3n8y

Structure of Aspirin Acetylated Cyclooxygenase-1 in Complex with Diclofenac

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostaglandin G/H synthase 1

Ovis aries

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 5 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–584 链 B； UniProt 32–584	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 DIF 2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 SAL 2-HYDROXYBENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；273 K；SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K	分辨率 2.60 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3N8Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CQE PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 COMPLEX WITH FLURBIPROFEN 提交 1999-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–600（580 aa）链 B 21–600（580 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 5 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FLP FLURBIPROFEN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING 1:1 RATIO OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML IN 20 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH6.7, 100-200 MM NACL, 0.6% BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE, 0.1 MM FLURBIPORFEN) AND RESERVOIR OF 4-8% PEG 4000., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.10 Å R-free 0.226
1EBV OVINE PGHS-1 COMPLEXED WITH SALICYL HYDROXAMIC ACID 提交 2000-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–583（551 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SCL ACETIC ACID SALICYLOYL-AMINO-ESTER × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；291 K；PEG4000, sodium phosphate, octyl glucoside, sodium chloride, diethyldithiocarbamate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.248
1EQG THE 2.6 ANGSTROM MODEL OF OVINE COX-1 COMPLEXED WITH IBUPROFEN 提交 2000-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–599（580 aa）链 B 20–599（580 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 IBP IBUPROFEN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；PEG-4000, sodium chloride, beta-octyl glucoside, potassium phosphate (dibasic), pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4.0K	分辨率 2.61 Å R-free 0.250
1EQH THE 2.7 ANGSTROM MODEL OF OVINE COX-1 COMPLEXED WITH FLURBIPROFEN 提交 2000-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–599（580 aa）链 B 20–599（580 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FLP FLURBIPROFEN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；291 K；PEG-4000, sodium chloride, beta-octyl glucoside, potassium phosphate (dibasic), pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
1HT5 THE 2.75 ANGSTROM RESOLUTION MODEL OF OVINE COX-1 COMPLEXED WITH METHYL ESTER FLURBIPROFEN 提交 2000-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–582（551 aa）链 B 32–582（551 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FL2 FLURBIPROFEN METHYL ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；291 K；PEG-4000, SODIUM CHLORIDE,BETA-OCTYL GLUCOSIDE, POTASSIUM PHOSPHATE (DIBASIC), pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.252
1HT8 THE 2.7 ANGSTROM RESOLUTION MODEL OF OVINE COX-1 COMPLEXED WITH ALCLOFENAC 提交 2000-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–582（551 aa）链 B 32–582（551 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 34C (3-CHLORO-4-PROPOXY-PHENYL)-ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；291 K；PEG-4000, SODIUM CHLORIDE, BETA-OCTYL GLUCOSIDE, POTASSIUM PHOSPHATE (DIBASIC), pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.69 Å R-free 0.242
1PRH THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE MEMBRANE PROTEIN PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 提交 1994-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 33–586（554 aa）链 B 33–586（554 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å R-free 0.316
1U67 Crystal Structure of Arachidonic Acid Bound to a Mutant of Prostagladin H Synthase-1 that Forms Predominantly 11-HPETE. 提交 2004-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–600（600 aa）	突变：V349A,W387F	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 8 COH PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO × 2 ACD ARACHIDONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；273 K；Sodium Citrate, Lithium Chloride, Sodium Azide, N-Octyl Glucoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K	分辨率 3.10 Å R-free 0.311
2AYL 2.0 Angstrom Crystal Structure of Manganese Protoporphyrin IX-reconstituted Ovine Prostaglandin H2 Synthase-1 Complexed With Flurbiprofen 提交 2005-09-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–584（553 aa）链 B 32–584（553 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 7 FLP FLURBIPROFEN × 2 MNH MANGANESE PROTOPORPHYRIN IX × 2 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；291 K；20MM SODIUM PHOSPHATE, 100-200MM NACL, 0.6% BOG, 1MM NSAID AGAINST RESERVOIR OF 4-8% PEG-4000, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
2OYE Indomethacin-(R)-alpha-ethyl-ethanolamide bound to Cyclooxygenase-1 提交 2007-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–600（600 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 FLC CITRATE ANION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 IM8 2-[1-(4-CHLOROBENZOYL)-5-METHOXY-2-METHYL-1H-INDOL-3-YL]-N-[(1R)-1-(HYDROXYMETHYL)PROPYL]ACETAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；273 K；Sodium Citrate, Lithium Chloride, Sodium Azide, and beta-octylglucoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K	分辨率 2.85 Å R-free 0.292
2OYU Indomethacin-(S)-alpha-ethyl-ethanolamide bound to Cyclooxygenase-1 提交 2007-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–600（600 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 IMS 2-[1-(4-CHLOROBENZOYL)-5-METHOXY-2-METHYL-1H-INDOL-3-YL]-N-[(1S)-1-(HYDROXYMETHYL)PROPYL]ACETAMIDE × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；273 K；Sodium Citrate, Lithium Chloride, Sodium Azide, and beta-octylglucoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K	分辨率 2.70 Å R-free 0.292
3KK6 Crystal Structure of Cyclooxygenase-1 in complex with celecoxib 提交 2009-11-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–584（553 aa）链 B 32–584（553 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 CEL 4-[5-(4-METHYLPHENYL)-3-(TRIFLUOROMETHYL)-1H-PYRAZOL-1-YL]BENZENESULFONAMIDE × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；273 K；SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 273K	分辨率 2.75 Å R-free 0.242
3N8V Crystal Structure of Unoccupied Cyclooxygenase-1 提交 2010-05-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–584（553 aa）链 B 32–584（553 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；273 K；SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K	分辨率 3.05 Å R-free 0.235
3N8W Crystal Structure of R120Q/Native Cyclooxygenase-1 Heterodimer mutant in complex with Flurbiprofen 提交 2010-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–584（553 aa）片段：Chain B 链 B 32–584（553 aa）	突变：R120Q	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FLP FLURBIPROFEN × 1 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；273 K；SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K	分辨率 2.75 Å R-free 0.201
3N8X Crystal Structure of Cyclooxygenase-1 in Complex with Nimesulide 提交 2010-05-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–584（553 aa）链 B 32–584（553 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NIM 4-NITRO-2-PHENOXYMETHANESULFONANILIDE × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；273 K；SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K	分辨率 2.75 Å R-free 0.227
3N8Z Crystal Structure of Cyclooxygenase-1 in Complex with Flurbiprofen 提交 2010-05-28	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–584（553 aa）链 B 32–584（553 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 5 FLP FLURBIPROFEN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；273 K；SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K	分辨率 2.90 Å R-free 0.207
4O1Z Crystal Structure of Ovine Cyclooxygenase-1 Complex with Meloxicam 提交 2013-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–600（569 aa）片段：UNP residues 32-600 链 B 32–600（569 aa）片段：UNP residues 32-600	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MXM 4-hydroxy-2-methyl-N-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)-2H-1,2-benzothiazine-3-carboxamide 1,1-dioxide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Sodium Citrate, Lithium Chloride, Sodium Azide, beta-octylglucoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.173
5U6X COX-1:P6 COMPLEX STRUCTURE 提交 2016-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–600（600 aa）链 B 1–600（600 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 P6A 3-(5-chlorofuran-2-yl)-5-methyl-4-phenyl-1,2-oxazole × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；273 K；SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, PH 6.5	分辨率 2.93 Å R-free 0.234
5WBE COX-1:MOFEZOLAC COMPLEX STRUCTURE 提交 2017-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–600（600 aa）链 B 1–600（600 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 63X Mofezolac × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；278 K；0.5-0.9 M LiCl, 0.7 M sodium citrate pH 6.5, 1 mM sodium azide and 0.3 %(w/v) beta-OG	分辨率 2.75 Å R-free 0.229
7JXT Ovine COX-1 in complex with the subtype-selective derivative 2a 提交 2020-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–584（553 aa）链 B 32–584（553 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 W8M 2-[4,5-bis(2-chlorophenyl)-1H-imidazol-2-yl]-6-(prop-2-en-1-yl)phenyl methoxyacetate × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；0.5-0.9 M LiCl, 0.7 M sodium citrate pH 6.5, 1 mM sodium azide and 0.3 %(w/v) beta-OG	分辨率 3.35 Å R-free 0.250

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGH1_SHEEP
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–553； UniProt 32–584 作者链 B； PDB构建体 1–553； UniProt 32–584

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3n8y
沉积日期 deposition_date	2010-05-28
结构标题 title	Structure of Aspirin Acetylated Cyclooxygenase-1 in Complex with Diclofenac
关键词 keywords	cox-1, cyclooxygenase, peroxidase, prostaglandin, heme, aspirin acetylation, diclofenac, merohedral twinned, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.46 Å
零角强度 I(0) i0	249055000.00
分子量 molecular_weight	131000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	165340 Å³
包络体积 envelope_volume	199150 Å³
水化壳体积 shell_volume	50554 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.23 Å
包络 Rg envelope_rg	31.54 Å
形状 Rg shape_rg	31.45 Å
总 Rg total_rg	32.18 Å
总原子数 total_atoms	9241
残基数 n_residues	1105
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	249100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8979
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.436
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	93760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.968

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Prostaglandin G/H synthase 1
分子量 formula_weight	63724.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.99.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9465

PVNPCCYYPCQHQGICVRFGLDRYQCDCTRTGYSGPNCTIPEIWTWLRTTLRPSPSFIHFLLTHGRWLWDFVNATFIRDTLMRLVLTVRSNLIPSPPTYNIAHDYISWESFSNVSYYTRILPSVPRDCPTPMGTKGKKQLPDAEFLSRRFLLRRKFIPDPQGTNLMFAFFAQHFTHQFFKTSGKMGPGFTKALGHGVDLGHIYGDNLERQYQLRLFKDGKLKYQMLNGEVYPPSVEEAPVLMHYPRGIPPQSQMAVGQEVFGLLPGLMLYATIWLREHNRVCDLLKAEHPTWGDEQLFQTARLILIGETIKIVIEEYVQQLSGYFLQLKFDPELLFGAQFQYRNRIAMEFNQLYHWHPLMPDSFRVGPQDYSYEQFLFNTSMLVDYGVEALVDAFSRQPAGRIGGGRNIDHHILHVAVDVIKESRVLRLQPFNEYRKRFGMKPYTSFQELTGEKEMAAELEELYGDIDALEFYPGLLLEKCHPNSIFGESMIEMGAPFSLKGLLGNPICSPEYWKASTFGGEVGFNLVKTATLKKLVCLNTKTCPYVSFHVPD

来源 Source

来源生物 organism	Ovis aries
通用名 common_name	sheep
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9940
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Prostaglandin G/H synthase 1
分子量 formula_weight	63766.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Ovis aries
通用名 common_name	sheep
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9940
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID
分子量 formula_weight	296.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-HYDROXYBENZOIC ACID
分子量 formula_weight	138.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3n8ya1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d3n8ya2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.2 — Myeloperoxidase-like

结构域编号 domain_id	d3n8yb1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d3n8yb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.2 — Myeloperoxidase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3n8yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	3n8yA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

结构域编号 domain_id	3n8yB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	3n8yB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	182.327 Å
晶胞边长 b length_b	182.327 Å
晶胞边长 c length_c	103.106 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	29.840 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2000

fit	/app/data/saxs_computation/n8/3n8y/3n8y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n8/3n8y/3n8y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n8/3n8y/3n8y.dat

Structure of Aspirin Acetylated Cyclooxygenase-1 in Complex with Diclofenac

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostaglandin G/H synthase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)