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3okw

Mouse Semaphorin 6A, extracellular domains 1-2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Semaphorin-6A

Mus musculus

UniProt O35464

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 5 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 19–571 链 B； UniProt 19–571 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CIT CITRIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；Polyethylene Glycol 3350 20% w/v, di-ammonium Hydrogen Citrate 200mM, 6% D-galactose, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3OKW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3AFC Mouse Semaphorin 6A extracellular domain 提交 2010-02-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–570（552 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP residues 19-570)
链 B 19–570（552 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP residues 19-570)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；22-24% (wt/vol) PEG 1500, 0.1M Tris-Cl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.278
3AL8 Plexin A2 / Semaphorin 6A complex 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–570（552 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 19-570)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；18-25% (wt./vol.) PEG 1000, 0.2-0.3M MgCl2, 0.1M Na-cacodylate pH 5.5-6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.287
3AL8 Plexin A2 / Semaphorin 6A complex 提交 2010-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–570（552 aa） 片段：sema and PSI domain (UNP RESIDUES 19-570)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；18-25% (wt./vol.) PEG 1000, 0.2-0.3M MgCl2, 0.1M Na-cacodylate pH 5.5-6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.287

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEM6A_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–556； UniProt 19–571 作者链 B； PDB构建体 4–556； UniProt 19–571

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3okw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3okw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3okw
沉积日期 deposition_date2010-08-25
结构标题 titleMouse Semaphorin 6A, extracellular domains 1-2
关键词 keywordsTransmembrane, ligand, sema-domain, Cell-cell signalling, Plexin A2, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.72 Å
零角强度 I(0) i0243391000.00
分子量 molecular_weight124240.0 kDa
排除体积 excluded_volume154860 ų
包络体积 envelope_volume204780 ų
水化壳体积 shell_volume48567 ų
包络直径 envelope_diameter111.7 Å
壳层 Rg shell_rg42.04 Å
包络 Rg envelope_rg34.26 Å
形状 Rg shape_rg34.70 Å
总 Rg total_rg35.33 Å
总原子数 total_atoms8717
残基数 n_residues1062
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.8 Å
Rg (实空间) rg_real35.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real2.4340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal243400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9102
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.6 Å
偏度 Skewness skewness0.168
峰度 Kurtosis kurtosis-0.633
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30390000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.957
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3okwA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3okwA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1680 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
结构域编号 domain_id3okwB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id3okwB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1680 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ligand-binding face of the semaphorins, domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)