3ogk

Structure of COI1-ASK1 in complex with coronatine and an incomplete JAZ1 degron

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SKP1-like protein 1A

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	Coronatine-insensitive protein 1 × 8 （O04197） JAZ1 incomplete degron peptide × 7 （Q3ED96） (1S,2S)-2-ethyl-1-({[(3aS,4S,6R,7aS)-6-ethyl-1-oxooctahydro-1H-inden-4-yl]carbonyl}amino)cyclopropanecarboxylic acid × 8 PHOSPHATE ION × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1A_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 C； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 E； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 G； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 I； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 K； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 M； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160 作者链 O； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

Coronatine-insensitive protein 1

Arabidopsis thaliana

UniProt O04197

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	SKP1-like protein 1A × 8 （Q39255） JAZ1 incomplete degron peptide × 7 （Q3ED96） (1S,2S)-2-ethyl-1-({[(3aS,4S,6R,7aS)-6-ethyl-1-oxooctahydro-1H-inden-4-yl]carbonyl}amino)cyclopropanecarboxylic acid × 8 PHOSPHATE ION × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COI1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 D； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 F； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 H； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 J； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 L； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 N； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 P； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592

JAZ1 incomplete degron peptide

物种未注明

UniProt Q3ED96

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 23	SKP1-like protein 1A × 8 （Q39255） Coronatine-insensitive protein 1 × 8 （O04197） (1S,2S)-2-ethyl-1-({[(3aS,4S,6R,7aS)-6-ethyl-1-oxooctahydro-1H-inden-4-yl]carbonyl}amino)cyclopropanecarboxylic acid × 8 PHOSPHATE ION × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q3ED96_ARATH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–22； UniProt 139–160 作者链 R； PDB构建体 1–22； UniProt 139–160 作者链 S； PDB构建体 1–22； UniProt 139–160 作者链 U； PDB构建体 1–22； UniProt 139–160 作者链 V； PDB构建体 1–22； UniProt 139–160 作者链 W； PDB构建体 1–22； UniProt 139–160 作者链 X； PDB构建体 1–22； UniProt 139–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ogk
沉积日期 deposition_date	2010-08-16
结构标题 title	Structure of COI1-ASK1 in complex with coronatine and an incomplete JAZ1 degron
关键词 keywords	Leucine rich repeat, ubiquitin ligase, SCF, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ogk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ogk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ogk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.41 Å
Rg（电子密度）	59.85 Å
总 Rg	60.06 Å
原子数	46526
残基数	5775
排除体积	830550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ogk__assembly_1__model_1`	23-meric （23）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SKP1-like protein 1A
分子量 formula_weight	17876.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	46526

MSAKKIVLKSSDGESFEVEEAVALESQTIAHMVEDDCVDNGVPLPNVTSKILAKVIEYCKRHVEAAASKAEAVEGAATSDDDLKAWDADFMKIDQATLFELILAANYLNIKNLLDLTCQTVADMIKGKTPEEIRTTFNIKNDFTPEEEEEVRRENQWAFE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress,thale-cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coronatine-insensitive protein 1
分子量 formula_weight	67750.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

MEDPDIKRCKLSCVATVDDVIEQVMTYITDPKDRDSASLVCRRWFKIDSETREHVTMALCYTATPDRLSRRFPNLRSLKLKGKPRAAMFNLIPENWGGYVTPWVTEISNNLRQLKSVHFRRMIVSDLDLDRLAKARADDLETLKLDKCSGFTTDGLLSIVTHCRKIKTLLMEESSFSEKDGKWLHELAQHNTSLEVLNFYMTEFAKISPKDLETIARNCRSLVSVKVGDFEILELVGFFKAAANLEEFCGGSLNEDIGMPEKYMNLVFPRKLCRLGLSYMGPNEMPILFPFAAQIRKLDLLYALLETEDHCTLIQKCPNLEVLETRNVIGDRGLEVLAQYCKQLKRLRIERGADEQGMEDEEGLVSQRGLIALAQGCQELEYMAVYVSDITNESLESIGTYLKNLCDFRLVLLDREERITDLPLDNGVRSLLIGCKKLRRFAFYLRQGGLTDLGLSYIGQYSPNVRWMLLGYVGESDEGLMEFSRGCPNLQKLEMRGCCFSERAIAAAVTKLPSLRYLWVQGYRASMTGQDLMQMARPYWNIELIPSRRVPEVNQQGEIREMEHPAHILAYYSLAGQRTDCPTTVRVLKEPI

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress,thale-cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	JAZ1 incomplete degron peptide
分子量 formula_weight	2724.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,U,V,W,X

RRASLHRFLEKRKDRVTSKAPY

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(1S,2S)-2-ethyl-1-({[(3aS,4S,6R,7aS)-6-ethyl-1-oxooctahydro-1H-inden-4-yl]carbonyl}amino)cyclopropanecarboxylic acid
分子量 formula_weight	321.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3ogkA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3ogkB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3ogkB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3ogkC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3ogkD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3ogkD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3ogkE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3ogkF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3ogkF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3ogkG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3ogkH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3ogkH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3ogkI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3ogkJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3ogkJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3ogkK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3ogkL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3ogkL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3ogkM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3ogkN01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3ogkN02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	3ogkO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3ogkP01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	3ogkP02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

▶

晶胞边长 a length_a	121.847 Å
晶胞边长 b length_b	221.455 Å
晶胞边长 c length_c	148.474 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.629 Å
R 因子 r_factor	0.2267
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	0.2682

Structure of COI1-ASK1 in complex with coronatine and an incomplete JAZ1 degron

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SKP1-like protein 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Coronatine-insensitive protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

JAZ1 incomplete degron peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ogk__assembly_1__model_1

3ogk__assembly_1__model_1 | I(q)

3ogk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of COI1-ASK1 in complex with coronatine and an incomplete JAZ1 degron

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SKP1-like protein 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Coronatine-insensitive protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

JAZ1 incomplete degron peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ogk__assembly_1__model_1

3ogk__assembly_1__model_1 | I(q)

3ogk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)