3oei

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis RelJK (Rv3357-Rv3358-RelBE3)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RelJ (Antitoxin Rv3357)

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	RelK (Toxin Rv3358) × 2 （P64528） CITRATE ANION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	RelK (Toxin Rv3358) × 2 （P64528） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	RelK (Toxin Rv3358) × 2 （P64528） water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	RelK (Toxin Rv3358) × 2 （P64528） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y3357_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 B； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 I； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 J； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 M； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 N； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 E； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 F； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

RelK (Toxin Rv3358)

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P64528

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	RelJ (Antitoxin Rv3357) × 2 （P65067） CITRATE ANION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	RelJ (Antitoxin Rv3357) × 2 （P65067） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	RelJ (Antitoxin Rv3357) × 2 （P65067） water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	RelJ (Antitoxin Rv3357) × 2 （P65067） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y3358_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 13–96； UniProt 2–85 作者链 D； PDB构建体 13–96； UniProt 2–85 作者链 G； PDB构建体 13–96； UniProt 2–85 作者链 H； PDB构建体 13–96； UniProt 2–85 作者链 K； PDB构建体 13–96； UniProt 2–85 作者链 L； PDB构建体 13–96； UniProt 2–85 作者链 O； PDB构建体 13–96； UniProt 2–85 作者链 P； PDB构建体 13–96； UniProt 2–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3oei
沉积日期 deposition_date	2010-08-12
结构标题 title	Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis RelJK (Rv3357-Rv3358-RelBE3)
关键词 keywords	;Toxin-antitoxin systems, Protein-protein complex, Tuberculosis Structural Genomics Consortium, Toxin, Protein Binding, TB Structural Genomics Consortium, TBSGC ;; Toxin, Protein Binding
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3oei__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3oei__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3oei__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.94 Å
Rg（电子密度）	23.07 Å
总 Rg	23.88 Å
原子数	2749
残基数	337
排除体积	48116 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3oei__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3oei__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3oei__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3oei__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RelJ (Antitoxin Rv3357)
分子量 formula_weight	10876.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,I,J,M,N
原子数 atom_count	11529

MSISASEARQRLFPLIEQVNTDHQPVRITSRAGDAVLMSADDYDAWQETVYLLRSPENARRLMEAVARDKAGHSAFTKSVDELREMAGGEEMQAGPAL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RelK (Toxin Rv3358)
分子量 formula_weight	11504.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H,K,L,O,P

HHHHHHDDDDKVRSVNFDPDAWEDFLFWLAADRKTARRITRLIGEIQRDPFSGIGKPEPLQGELSGYWSRRIDDEHRLVYRAGDDEVTMLKARYHY

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RelJ (Antitoxin Rv3357)
分子量 formula_weight	10889.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MSISASEARQRLFPLIEQVNTDHQPVRITSRAGDAVLMSADDYDAWQETVYLLRSPENARRLMEAVARDKAGHSAFTKSVDELREMAGGEEMQAGPAL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	420

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 43 domains

SCOP 2.08 (19 domains)

结构域编号 domain_id	d3oeia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamily	d.306.1 — YefM-like
家族 Family family	d.306.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamily	d.306.1 — YefM-like
家族 Family family	d.306.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeic1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamily	d.298.1 — RelE-like
家族 Family family	d.298.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeic2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3oeid1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamily	d.298.1 — RelE-like
家族 Family family	d.298.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeid2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3oeie_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamily	d.306.1 — YefM-like
家族 Family family	d.306.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeif_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamily	d.306.1 — YefM-like
家族 Family family	d.306.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeig_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamily	d.298.1 — RelE-like
家族 Family family	d.298.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeih1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamily	d.298.1 — RelE-like
家族 Family family	d.298.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeih2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3oeii_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamily	d.306.1 — YefM-like
家族 Family family	d.306.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeij_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamily	d.306.1 — YefM-like
家族 Family family	d.306.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeik_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamily	d.298.1 — RelE-like
家族 Family family	d.298.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeil_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamily	d.298.1 — RelE-like
家族 Family family	d.298.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeim_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamily	d.306.1 — YefM-like
家族 Family family	d.306.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oein_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.306 — YefM-like
超家族 Superfamily superfamily	d.306.1 — YefM-like
家族 Family family	d.306.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeio_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamily	d.298.1 — RelE-like
家族 Family family	d.298.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3oeip_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.298 — RelE-like
超家族 Superfamily superfamily	d.298.1 — RelE-like
家族 Family family	d.298.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3oeiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YefM-like domain

结构域编号 domain_id	3oeiA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 —

结构域编号 domain_id	3oeiB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YefM-like domain

结构域编号 domain_id	3oeiB02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 —

结构域编号 domain_id	3oeiC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — RelE-like

结构域编号 domain_id	3oeiD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — RelE-like

结构域编号 domain_id	3oeiE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YefM-like domain

结构域编号 domain_id	3oeiE02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 —

结构域编号 domain_id	3oeiF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YefM-like domain

结构域编号 domain_id	3oeiF02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 —

结构域编号 domain_id	3oeiG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — RelE-like

结构域编号 domain_id	3oeiH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — RelE-like

结构域编号 domain_id	3oeiI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YefM-like domain

结构域编号 domain_id	3oeiI02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 —

结构域编号 domain_id	3oeiJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YefM-like domain

结构域编号 domain_id	3oeiJ02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 —

结构域编号 domain_id	3oeiK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — RelE-like

结构域编号 domain_id	3oeiL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — RelE-like

结构域编号 domain_id	3oeiM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YefM-like domain

结构域编号 domain_id	3oeiM02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 —

结构域编号 domain_id	3oeiN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YefM-like domain

结构域编号 domain_id	3oeiN02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 —

结构域编号 domain_id	3oeiO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — RelE-like

结构域编号 domain_id	3oeiP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — RelE-like

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晶胞边长 a length_a	42.219 Å
晶胞边长 b length_b	187.512 Å
晶胞边长 c length_c	113.881 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.145 Å
最低分辨率 resolution_low	40.506 Å
R 因子 r_factor	0.2058
R_work r_work	0.2031
R_free r_free	0.2559

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis RelJK (Rv3357-Rv3358-RelBE3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RelJ (Antitoxin Rv3357)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RelK (Toxin Rv3358)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3oei__assembly_3__model_1

3oei__assembly_3__model_1 | I(q)

3oei__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 43 domains

SCOP 2.08 (19 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis RelJK (Rv3357-Rv3358-RelBE3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RelJ (Antitoxin Rv3357)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RelK (Toxin Rv3358)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3oei__assembly_3__model_1

3oei__assembly_3__model_1 | I(q)

3oei__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 43 domains

SCOP 2.08 (19 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)