SAXSdb — 3mzh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(PAPAPAPTPGPTPGPAPTPCPTPAPGPGPTPCPAPCPGPTPG)-3' × 1 5'-D(PCPAPCPGPTPGPAPCPCPTPAPGPAPTPCPAPCPAPTP*C)-3' × 1 ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O69644_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–225； UniProt 1–224 作者链 B； PDB构建体 2–225； UniProt 1–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mzh
沉积日期 deposition_date	2010-05-12
结构标题 title	Crystal structure of cAMP receptor protein from mycobacterium tuberculosis in complex with cAMP and its DNA binding element
关键词 keywords	;TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION REGULATOR, CAMP, CAMP RECEPTOR PROTEIN, CRP, RV3676, DNA-BINDING, TRANSCRIPTION REGULATION, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3mzh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3mzh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3mzh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.52 Å
Rg（电子密度）	25.17 Å
总 Rg	26.02 Å
原子数	4338
残基数	491
排除体积	74044 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3mzh__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)
分子量 formula_weight	24964.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4357

HMDEILARAGIFQGVEPSAIAALTKQLQPVDFPRGHTVFAEGEPGDRLYIIISGKVKIGRRAPDGRENLLTIMGPSDMFGELSIFDPGPRTSSATTITEVRAVSMDRDALRSWIADRPEISEQLLRVLARRLRRTNNNLADLIFTDVPGRVAKQLLQLAQRFGTQEGGALRVTHDLTQEEIAQLVGASRETVNKALADFAHRGWIRLEGKSVLISDSERLARRAR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PAPAPAPTPGPTPGPAPTPCPTPAPGPGPTPCPAPCPGPTP*G)-3'
分子量 formula_weight	6502.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AAATGTGATCTAGGTCACGTG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(PCPAPCPGPTPGPAPCPCPTPAPGPAPTPCPAPCPAPTPC)-3'
分子量 formula_weight	6062.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CACGTGACCTAGATCACATC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	329.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3mzha1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.3 — cAMP-binding domain-like
家族 Family family	b.82.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3mzha2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3mzha3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3mzhb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.3 — cAMP-binding domain-like
家族 Family family	b.82.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3mzhb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3mzhb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3mzhA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	3mzhA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3mzhB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	3mzhB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	66.130 Å
晶胞边长 b length_b	61.250 Å
晶胞边长 c length_c	89.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	43.579 Å
R 因子 r_factor	0.2482
R_work r_work	0.2467
R_free r_free	0.2790

Crystal structure of cAMP receptor protein from mycobacterium tuberculosis in complex with cAMP and its DNA binding element

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mzh__assembly_1__model_1

3mzh__assembly_1__model_1 | I(q)

3mzh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of cAMP receptor protein from mycobacterium tuberculosis in complex with cAMP and its DNA binding element

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/FNR-FAMILY)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mzh__assembly_1__model_1

3mzh__assembly_1__model_1 | I(q)

3mzh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)