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3mxs

SHV-1 beta-lactamase complex with compound 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase SHV-1

Klebsiella pneumoniae

UniProt P0AD64

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 22–286 未记录 CZ9 N-[(dihydroxyboranyl)methyl]-Nalpha-[(4-ethyl-2,3-dioxopiperazin-1-yl)carbonyl]-D-tyrosinamide × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20-30% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.56Mm Cymal-6, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K 分辨率 1.24 Å R-free 0.194

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3MXS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2G2U Crystal Structure of the SHV-1 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) complex 提交 2006-02-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–286（265 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；293 K；30% Ammonium SO4,25mM cacodylate, 10mM BisTris, 25mM NaCl , pH 6.5, EVAPORATION, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.186
2G2W Crystal Structure of the SHV D104K Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) complex 提交 2006-02-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–286（265 aa）
突变：D104K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；293 K；4% PEG 8000, 25mM cacodylate, 10 mM BisTris, 25mM NaCl, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.222
2H0Y Crystal structure of the M69V E166A double mutant of SHV-1 b-lactamase complexed to sulbactam 提交 2006-05-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa）
突变：M69V, E166A TSL TRANS-ENAMINE INTERMEDIATE OF SULBACTAM × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 ESA ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES, 0.56mM Cymal-6. Crystal soaked for 10 minutes in 50mM sublactam prior to freezing and data collection, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
2H10 Crystal structure of the M69V E166A double mutant of SHV-1 b-lactamase complexed to tazobactam 提交 2006-05-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa）
突变：M69V, E166A TBE TAZOBACTAM INTERMEDIATE × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；20% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.56mM Cymal-6. Crystal soaked for 10 minutes in 50mM tazobactam prior to freezing and data collection, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.190
2ZD8 SHV-1 class A beta-lactamase complexed with meropenem 提交 2007-11-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa）
未记录 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 MER (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；25% PEG6000, 0.1M HEPES, CYMAL-6, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 1.05 Å R-free 0.168
3C4O Crystal Structure of the SHV-1 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) E73M/S130K/S146M complex 提交 2008-01-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–286（265 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；292 K；37.5% Ammonium Sulfate, 100mM Tris HCl, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.70 Å R-free 0.196
3C4P Crystal Structure of the SHV-1 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) E73M complex 提交 2008-01-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–286（265 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；292 K；37.5% Ammonium Sulfate, 100mM Tris HCl, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.75 Å R-free 0.207
3D4F SHV-1 beta-lactamase complex with LN1-255 提交 2008-05-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 LN1 (3R)-4-{[(3,4-dihydroxyphenyl)acetyl]oxy}-N-(2-formylindolizin-3-yl)-3-sulfino-D-valine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；30% PEG6000, 0.1M HEPES pH7. 0.56mM Cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.55 Å R-free 0.197
3MKE SHV-1 beta-lactamase complex with LP06 提交 2010-04-14 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa）
未记录 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 CB4 PINACOL[[2-AMINO-ALPHA-(1-CARBOXY-1-METHYLETHOXYIMINO)-4-THIAZOLEACETYL]AMINO]METHANEBORONATE × 1 CZ6 2-[(~{Z})-[1-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-2-oxidanylidene-2-[[(6~{S})-4,4,6-trimethyl-1,3,2-dioxaborinan-2-yl]methylamino]ethylidene]amino]oxy-2-methyl-propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20-30% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.56Mm Cymal-6, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.75 Å R-free 0.181
3MKF SHV-1 beta-lactamase complex with GB0301 提交 2010-04-14 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa）
未记录 CZ7 ({[(2R)-2-{[(4-ethyl-2,3-dioxo-3,4-dihydropyrazin-1(2H)-yl)carbonyl]amino}-2-(4-hydroxyphenyl)acetyl]amino}methyl)boronic acid × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20-30% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.56Mm Cymal-6, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.33 Å R-free 0.190
3MXR SHV-1 beta-lactamase complex with compound 1 提交 2010-05-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa）
未记录 CZ8 ({[(2R)-2-{[(4-ethyl-2,3-dioxopiperazin-1-yl)carbonyl]amino}-4-(4-hydroxyphenyl)butanoyl]amino}methyl)boronic acid × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20-30% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.56Mm Cymal-6, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.30 Å R-free 0.203
3N4I Crystal structure of the SHV-1 D104E beta-lactamase/beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) complex 提交 2010-05-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–286（265 aa）
突变：D104E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；40% ammonium sulfate, 100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.56 Å R-free 0.179
3OPH ESBL R164S mutant of SHV-1 beta-lactamase 提交 2010-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
突变：R164S MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；21-30% PEG 6000, 0.5mM cymal-6, 100mM HEPES buffer, pH 6.6-7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.34 Å R-free 0.190
3OPL ESBL R164H mutant SHV-1 beta-lactamase 提交 2010-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
突变：R164H MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；21-30% PEG 6000, 0.5mM cymal-6, 100mM HEPES buffer, pH 6.6-7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.228
3OPP ESBL R164S mutant of SHV-1 beta-lactamase complexed with SA2-13 提交 2010-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
突变：R164S SA2 (3R)-4-[(4-CARBOXYBUTANOYL)OXY]-N-[(1E)-3-OXOPROP-1-EN-1-YL]-3-SULFINO-D-VALINE × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；21-30% PEG 6000, 0.5mM cymal-6, 100mM HEPES buffer, pH 6.6-7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.80 Å R-free 0.192
3OPR ESBL R164H mutant of SHV-1 beta-lactamase complexed to SA2-13 提交 2010-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
突变：R164H MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 SA2 (3R)-4-[(4-CARBOXYBUTANOYL)OXY]-N-[(1E)-3-OXOPROP-1-EN-1-YL]-3-SULFINO-D-VALINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；21-30% PEG6000, 0.5mM cymal-6, 100mM HEPES buffer, pH 6.6-7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.65 Å R-free 0.211
4FCF K234R: apo structure of inhibitor resistant beta-lactamase 提交 2012-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa） 片段：unp residues 22-286
突变：K234R MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 TAU 2-AMINOETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；21-30% PEG6K, 0.1M Hepes pH 6.6-7.6, 0.56mM cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 1.09 Å R-free 0.150
4FD8 Structure of apo S70C SHV beta-lactamase 提交 2012-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa） 片段：unp residues 22-286
突变：S70C MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；21-30% PEG6k, 0.1M hepes pH 6.8-7.8, 0.56mM cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 1.52 Å R-free 0.197
4FH2 Structure of s70c beta-lactamase bound to sulbactam 提交 2012-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa） 片段：unp residues 22-286
突变：S70C MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 0RN SULBACTAM × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；21-30%PEG6k, 0.1M hepes, 0.56mM cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 1.44 Å R-free 0.220
4FH4 high-resolution structure of apo wt SHV-1 beta-lactamase 提交 2012-06-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa） 片段：unp residues 22-286
未记录 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；21-30% peg6k, 0.1M hepes, 0.56mM cymal-6, pH 6.8-7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 1.09 Å R-free 0.166
4GD6 SHV-1 beta-lactamase in complex with penam sulfone SA1-204 提交 2012-07-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 17K (3R)-N-(2-formylindolizin-3-yl)-4-[(phenylacetyl)oxy]-3-sulfino-D-valine × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；25% PEG 6000, 100mM HEPES pH 7.0, 0.56mM Cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.53 Å R-free 0.194
4GD8 SHV-1 beta-lactamase in complex with penam sulfone SA3-53 提交 2012-07-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 MXF (2S,3R)-4-(2-aminoethylcarbamoyloxy)-2-[(2-methanoylindolizin-3-yl)amino]-3-methyl-3-sulfino-butanoic acid × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；25% PEG 6000, 100mM HEPES pH7.0, 0.56mM Cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.242
4GDB SHV-1 in complex with 4H-pyrazolo[1,5-c][1,3]thiazole containing penem inhibitor 提交 2012-07-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa）
未记录 17O (7R)-6-formyl-7-(4H-pyrazolo[1,5-c][1,3]thiazol-2-yl)-4,7-dihydro-1,4-thiazepine-3-carboxylic acid × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；25% PEG 6000, 100mM HEPES pH7.0, 0.56mM Cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.84 Å R-free 0.234
4JPM Structure of SHV-1 beta-lactamase in complex with the 7-alkylidenecephalosporin DCM-1-10 at 1.14 Ang resolution 提交 2013-03-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–286（286 aa） 片段：SVH-1 beta-lactamase
未记录 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1OG 7-alkylidenecephalosporin DCM-1-10, bound form × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21-30% PEG 6000, 0.1M HEPES buffer, 0.56mM Cymal-6, pH 6.8-7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.14 Å R-free 0.164
4MBF Crystal structure of Penam sulfone PSR-4-157 bound to SHV-1 beta-lactamase 提交 2013-08-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa） 片段：unp residues 22-286
未记录 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 2AW 6-({(2R,3S)-3-carboxy-2-methyl-3-[(3-oxopropyl)amino]-2-sulfinopropyl}oxy)-6-oxohexanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21-30% PEG 6000, 0.1M HEPES buffer, 0.56mM Cymal-6, pH 6.8-7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.54 Å R-free 0.196
4MBH Penam sulfone PSR-3-226 bound to E166A variant of SHV-1 beta-lactamase 提交 2013-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa） 片段：SHV-1 beta-lactamase
突变：E166A MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 0RJ 3-(formylamino)-L-alanine × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21-30% PEG 6000, 0.1M HEPES. 0.56mM Cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.22 Å R-free 0.161
4MBK Crystal structure of K234R inhibitor-resistant variant of SHV beta-lactamase in complex with SA2-13 提交 2013-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa） 片段：SHV-1 beta-lactamase
突变：K234R MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 SA2 (3R)-4-[(4-CARBOXYBUTANOYL)OXY]-N-[(1E)-3-OXOPROP-1-EN-1-YL]-3-SULFINO-D-VALINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21-30% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.56mM Cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.46 Å R-free 0.214
4R3B Crystal structure of SHV-1 b-lactamase in complex with 6b-(hydroxymethyl)penicillanic acid sulfone PSR-283A 提交 2014-08-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa） 片段：SHV-1 beta-lactamase
未记录 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 3GE N-[(1E)-2-formyl-3-hydroxyprop-1-en-1-yl]-3-[(S)-sulfino]-D-valine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21-30% PEG6000, 0.1M HEPES pH 6.2-8.2, 0.56mM Cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.37 Å R-free 0.172
4ZAM Crystal structure of SHV-1 beta-lactamase bound to avibactam 提交 2015-04-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa） 片段：UNP residues 22-286
未记录 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 NXL (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG6000, 100 mM Tris, pH 7.5, 0.56 mM Cymal-6
分辨率 1.42 Å R-free 0.193
5EE8 Crystal structure of S02030 boronic acid inhibitor complexed to SHV-1 beta-lactamase 提交 2015-10-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–286（265 aa）
未记录 ZXM 1-{(2R)-2-(dihydroxyboranyl)-2-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]ethyl}-1H-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid × 1 MA4 CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20-30% PEG 6000, 100mM Tris pH 7.5, 0.56mM cymal-6
分辨率 1.54 Å R-free 0.175

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BLA1_KLEPN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–265； UniProt 22–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3mxs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3mxs
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3mxs
沉积日期 deposition_date2010-05-07
结构标题 titleSHV-1 beta-lactamase complex with compound 2
关键词 keywordsbeta-lactamase, boronic acid transition state inhibitor, drug design, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.75 Å
零角强度 I(0) i016048700.00
分子量 molecular_weight29941.0 kDa
排除体积 excluded_volume37395 ų
包络体积 envelope_volume40969 ų
水化壳体积 shell_volume19057 ų
包络直径 envelope_diameter60.5 Å
壳层 Rg shell_rg24.28 Å
包络 Rg envelope_rg18.02 Å
形状 Rg shape_rg17.78 Å
总 Rg total_rg18.57 Å
总原子数 total_atoms2099
残基数 n_residues265
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.9 Å
Rg (实空间) rg_real18.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16050000.0000
解质量估计 total_estimate0.8969
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1 Å
偏度 Skewness skewness0.173
峰度 Kurtosis kurtosis-0.366
角度范围 angular_range— – 0.4200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2749000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.998
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3mxsa_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3mxsA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)