SAXSdb — 3o4u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 65–360	片段：UNP RESIDUES 65-360 突变：S72D	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.7-1.9M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3O4U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZC0 Crystal structure of human hematopoietic tyrosine phosphatase (HePTP) catalytic domain 提交 2005-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 65–360（296 aa）片段：Catalytic Phosphatase Domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；Sodium/potassium phosphate, acetate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.85 Å R-free 0.186
2GP0 HePTP Catalytic Domain (residues 44-339), S225D mutant 提交 2006-04-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 65–360（296 aa）片段：Catalytic Domain (residues 65-360)	突变：S225D	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；K/Na Phosphate, Ammonium Acetate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.206
2GPH Docking motif interactions in the MAP kinase ERK2 提交 2006-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 37–52（16 aa）	突变：C52V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1M sodium HEPES, pH 7.5, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
2HVL Crystal structure of the HePTP catalytic domain C270S mutant 提交 2006-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 65–360（296 aa）	突变：C270S	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；Sodium/Potassium phosphate, acetate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
2QDC Crystal structure of the HePTP catalytic domain D236A mutant 提交 2007-06-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 65–360（296 aa）片段：Catalytic domain (residues 65-360)	突变：D236A	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.1 M ACETIC ACID, 2.0 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.190
2QDM Crystal structure of the HePTP catalytic domain C270S/D236A/Q314A mutant 提交 2007-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 65–360（296 aa）片段：Catalytic domain (residues 65-360)	突变：C270S, D236A, Q314A	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；1.5 M AMMONIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
2QDP Crystal structure of the HePTP catalytic domain C270S mutant crystallized in ammonium acetate 提交 2007-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 65–360（296 aa）片段：Catalytic domain (residues 65-360)	突变：C270S	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.07 M AMMONIUM ACETATE, 0.07 M BIS-TRIS, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 10000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.72 Å R-free 0.227
3D42 Crystal structure of HePTP in complex with a monophosphorylated Erk2 peptide 提交 2008-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 65–360（296 aa）片段：Catalytic domain (UNP residues 65-360)	突变：T106D, C270S	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；277 K；0.2 M AMMONIUM TARTRATE DIBASIC, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.46 Å R-free 0.241
3D44 Crystal structure of HePTP in complex with a dually phosphorylated Erk2 peptide mimetic 提交 2008-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 65–360（296 aa）片段：Catalytic domain (UNP residues 65-360)	突变：T106D, C270S	CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 0.1 M CITRATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.204
3O4S Crystal Structure of HePTP with a Closed WPD Loop and an Ordered E-Loop 提交 2010-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 65–360（296 aa）片段：UNP RESIDUES 65-360	突变：S72D	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.7-1.9M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
3O4T Crystal Structure of HePTP with an Open WPD Loop and Partially Depleted Active Site 提交 2010-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 65–360（296 aa）片段：UNP RESIDUES 65-360	突变：S72D	SO4 SULFATE ION × 1 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；1.7-1.9M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
8YP8 Structure of the p38alpha-pepHePTPm(16-31)(V31C ) complex 提交 2024-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 37–52（16 aa）	突变：V31C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；0.1 M HEPES pH 7.8 0.6-0.8 M Sodium Citrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.216

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTN7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–308； UniProt 65–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3o4u
沉积日期 deposition_date	2010-07-27
结构标题 title	Crystal Structure of HePTP with an Atypically Open WPD Loop
关键词 keywords	HEPTP, HUMAN HEMATOPOIETIC TYROSINE PHOSPHATASE CATALYTIC DOMAIN MUTANT, LC-PTP, PTPN7, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.97 Å
零角强度 I(0) i0	17171400.00
分子量 molecular_weight	31312.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39163 Å³
包络体积 envelope_volume	45663 Å³
水化壳体积 shell_volume	20006 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.43 Å
包络 Rg envelope_rg	19.39 Å
形状 Rg shape_rg	18.99 Å
总 Rg total_rg	19.81 Å
总原子数 total_atoms	2206
残基数 n_residues	276
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.4 Å
Rg (实空间) rg_real	20.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8840
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.267
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.350
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5071000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 7
分子量 formula_weight	35232.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
突变 mutation	S72D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2364

MGSDKIHHHHHHNTPREVTLHFLRTAGHPLTRWALQRQPPDPKQLEEEFLKIPSNFVSPEDLDIPGHASKDRYKTILPNPQSRVCLGRAQSQEDGDYINANYIRGYDGKEKVYIATQGPMPNTVSDFWEMVWQEEVSLIVMLTQLREGKEKCVHYWPTEEETYGPFQIRIQDMKECPEYTVRQLTIQYQEERRSVKHILFSAWPDHQTPESAGPLLRLVAEVEESPETAAHPGPIVVHCSAGIGRTGCFIATRIGCQQLKARGEVDILGIVCQLRLDRGGMIQTAEQYQFLHHTLALYAGQLPEEPSP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S,R MESO-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	143

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3o4ua_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3o4uA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	119.035 Å
晶胞边长 b length_b	39.207 Å
晶胞边长 c length_c	83.981 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	124.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1925
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2429

fit	/app/data/saxs_computation/o4/3o4u/3o4u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o4/3o4u/3o4u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o4/3o4u/3o4u.dat

Crystal Structure of HePTP with an Atypically Open WPD Loop

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction