir: Qiagen Classics II screen H10 (0.2 M K Na tartrate, 20% PEG 3350). Drop: 0.6 uL protein + 0.4 uL reservoir., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.253
4EOW Crystal structure of a disease-associated anti-human GM-CSF autoantibody MB007 提交 2012-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 137–237（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.4；277 K；19% PEG 4000, 0.1M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.97 Å R-free 0.257
4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 132–241（110 aa）片段：HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN	突变：YES,YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 132–241（110 aa）片段：HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 HEAVY CHAIN	突变：YES,YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5C7K Crystal structure BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer bound to broadly neutralizing antibodies PGT128 and 8ANC195 提交 2015-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 129–240（112 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；280 K；0.05 M lithium sulfate, 0.05 M sodium sulfate, 26% (w/v) PEG 400 and 0.1 M Tris-HCl pH 8.3	分辨率 4.60 Å R-free 0.295
5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 20–239（220 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate	分辨率 3.20 Å R-free 0.278
5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 20–239（220 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate	分辨率 3.20 Å R-free 0.278
5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 20–239（220 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate	分辨率 3.20 Å R-free 0.278
5CUS Crystal Structure of sErbB3-Fab3379 Complex 提交 2015-07-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 20–239（220 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 3350, Ammonium Citrate, Sodium Thiocyanate	分辨率 3.20 Å R-free 0.278
5D9Q Crystal Structure of the BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer in Complex with the Broadly Neutralizing Fab PGT122 and scFv NIH45-46 提交 2015-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 F 132–239（108 aa）链 H 132–239（108 aa）链 N 132–239（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.0	分辨率 4.40 Å R-free 0.320
5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 126–243（118 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate	分辨率 2.34 Å R-free 0.252
5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 126–243（118 aa）	未记录	A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate	分辨率 2.34 Å R-free 0.252
5VIC Crystal structure of anti-Zika antibody Z004 bound to DENV-1 Envelope protein DIII 提交 2017-04-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 126–242（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；295 K；0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 30% w/v PEG 1500	分辨率 3.00 Å R-free 0.286
5VIG Crystal structure of anti-Zika antibody Z006 bound to Zika virus envelope protein DIII 提交 2017-04-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 129–242（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；10% isopropanol, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 26% PEG 400	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
5VIG Crystal structure of anti-Zika antibody Z006 bound to Zika virus envelope protein DIII 提交 2017-04-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 129–242（114 aa）	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；10% isopropanol, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 26% PEG 400	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
5VIY BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195 提交 2017-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 H 137–236（100 aa）链 J 137–236（100 aa）链 K 137–237（101 aa）链 M 137–237（101 aa）链 O 137–237（101 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.20 Å
5VJ6 BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies PG9 and 8ANC195 提交 2017-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 M 137–237（101 aa）链 O 137–237（101 aa）链 Q 137–237（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 11.50 Å
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 132–239（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 132–239（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 132–239（108 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VL3 CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab 提交 2017-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 132–239（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL	分辨率 3.10 Å R-free 0.295
5VOB Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21 提交 2017-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 126–241（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；10% (wt/vol) PEG400 10% isopropanol 2% (wt/vol) benzamidine 0.1M Tris pH 8.2	分辨率 3.02 Å R-free 0.237
5VOC Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 8I21 - Low resolution dataset for initial phasing by SAD 提交 2017-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 126–241（116 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；10% (wt/vol) PEG400 10% isopropanol 2% (wt/vol) benzamidine 0.1M Tris pH 8.2	分辨率 3.99 Å R-free 0.276
5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 132–241（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500 0.1 M MES pH 6.2 0.00001 M phenol	分辨率 5.90 Å R-free 0.299
5VOD Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 提交 2017-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 132–241（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；10% (wt/vol) PEG methyl ether 500 0.1 M MES pH 6.2 0.00001 M phenol	分辨率 5.90 Å R-free 0.299
5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 1 M NaCl 11% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.292
5VQM Clostridium difficile TcdB-GTD bound to PA41 Fab 提交 2017-05-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 126–239（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 1 M NaCl 11% PEG3350	分辨率 2.79 Å R-free 0.292
6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 125–238（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.227
6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 125–238（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.227
6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 125–238（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.228
6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 125–238（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.228
6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 125–238（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.222
6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 125–238（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.222
6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 125–238（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.213
6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 125–238（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.213
6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 125–238（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.216
6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 125–238（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate	分辨率 2.48 Å R-free 0.216
6B9Z Trastuzumab Fab v3 提交 2017-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 125–239（115 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG3350	分辨率 1.82 Å R-free 0.189
6BAE Trastuzumab Fab v3 in complex with CQFDLSTRRLKC 提交 2017-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 125–239（115 aa）	突变：A175C, R217K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350	分辨率 2.14 Å R-free 0.224
6DCQ Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab 提交 2018-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 134–241（108 aa）链 M 134–241（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Detergent removed with Biobeads prior to grid freezing cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 0 Blot time 5 sec	分辨率 3.10 Å
6OKP B41 SOSIP.664 in complex with the silent-face antibody SF12 and V3-targeting antibody 10-1074 提交 2019-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 K 138–243（106 aa）链 M 126–243（118 aa）链 O 126–243（118 aa）链 Q 126–243（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids	分辨率 3.28 Å
6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 125–243（119 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 125–243（119 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 125–243（119 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 125–243（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
6UTE Crystal structure of Z032 Fab in complex with WNV EDIII 提交 2019-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 125–243（119 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium bromide, 20% w/v polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
6VTU DH717.1 Fab monomer in complex with man9 glycan 提交 2020-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 137–237（101 aa）片段：FAB,FAB	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 30% PEG4000	分辨率 2.61 Å R-free 0.224

共 27 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S6B291_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 111–219； UniProt 133–241

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mnz
沉积日期 deposition_date	2010-04-22
结构标题 title	Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide bearing Ala substitutions in a helical conformation
关键词 keywords	HIV-1, HIV gp41 MPER, 13H11, 2F5, Z13, 4E10, Fab antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.07 Å
零角强度 I(0) i0	38555000.00
分子量 molecular_weight	48267.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60393 Å³
包络体积 envelope_volume	75607 Å³
水化壳体积 shell_volume	25387 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.8 Å
壳层 Rg shell_rg	32.20 Å
包络 Rg envelope_rg	24.78 Å
形状 Rg shape_rg	25.05 Å
总 Rg total_rg	25.90 Å
总原子数 total_atoms	3404
残基数 n_residues	431
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.6 Å
Rg (实空间) rg_real	26.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38560000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9035
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.283
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.492
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5992000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	gp41 MPER-derived peptide
分子量 formula_weight	2328.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P
原子数 atom_count	3992

AQAKNAQELLELDKWASLWNX

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	24719.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

RLDIQLTQSPSSLAMSGGQKVTMRCKSSQSLLNSRNERNYLAWYQQKPGQSPKLLVYFASIRESGVPDRFIGSGSGTDFTLTISSVQAEDLADYFCLQHYNTPWTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	23521.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LQIQLVQSGPELKKPGETVKISCKASGYTFTDYSVHWVKQVPGKGLKWMGWINTETGEPTYADDFKGRFAFSLESSASTAYLEIHNLKNEDTATYFCALGWLHWGLGTTLTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	567

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3mnzA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3mnzA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3mnzB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3mnzB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.890 Å
晶胞边长 b length_b	121.692 Å
晶胞边长 c length_c	58.097 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	45.000 Å
R 因子 r_factor	0.1803
R_work r_work	0.1787
R_free r_free	0.2154

fit	/app/data/saxs_computation/mn/3mnz/3mnz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mn/3mnz/3mnz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mn/3mnz/3mnz.dat

Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment with a gp41 MPER-derived peptide bearing Ala substitutions in a helical conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)