SAXSdb — 3n1m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Indian hedgehog protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Brother of CDO × 1 （Q9BWV1） ZINC ION × 1 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IHH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–169； UniProt 29–193

Brother of CDO

Homo sapiens

UniProt Q9BWV1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Indian hedgehog protein × 1 （Q14623） ZINC ION × 1 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–111； UniProt 710–817

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3n1m
沉积日期 deposition_date	2010-05-15
结构标题 title	Crystal Structure of IhhN bound to BOCFn3
关键词 keywords	;Binding Sites, Cell Adhesion Molecules, Cell Cycle Proteins, Cell Line, Conserved Sequence, Fibronectins, Hedgehog Proteins, Immunoglobulin G, Membrane Glycoproteins, Membrane Proteins, Protein Binding, Tertiary, Receptors, Cell Surface, Sequence Homology, Signal Transduction, Tumor Suppressor Proteins ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3n1m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3n1m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3n1m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.93 Å
Rg（电子密度）	19.28 Å
总 Rg	20.12 Å
原子数	4088
残基数	259
排除体积	37036 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3n1m__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Indian hedgehog protein
分子量 formula_weight	19122.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4464

GSGPGPGRVVGSRRRPPRKLVPLAYKQFSPNVPEKTLGASGRYEGKIARSSERFKELTPNYNPDIIFKDEENTGADRLMTQRCKDRLNSLAISVMNQWPGVKLRVTEGWDEDGHHSEESLHYEGRAVDITTSDRDRNKYGLLARLAVEAGFDWVYYESKAHVHCSVKSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Brother of CDO
分子量 formula_weight	12736.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSTERPVAGPYITFTDAVNETTIMLKWMYIPASNNNTPIHGFYIYYRPTDSDNDSDYKKDMVEGDKYWHSISHLQPETSYDIKMQCFNEGGESEFSNVMICETKARKSSGQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	365

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3n1mb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.65 — Hedgehog/DD-peptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.65.1 — Hedgehog/DD-peptidase
家族 Family family	d.65.1.2 — Hedgehog (development protein), N-terminal signaling domain

结构域编号 domain_id	d3n1mc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.1 — Fibronectin type III

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3n1mB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3n1mC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	62.533 Å
晶胞边长 b length_b	62.533 Å
晶胞边长 c length_c	163.972 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	24.860 Å
R 因子 r_factor	0.1657
R_work r_work	0.1638
R_free r_free	0.2010

Crystal Structure of IhhN bound to BOCFn3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Indian hedgehog protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Brother of CDO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3n1m__assembly_1__model_1

3n1m__assembly_1__model_1 | I(q)

3n1m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of IhhN bound to BOCFn3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Indian hedgehog protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Brother of CDO

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3n1m__assembly_1__model_1

3n1m__assembly_1__model_1 | I(q)

3n1m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)