SAXSdb — 3nvm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 related protein

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 1 （Q8U4M2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U4M1_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–371； UniProt 1–369

;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U4M2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NOP5/NOP56 related protein × 1 （Q8U4M1）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLPA_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 8–234； UniProt 1–227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3nvm
沉积日期 deposition_date	2010-07-08
结构标题 title	Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle
关键词 keywords	Nop domain, methyltransferase, ribosome biogenesis, spliceosome biogenesis, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3nvm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3nvm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3nvm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.08 Å
Rg（电子密度）	28.32 Å
总 Rg	28.95 Å
原子数	4597
残基数	569
排除体积	82464 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3nvm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NOP5/NOP56 related protein
分子量 formula_weight	42946.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4597

MHHHHHHVMIMKAFISENVRGIYAFDENGNLIEKRYFTDKPEKVLDQLLKGEITKDLEELLNSLKEKGYDEFVFEHPELSRRAKELGFSATTEFPNIAGERLRSNPEEFLGENWFEEYYKVGVALTRMRIQEQSGARDKMVIQAIEALDDINLLVARLREWYSLHFPELDELLPKHPQYVAFVKTVGHRDNINEEVLRELGLSEEKIKKILEAKEKTMGAWMDQTDIEVVRQLAEEIQLRKKLEDYIDRAMDDVAPNLKALVGAKLAARLISLAGGLRELAMMPSSTIQVLGAEKALFRHLRTGAKPPKHGVIYQYPAINRSPWWQRGKIARALAGKLAIAARVDYFSGEYIAEELKKELEARIREIKEKY

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	26760.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHMVEVKKHKFPGVYVVIDDDGSEKIATKNLVPGQRVYGERVIKWEGEEYRIWNPHRSKLGAAIVNGLKNFPIKPGKSVLYLGIASGTTASHVSDIVGWEGKIYGIEFSPRVLRELVPIVEERRNIIPILGDATKPEEYRALVTKVDVIFEDVAQPTQAKILIDNAKAYLKRGGYGMIAVKSRSIDVTKEPEQVFKEVERELSEYFEVIERLNLEPYEKDHALFVVRKP

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	3nvmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	3nvmA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	3nvmA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	3nvmB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3nvmB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	100.623 Å
晶胞边长 b length_b	100.623 Å
晶胞边长 c length_c	265.355 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 1 2
空间群编号 int_tables_number	151
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.408 Å
最低分辨率 resolution_low	49.431 Å
R 因子 r_factor	0.2455
R_work r_work	0.2418
R_free r_free	0.3160

Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 related protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3nvm__assembly_1__model_1

3nvm__assembly_1__model_1 | I(q)

3nvm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural basis for substrate placement by an archaeal box C/D ribonucleoprotein particle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NOP5/NOP56 related protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3nvm__assembly_1__model_1

3nvm__assembly_1__model_1 | I(q)

3nvm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)