SAXSdb — 3mqy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SgraIR restriction enzyme

Streptomyces griseus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	;DNA (5'-D(GPAPGPTPCPCPA)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(PCPCPGPGPTPGPGPAPCPTPC)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 6 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9F6L0_STRGR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–338； UniProt 2–339 作者链 B； PDB构建体 1–338； UniProt 2–339

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mqy
沉积日期 deposition_date	2010-04-28
结构标题 title	SgrAI with cleaved DNA and Magnesium bound
关键词 keywords	RESTRICTION ENZYME-DNA COMPLEX, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3mqy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3mqy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3mqy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.36 Å
Rg（电子密度）	27.60 Å
总 Rg	28.25 Å
原子数	6067
残基数	712
排除体积	105110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3mqy__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SgraIR restriction enzyme
分子量 formula_weight	37941.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.4
突变 mutation	N63D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6425

PFTYSIEATRNLATTERCIQDIRNAPVRNRSTQFQLAQQNMLAYTFGEVIPGFASAGINGMDYRDVIGRPVENAVTEGTHFFRDDFRVDSNAKAKVAGDIFEIVSSAVMWNCAARWNSLMVGEGWRSQPRYSRPTLSPSPRRQVAVLNLPRSFDWVSLLVPESQEVIEEFRAGLRKDGLGLPTSTPDLAVVVLPEEFQNDEMWREEIAGLTRPNQILLSGAYQRLQGRVQPGEISLAVAFKRSLRSDRLYQPLYEANVMQLLLEGKLGAPKVEFEVHTLAPEGTNAFVTYEAASLYGLAEGRSAVHRAIRELYVPPTAADLARRFFAFLNERMELVNG

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces griseus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1911
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPTPCPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2122.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E

GAGTCCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPGPGPTPGPGPAPCPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3350.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

CCGGTGGACTC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	318

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3mqyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3mqyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	59.163 Å
晶胞边长 b length_b	119.980 Å
晶胞边长 c length_c	69.857 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1989
R_work r_work	0.1962
R_free r_free	0.2493

SgrAI with cleaved DNA and Magnesium bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SgraIR restriction enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mqy__assembly_1__model_1

3mqy__assembly_1__model_1 | I(q)

3mqy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

SgrAI with cleaved DNA and Magnesium bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SgraIR restriction enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mqy__assembly_1__model_1

3mqy__assembly_1__model_1 | I(q)

3mqy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)