SAXSdb — 3o5t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dinitrogenase reductase activacting glicohydrolase

Azospirillum brasilense

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	PII-like protein Pz × 3 （P70731） MAGNESIUM ION × 6 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A7XNI2_AZOBR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

PII-like protein Pz

Azospirillum brasilense

UniProt P70731

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Dinitrogenase reductase activacting glicohydrolase × 3 （A7XNI2） MAGNESIUM ION × 6 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P70731_AZOBR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3o5t
沉积日期 deposition_date	2010-07-28
结构标题 title	Structure of DraG-GlnZ complex with ADP
关键词 keywords	ADP binding, HYDROLASE-TRANSCRIPTION complex; HYDROLASE/TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3o5t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3o5t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3o5t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.20 Å
Rg（电子密度）	39.91 Å
总 Rg	39.96 Å
原子数	9168
残基数	1185
排除体积	162440 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3o5t__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dinitrogenase reductase activacting glicohydrolase
分子量 formula_weight	32442.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3449

MTDHSIRSRALGAYLGLACGDALGATVEFLTKGEIAHQYGVHKHIKGGGWLKLPAGQVTDDTEMSIHLGRAILAAPEWDARRAAEEFAVWLKGVPVDVGDTTRRGIRRFIMHGTLSEPESEYHAGNGAAMRNLPVALATLGDDAAFERWTVEQAHITHCNAMSDAATLTLGHMVRRLVLGGDVRDVRDESNKLIAKHRQFKFQPYRGLATAYIVDTMQTVMHYYFQTDSVESCVVETVNQGGDADTTGAIAGMLAGATYGVETIPPRWLRKLDRDVYNEICAQVDGLLARAPALKQG

来源 Source

来源生物 organism	Azospirillum brasilense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	192
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PII-like protein Pz
分子量 formula_weight	12287.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKLVMAIIKPFKLDEVREALTSLGIQGLTVSEVKGFGRQKGQTEIYRGAEYSVSFLPKVKVEVAVSDDQYEQVVEAIQKAANTGRIGDGKIFVLDIAQAVRIRTGETNTEAL

来源 Source

来源生物 organism	Azospirillum brasilense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	192
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	393

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3o5ta_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.209 — ADP-ribosylglycohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	a.209.1 — ADP-ribosylglycohydrolase
家族 Family family	a.209.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3o5tb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3o5tA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4080 — ADP-ribosylglycohydrolase fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ADP-ribosylation/Crystallin J1

结构域编号 domain_id	3o5tB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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晶胞边长 a length_a	115.654 Å
晶胞边长 b length_b	115.654 Å
晶胞边长 c length_c	105.626 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	70.000 Å
R 因子 r_factor	0.1532
R_work r_work	0.1511
R_free r_free	0.1911

Structure of DraG-GlnZ complex with ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dinitrogenase reductase activacting glicohydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PII-like protein Pz

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3o5t__assembly_1__model_1

3o5t__assembly_1__model_1 | I(q)

3o5t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of DraG-GlnZ complex with ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dinitrogenase reductase activacting glicohydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PII-like protein Pz

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3o5t__assembly_1__model_1

3o5t__assembly_1__model_1 | I(q)

3o5t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)