3npl

Structure of Ru(bpy)2(A-Phen)(K97C) P450 BM3 heme domain, a ruthenium modified P450 BM3 mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase

Bacillus megaterium

UniProt P14779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–464 片段:UNP residues 1-464 突变:C62A, K97C, C156S HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;277 K;2M (NH4)2SO4, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.238
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–464 片段:UNP residues 1-464 突变:C62A, K97C, C156S HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RU8 bis(2,2'-bipyridine-kappa~2~N~1~,N~1'~)[2-iodo-N-(1,10-phenanthrolin-5-yl-kappa~2~N~1~,N~10~)acetamide]ruthenium(2+) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;277 K;2M (NH4)2SO4, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 168 个其他 PDB 条目、310 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPXB_BACME
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–464; UniProt 1–464 作者链 B; PDB构建体 1–464; UniProt 1–464

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3npl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3npl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3npl
沉积日期 deposition_date2010-06-28
结构标题 titleStructure of Ru(bpy)2(A-Phen)(K97C) P450 BM3 heme domain, a ruthenium modified P450 BM3 mutant
关键词 keywordsP450 BM3 heme domain, mutant proteins, electron transfer, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.41
零角强度 I(0) i0168256000.00
分子量 molecular_weight105850.0 kDa
排除体积 excluded_volume133040 ų
包络体积 envelope_volume165090 ų
水化壳体积 shell_volume41733 ų
包络直径 envelope_diameter119.5
壳层 Rg shell_rg39.52
包络 Rg envelope_rg33.35
形状 Rg shape_rg33.40
总 Rg total_rg33.88
总原子数 total_atoms7458
残基数 n_residues912
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.2
Rg (实空间) rg_real34.10
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real1.6830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal168200000.0000
解质量估计 total_estimate0.6820
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.8
偏度 Skewness skewness0.458
峰度 Kurtosis kurtosis-0.379
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40460000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.214; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.821

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3npla_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_idd3nplb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamilya.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family familya.104.1.1 — Cytochrome P450

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3nplA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450
结构域编号 domain_id3nplB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome P450

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)