SAXSdb — 3oeb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-layer associated multidomain endoglucanase

Caldanaerobius polysaccharolyticus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose × 1 CALCIUM ION × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose × 2 CALCIUM ION × 2 SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9ZA17_9FIRM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–144； UniProt 614–756

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3oeb
沉积日期 deposition_date	2010-08-12
结构标题 title	Crystal structure of the Q121E mutant of C.polysaccharolyticus CBM16-1 bound to mannopentaose
关键词 keywords	Family 16 CBM-1, Carbohydrate Binding Module, Mannopentaose, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3oeb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3oeb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3oeb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.19 Å
Rg（电子密度）	14.89 Å
总 Rg	16.09 Å
原子数	1186
残基数	144
排除体积	20974 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3oeb__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3oeb__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S-layer associated multidomain endoglucanase
分子量 formula_weight	15825.6 kDa
突变 mutation	Q121E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1347

MVNMVSNPGFEDGLDSWQDWQQDMSAVPEAAHNGALGLKIGGGKAAGGGQDIPLKPNTTYILGAWAKFDSKPAGTFDVVVQYHLKDANNTYVQHILNFNETDWTYKQLLFTTPDVFGSTPELALWKGDTSKANLYVDDVYLVEV

来源 Source

来源生物 organism	Caldanaerobius polysaccharolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	44256
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	828.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3oebA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

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晶胞边长 a length_a	56.440 Å
晶胞边长 b length_b	96.516 Å
晶胞边长 c length_c	72.935 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2007
R_work r_work	0.1999
R_free r_free	0.2179

Crystal structure of the Q121E mutant of C.polysaccharolyticus CBM16-1 bound to mannopentaose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-layer associated multidomain endoglucanase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3oeb__assembly_1__model_1

3oeb__assembly_1__model_1 | I(q)

3oeb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Q121E mutant of C.polysaccharolyticus CBM16-1 bound to mannopentaose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-layer associated multidomain endoglucanase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3oeb__assembly_1__model_1

3oeb__assembly_1__model_1 | I(q)

3oeb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)