SAXSdb — 3oqm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catabolite control protein A

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Phosphocarrier protein HPr × 2 （P08877） 5'-D(TPTPGPTPAPAPGPCPGPTPTPAPTPCPAPA)-3' × 1 5'-D(TPTPGPAPTPAPAPCPGPCPTPTPAPCPAPA)-3' × 1 SULFATE ION × 4 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCPA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333 作者链 C； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333

Phosphocarrier protein HPr

Bacillus subtilis

UniProt P08877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Catabolite control protein A × 2 （P25144） 5'-D(TPTPGPTPAPAPGPCPGPTPTPAPTPCPAPA)-3' × 1 5'-D(TPTPGPAPTPAPAPCPGPCPTPTPAPCPAPA)-3' × 1 SULFATE ION × 4 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTHP_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–87； UniProt 2–88 作者链 S； PDB构建体 1–87； UniProt 2–88

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3oqm
沉积日期 deposition_date	2010-09-03
结构标题 title	structure of ccpa-hpr-ser46p-ackA2 complex
关键词 keywords	PBP fold for ccpa, transcription, HPr-SER46-P and cre DNA, nucleoid, TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA complex; TRANSCRIPTION/TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3oqm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3oqm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3oqm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.71 Å
Rg（电子密度）	30.26 Å
总 Rg	30.93 Å
原子数	7102
残基数	868
排除体积	124760 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3oqm__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Catabolite control protein A
分子量 formula_weight	37724.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7152

MNITIYDVAREANVSMATVSRVVNGNPNVKPTTRKKVLEAIERLGYRPNAVARGLASKKTTTVGVIIPDISSIFYSELARGIEDIATMYKYNIILSNSDQNMEKELHLLNTMLGKQVDGIVFMGGNITDEHVAEFKRSPVPIVLAASVEEQEETPSVAIDYEQAIYDAVKLLVDKGHTDIAFVSGPMAEPINRSKKLQGYKRALEEANLPFNEQFVAEGDYTYDSGLEALQHLMSLDKKPTAILSATDEMALGIIHAAQDQGLSIPEDLDIIGFDNTRLSLMVRPQLSTVVQPTYDIGAVAMRLLTKLMNKEPVEEHIVELPHRIELRKSTKSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phosphocarrier protein HPr
分子量 formula_weight	9147.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,D

AQKTFKVTADSGIHARPATVLVQTASKYDADVNLEYNGKTVNLKSIMGVMSLGIAKGAEITISASGADENDALNALEETMKSEGLGE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(TPTPGPTPAPAPGPCPGPTPTPAPTPCPAPA)-3'
分子量 formula_weight	4912.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TTGTAAGCGTTATCAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(TPTPGPAPTPAPAPCPGPCPTPTPAPCPAPA)-3'
分子量 formula_weight	4881.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TTGATAACGCTTACAA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	50

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3oqmA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3oqmA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3oqmA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3oqmC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	3oqmC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3oqmC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3oqmD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1340 — Histidine-containing Protein; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HPr-like

结构域编号 domain_id	3oqmS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1340 — Histidine-containing Protein; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HPr-like

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晶胞边长 a length_a	74.240 Å
晶胞边长 b length_b	103.540 Å
晶胞边长 c length_c	176.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.960 Å
最低分辨率 resolution_low	57.100 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2710

structure of ccpa-hpr-ser46p-ackA2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catabolite control protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phosphocarrier protein HPr

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3oqm__assembly_1__model_1

3oqm__assembly_1__model_1 | I(q)

3oqm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

structure of ccpa-hpr-ser46p-ackA2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catabolite control protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phosphocarrier protein HPr

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3oqm__assembly_1__model_1

3oqm__assembly_1__model_1 | I(q)

3oqm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)