SAXSdb — 3mo2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 4 7-[(5-aminopentyl)oxy]-N~4~-(1-benzylpiperidin-4-yl)-N~2~-[3-(dimethylamino)propyl]-6-methoxyquinazoline-2,4-diamine × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 4 7-[(5-aminopentyl)oxy]-N~4~-(1-benzylpiperidin-4-yl)-N~2~-[3-(dimethylamino)propyl]-6-methoxyquinazoline-2,4-diamine × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 4 7-[(5-aminopentyl)oxy]-N~4~-(1-benzylpiperidin-4-yl)-N~2~-[3-(dimethylamino)propyl]-6-methoxyquinazoline-2,4-diamine × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 4 7-[(5-aminopentyl)oxy]-N~4~-(1-benzylpiperidin-4-yl)-N~2~-[3-(dimethylamino)propyl]-6-methoxyquinazoline-2,4-diamine × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 8 7-[(5-aminopentyl)oxy]-N~4~-(1-benzylpiperidin-4-yl)-N~2~-[3-(dimethylamino)propyl]-6-methoxyquinazoline-2,4-diamine × 2 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	ZINC ION × 8 7-[(5-aminopentyl)oxy]-N~4~-(1-benzylpiperidin-4-yl)-N~2~-[3-(dimethylamino)propyl]-6-methoxyquinazoline-2,4-diamine × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EHMT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–285； UniProt 951–1235 作者链 B； PDB构建体 1–285； UniProt 951–1235 作者链 C； PDB构建体 1–285； UniProt 951–1235 作者链 D； PDB构建体 1–285； UniProt 951–1235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mo2
沉积日期 deposition_date	2010-04-22
结构标题 title	human G9a-like (GLP, also known as EHMT1) in complex with inhibitor E67
关键词 keywords	Epigenetics, Histone lysine methylation, enzymatic inhibition, lysine mimics, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3mo2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3mo2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3mo2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.80 Å
Rg（电子密度）	18.56 Å
总 Rg	19.59 Å
原子数	2060
残基数	255
排除体积	36227 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3mo2__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3mo2__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3mo2__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3mo2__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3mo2__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3mo2__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 5
分子量 formula_weight	32830.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8719

NSQVWSALQMSKALQDSAPDRPSPVERIVSRDIARGYERIPIPCVNAVDSEPCPSNYKYVSQNCVTSPMNIDRNITHLQYCVCIDDCSSSNCMCGQLSMRCWYDKDGRLLPEFNMAEPPLIFECNHACSCWRNCRNRVVQNGLRARLQLYRTRDMGWGVRSLQDIPPGTFVCEYVGELISDSEADVREEDSYLFDLDNKDGEVYCIDARFYGNVSRFINHHCEPNLVPVRVFMAHQDLRFPRIAFFSTRLIEAGEQLGFDYGERFWDIKGKLFSCRCGSPKCRHS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	7-[(5-aminopentyl)oxy]-N~4~-(1-benzylpiperidin-4-yl)-N~2~-[3-(dimethylamino)propyl]-6-methoxyquinazoline-2,4-diamine
分子量 formula_weight	549.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	397

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3mo2a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3mo2b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3mo2c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3mo2d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3mo2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	3mo2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	3mo2C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	3mo2D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

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晶胞边长 a length_a	59.700 Å
晶胞边长 b length_b	163.000 Å
晶胞边长 c length_c	69.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	31.830 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2480

human G9a-like (GLP, also known as EHMT1) in complex with inhibitor E67

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mo2__assembly_1__model_1

3mo2__assembly_1__model_1 | I(q)

3mo2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

human G9a-like (GLP, also known as EHMT1) in complex with inhibitor E67

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mo2__assembly_1__model_1

3mo2__assembly_1__model_1 | I(q)

3mo2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)