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3ong

Crystal structure of UBA2ufd-Ubc9: insights into E1-E2 interactions in Sumo pathways

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.1 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-activating enzyme E1-like

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P52488

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 439–563 片段：UNP residues 439-563 SUMO-conjugating enzyme UBC9 × 1 （P50623） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 439–563 片段：UNP residues 439-563 SUMO-conjugating enzyme UBC9 × 1 （P50623） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ONG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3ONH Crystal structure of UBA2ufd-Ubc9: insights into E1-E2 interactions in Sumo pathways 提交 2010-08-28 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 439–563（125 aa） 片段：UNP residues 439-563
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；3M (NH4)2SO4, 1% MPD, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.178

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBA2_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–127； UniProt 439–563 作者链 C； PDB构建体 3–127； UniProt 439–563

SUMO-conjugating enzyme UBC9

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P50623

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–157 未记录 Ubiquitin-activating enzyme E1-like × 1 （P52488） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–157 未记录 Ubiquitin-activating enzyme E1-like × 1 （P52488） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ONG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2EKE Structure of a SUMO-binding-motif mimic bound to Smt3p-Ubc9p: conservation of a noncovalent Ubiquitin-like protein-E2 complex as a platform for selective interactions within a SUMO pathway 提交 2007-03-23 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–157（157 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；18% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.250
2EKE Structure of a SUMO-binding-motif mimic bound to Smt3p-Ubc9p: conservation of a noncovalent Ubiquitin-like protein-E2 complex as a platform for selective interactions within a SUMO pathway 提交 2007-03-23 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–157（157 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；18% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.250
2GJD Distinct functional domains of Ubc9 dictate cell survival and resistance to genotoxic stress 提交 2006-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–157（157 aa）
链 B 1–157（157 aa）
链 C 1–157（157 aa）
链 D 1–157（157 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.1M NaBr, 5mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.75 Å R-free 0.230
5JNE E2-SUMO-Siz1 E3-SUMO-PCNA complex 提交 2016-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–157（157 aa） 片段：unp residues 20-98
突变：C5S, A129K, K153R ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 6LN ethane-1,2-dithiol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 5% PEG 10,000, 0.2 M NaCl, 10% glycerol, 3% dioxane
分辨率 2.85 Å R-free 0.250
5JNE E2-SUMO-Siz1 E3-SUMO-PCNA complex 提交 2016-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–157（157 aa） 片段：unp residues 20-98
突变：C5S, A129K, K153R ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 6LN ethane-1,2-dithiol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 5% PEG 10,000, 0.2 M NaCl, 10% glycerol, 3% dioxane
分辨率 2.85 Å R-free 0.250
6Q83 Crystal structure of the biportin Pdr6 in complex with UBC9 提交 2018-12-14 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–157（156 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；Sodium cacodylate, magnesium chloride, ethanol
分辨率 4.53 Å R-free 0.271
7P47 Structure of the E3 ligase Smc5/Nse2 in complex with Ubc9-SUMO thioester mimetic 提交 2021-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–157（157 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；311 K；12% PEG8000, 0.2M dimethyl-2-hydroxyethylammoniumpropane sulfonate (NDSB 211), 8% ethylene glycol, 0.1M MES pH 6.5
分辨率 3.31 Å R-free 0.293

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBC9_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 3–159； UniProt 1–157 作者链 D； PDB构建体 3–159； UniProt 1–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ong

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ong
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ong
沉积日期 deposition_date2010-08-28
结构标题 titleCrystal structure of UBA2ufd-Ubc9: insights into E1-E2 interactions in Sumo pathways
关键词 keywordsLigase; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.25 Å
零角强度 I(0) i058322800.00
分子量 molecular_weight60529.0 kDa
排除体积 excluded_volume75919 ų
包络体积 envelope_volume98205 ų
水化壳体积 shell_volume28535 ų
包络直径 envelope_diameter108.3 Å
壳层 Rg shell_rg35.62 Å
包络 Rg envelope_rg29.02 Å
形状 Rg shape_rg29.27 Å
总 Rg total_rg29.81 Å
总原子数 total_atoms4267
残基数 n_residues542
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.1 Å
Rg (实空间) rg_real30.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real5.8320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal58320000.0000
解质量估计 total_estimate0.6868
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.0 Å
偏度 Skewness skewness0.265
峰度 Kurtosis kurtosis-0.408
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11710000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.918; Smooth: 0.932
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3ongb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd3ongb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3ongd1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamilyd.20.1 — UBC-like
家族 Family familyd.20.1.1 — UBC-related
结构域编号 domain_idd3ongd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3ongA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ubiquitin-like 2 activating enzyme e1b. Chain: B, domain 3
结构域编号 domain_id3ongB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
结构域编号 domain_id3ongC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology290 — Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ubiquitin-like 2 activating enzyme e1b. Chain: B, domain 3
结构域编号 domain_id3ongD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)