SAXSdb — 3nyb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(A) RNA polymerase protein 2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 161–481	片段：central and catalytic domains of Trf4p (UNP residues 161-481) 突变：D293A	Protein AIR2 × 1 （Q12476） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；100 mM sodium citrate at pH 5.8, 200 mM sodium acetate, 11% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3NYB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MOW Structure of Nrd1p CID - Trf4p NIM complex 提交 2014-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 573–584（12 aa）片段：NIM (UNP residues 573-584)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM Trf4p, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nrd1p, 100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4U4C The molecular architecture of the TRAMP complex reveals the organization and interplay of its two catalytic activities 提交 2014-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 B 111–160（50 aa）片段：UNP residues 1-62,UNP residues 111-160,UNP residues 1-62,UNP residues 111-160	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；285.15 K；0.1 M Tris pH 8.2, 0.15 M Li2SO4, 32% PEG 400	分辨率 2.40 Å R-free 0.240

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAP2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–323； UniProt 161–481

Protein AIR2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q12476

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 118–198	片段：fourth and fifth zinc knuckles of Air2p (UNP residues 118-198)	Poly(A) RNA polymerase protein 2 × 1 （P53632） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；100 mM sodium citrate at pH 5.8, 200 mM sodium acetate, 11% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3NYB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LLI Low resolution structure of RNA-binding subunit of the TRAMP complex 提交 2011-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 57–180（124 aa）片段：UNP residues 57-180	未记录	ZN ZINC ION × 5	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.5；压力 ambient NMR样品组成 100 uM uM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4U4C The molecular architecture of the TRAMP complex reveals the organization and interplay of its two catalytic activities 提交 2014-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 B 1–62（62 aa）片段：UNP residues 1-62,UNP residues 111-160,UNP residues 1-62,UNP residues 111-160	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；285.15 K；0.1 M Tris pH 8.2, 0.15 M Li2SO4, 32% PEG 400	分辨率 2.40 Å R-free 0.240

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AIR2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–83； UniProt 118–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3nyb
沉积日期 deposition_date	2010-07-14
结构标题 title	Structure and function of the polymerase core of TRAMP, a RNA surveillance complex
关键词 keywords	;polyA RNA polymerase, zinc knuckle protein, RNA surveillance, Mtr4p binds to Trf4p/Air2p heterodimer, TRANSFERASE-RNA BINDING PROTEIN complex ;; TRANSFERASE/RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.84 Å
零角强度 I(0) i0	32001500.00
分子量 molecular_weight	43723.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54880 Å³
包络体积 envelope_volume	66759 Å³
水化壳体积 shell_volume	24846 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.58 Å
包络 Rg envelope_rg	23.07 Å
形状 Rg shape_rg	22.79 Å
总 Rg total_rg	23.87 Å
总原子数 total_atoms	3081
残基数 n_residues	387
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.5 Å
Rg (实空间) rg_real	23.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8694
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.340
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.309
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6065000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Poly(A) RNA polymerase protein 2
分子量 formula_weight	36459.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
突变 mutation	D293A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3139

GSYPWILNHDHSKQKEISDWLTFEIKDFVAYISPSREEIEIRNQTISTIREAVKQLWPDADLHVFGSYSTDLYLPGSDIDCVVTSELGGKESRNNLYSLASHLKKKNLATEVEVVAKARVPIIKFVEPHSGIHIAVSFERTNGIEAAKLIREWLDDTPGLRELVLIVKQFLHARRLNNVHTGGLGGFSIICLVFSFLHMHPRIITNEIDPKDNLGVLLIEFFELYGKNFGYDDVALGSSDGYPVYFPKSTWSAIQPIKNPFSLAIQDPGDESNNISRGSFNIRDIKKAFAGAFDLLTNRCFELHSATFKDRLGKSILGNVIKY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein AIR2
分子量 formula_weight	9399.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSWKKVQCTLCKSKKHSKERCPSIWRAYILVDDNEKAKPKVLPFHTIYCYNCGGKGHFGDDCKEKRSSRVPNEDGSAFTGSNL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	58

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3nybA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3nybA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3nybB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	60 — HIV-1 Nucleocapsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc finger, CCHC-type

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.720 Å
晶胞边长 b length_b	92.720 Å
晶胞边长 c length_c	103.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.701 Å
最低分辨率 resolution_low	24.656 Å
R 因子 r_factor	0.1982
R_work r_work	0.1935
R_free r_free	0.2581

fit	/app/data/saxs_computation/ny/3nyb/3nyb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ny/3nyb/3nyb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ny/3nyb/3nyb.dat

Structure and function of the polymerase core of TRAMP, a RNA surveillance complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poly(A) RNA polymerase protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein AIR2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)