3ney

Crystal structure of the kinase domain of MPP1/p55

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

55 kDa erythrocyte membrane protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 2 UNKNOWN ATOM OR ION × 7 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 4 UNKNOWN ATOM OR ION × 6 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 2 UNKNOWN ATOM OR ION × 5 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 2 UNKNOWN ATOM OR ION × 5 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 4 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 4 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EM55_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–197； UniProt 282–460 作者链 B； PDB构建体 19–197； UniProt 282–460 作者链 C； PDB构建体 19–197； UniProt 282–460 作者链 D； PDB构建体 19–197； UniProt 282–460 作者链 E； PDB构建体 19–197； UniProt 282–460 作者链 F； PDB构建体 19–197； UniProt 282–460

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ney
沉积日期 deposition_date	2010-06-09
结构标题 title	Crystal structure of the kinase domain of MPP1/p55
关键词 keywords	structural genomics consortium, sgc, 55 kDa erythrocyte membrane protein, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ney__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`3ney__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
3	1	`3ney__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
4	1	`3ney__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
5	1	`3ney__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
6	1	`3ney__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	55 kDa erythrocyte membrane protein
分子量 formula_weight	22560.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,F,E
原子数 atom_count	8713

MHHHHHHSSGRENLYFQGRKTLVLIGASGVGRSHIKNALLSQNPEKFVYPVPYTTRPPRKSEEDGKEYHFISTEEMTRNISANEFLEFGSYQGNMFGTKFETVHQIHKQNKIAILDIEPQTLKIVRTAELSPFIVFIAPTDQGTQTEALQQLQKDSEAIRSQYAHYFDLSLVNNGVDETLKKLQEAFDQACSSPQWV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	31

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	201

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3neya1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3neya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3neyb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3neyb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3neyc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3neyc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3neyd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3neyd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3neye1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3neye2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3neyf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3neyf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3neyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3neyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	63 — Guanylate Kinase phosphate binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Guanylate Kinase phosphate binding domain

结构域编号 domain_id	3neyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3neyB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	63 — Guanylate Kinase phosphate binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Guanylate Kinase phosphate binding domain

结构域编号 domain_id	3neyC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3neyC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	63 — Guanylate Kinase phosphate binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Guanylate Kinase phosphate binding domain

结构域编号 domain_id	3neyD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3neyD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	63 — Guanylate Kinase phosphate binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Guanylate Kinase phosphate binding domain

结构域编号 domain_id	3neyE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3neyE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	63 — Guanylate Kinase phosphate binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Guanylate Kinase phosphate binding domain

结构域编号 domain_id	3neyF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3neyF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	63 — Guanylate Kinase phosphate binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Guanylate Kinase phosphate binding domain

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晶胞边长 a length_a	72.088 Å
晶胞边长 b length_b	131.562 Å
晶胞边长 c length_c	237.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.260 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2710

Crystal structure of the kinase domain of MPP1/p55

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

55 kDa erythrocyte membrane protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the kinase domain of MPP1/p55

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

55 kDa erythrocyte membrane protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)