SAXSdb — 3ods

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Symplekin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395	片段：N-terminal domain 突变：K185A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50MM BIS-TRIS, 40MM AMMONIUM SULFATE, 40% (V/V) PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ODS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3O2Q Crystal structure of the human symplekin-Ssu72-CTD phosphopeptide complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
3O2Q Crystal structure of the human symplekin-Ssu72-CTD phosphopeptide complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
3O2S Crystal structure of the human symplekin-Ssu72 complex 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.32M ammonium sulfate, 26% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
3O2T Crystal structure of the N-terminal domain of human Symplekin 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–395（366 aa）片段：N-terminal domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50mM Bis-Tris, 40mM ammonium sulfate, 40% (v/v) pentaerythritol ethoxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.192
3ODR Crystal Structure of the N-terminal Domain of Human Symplekin 提交 2010-08-11	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–395（395 aa）片段：N-terminal domain	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；50MM BIS-TRIS, 40MM AMMONIUM SULFATE, 40% (V/V) PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.229
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3H Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA poymerase II CTD peptide phosphorylated at SER-7 提交 2012-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate,, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
4H3K Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA polymerase II CTD peptide phosphorylated at Ser-2, Ser-5 and Ser-7 提交 2012-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4H3K Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA polymerase II CTD peptide phosphorylated at Ser-2, Ser-5 and Ser-7 提交 2012-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4H3K Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA polymerase II CTD peptide phosphorylated at Ser-2, Ser-5 and Ser-7 提交 2012-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
4H3K Crystal structure of a ternary complex of human symplekin NTD, human Ssu72 and a RNA polymerase II CTD peptide phosphorylated at Ser-2, Ser-5 and Ser-7 提交 2012-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–360（331 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 30-360	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；1.6M ammonium chloride, 27% (w/v) PEG 3350, 10mM Sodium potassium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
6V4X Cryo-EM structure of an active human histone pre-mRNA 3'-end processing machinery at 3.2 Angstrom resolution 提交 2019-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 J 30–1101（1072 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9N96 CRYO-EM STRUCTURE OF human U7 SM RING IN COMPLEX WITH SYMPLEKIN N-TERMINAL DOMAIN 提交 2025-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 J 30–1101（1072 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9NB1 CRYO-EM STRUCTURE OF human U7 SNRNP WITH MUTANT LSM11 that disrupts contacts with CPSF73 提交 2025-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 J 30–1101（1072 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.85 Å
9NGO CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN U7 SNRNP WITH METHYLATED noncleavable H2A* SUBSTRATE PRE-MRNA (FOCUS MAP) 提交 2025-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 30–1101（1072 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9NH5 CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN U7 SNRNP WITH METHYLATED noncleavable H2A* SUBSTRATE PRE-MRNA (core region) 提交 2025-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 J 30–1101（1072 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å
9NH6 CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN U7 SNRNP WITH METHYLATED noncleavable H2A* SUBSTRATE PRE-MRNA (COMPOSITE MAP) 提交 2025-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 J 30–1101（1072 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å

共 12 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYMPK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–415； UniProt 1–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ods
沉积日期 deposition_date	2010-08-11
结构标题 title	Crystal structure of the K185A mutant of the N-terminal domain of human Symplekin
关键词 keywords	Heat Domain, Scaffold, Protein Binding; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.67 Å
零角强度 I(0) i0	21291400.00
分子量 molecular_weight	36198.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45897 Å³
包络体积 envelope_volume	54685 Å³
水化壳体积 shell_volume	20788 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.74 Å
包络 Rg envelope_rg	22.93 Å
形状 Rg shape_rg	22.66 Å
总 Rg total_rg	23.53 Å
总原子数 total_atoms	2539
残基数 n_residues	320
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8884
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.367
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.392
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5412000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Symplekin
分子量 formula_weight	46148.7 kDa
突变 mutation	K185A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2747

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASGSGDSVTRRSVASQFFTQEEGPGIDGMTTSERVVDLLNQAALITNDSKITVLKQVQELIINKDPTLLDNFLDEIIAFQADKSIEVRKFVIGFIEEACKRDIELLLKLIANLNMLLRDENVNVVKKAILTMTQLYKVALQWMVKSRVISELQEACWDMVSAMAGDIILLLDSDNDGIRTHAIAFVEGLIVTLSPRMADSEIPRRQEHDISLDRIPRDHPYIQYNVLWEEGKAALEQLLKFMVHPAISSINLTTALGSLANIARQRPMFMSEVIQAYETLHANLPPTLAKSQVSSVRKNLKLHLLSVLKHPASLEFQAQITTLLVDLGTPQAEIARNMPSSKDTRKRPRDDSDSTLKKMKLEPNLGEDDEDKDLEPGPSGTSKASAQISGQSDT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	208

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3odsA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	32.193 Å
晶胞边长 b length_b	44.039 Å
晶胞边长 c length_c	63.463 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	79.45 °
晶胞夹角 β angle_beta	80.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	73.84 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1793
R_work r_work	0.1765
R_free r_free	0.2308

fit	/app/data/saxs_computation/od/3ods/3ods.fit
pddf	/app/data/pr_computation/od/3ods/3ods.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/od/3ods/3ods.dat

Crystal structure of the K185A mutant of the N-terminal domain of human Symplekin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Symplekin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction