3ovb

How the CCA-adding Enzyme Selects Adenine over Cytosine in Position 76 of tRNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCA-Adding Enzyme

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 2 RNA 2	RNA (35-MER) × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 SULFATE ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 5 MAGNESIUM ION × 2 PYROPHOSPHATE 2- × 2 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCA_ARCFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437 作者链 B； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ovb
沉积日期 deposition_date	2010-09-16
结构标题 title	How the CCA-adding Enzyme Selects Adenine over Cytosine in Position 76 of tRNA
关键词 keywords	Protein-RNA, Rossmann Fold, CCA-adding, tRNA, nucleotidyltransfer, Transferase-RNA complex; Transferase/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ovb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ovb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ovb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.14 Å
Rg（电子密度）	39.43 Å
总 Rg	39.49 Å
原子数	8842
残基数	947
排除体积	152320 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ovb__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CCA-Adding Enzyme
分子量 formula_weight	51906.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.25, 2.7.7.21
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9437

MKVEEILEKALELVIPDEEEVRKGREAEEELRRRLDELGVEYVFVGSYARNTWLKGSLEIDVFLLFPEEFSKEELRERGLEIGKAVLDSYEIRYAEHPYVHGVVKGVEVDVVPCYKLKEPKNIKSAVDRTPFHHKWLEGRIKGKENEVRLLKGFLKANGIYGAEYKVRGFSGYLCELLIVFYGSFLETVKNARRWTRRTVIDVAKGEVRKGEEFFVVDPVDEKRNVAANLSLDNLARFVHLCREFMEAPSLGFFKPKHPLEIEPERLRKIVEERGTAVFAVKFRKPDIVDDNLYPQLERASRKIFEFLERENFMPLRSAFKASEEFCYLLFECQIKEISRVFRRMGPQFEDERNVKKFLSRNRAFRPFIENGRWWAFEMRKFTTPEEGVRSYASTHWHTLGKNVGESIREYFEIISGEKLFKEPVTAELCEMMGVKDCCCQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA (35-MER)
分子量 formula_weight	11166.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACCA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	475

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3ovbA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2

结构域编号 domain_id	3ovbA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3ovbA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

结构域编号 domain_id	3ovbA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1550 — Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain

结构域编号 domain_id	3ovbB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2

结构域编号 domain_id	3ovbB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	3ovbB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain

结构域编号 domain_id	3ovbB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1550 — Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	110.978 Å
晶胞边长 b length_b	215.826 Å
晶胞边长 c length_c	58.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	46.630 Å
R 因子 r_factor	0.2131
R_work r_work	0.2113
R_free r_free	0.2477

How the CCA-adding Enzyme Selects Adenine over Cytosine in Position 76 of tRNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCA-Adding Enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ovb__assembly_1__model_1

3ovb__assembly_1__model_1 | I(q)

3ovb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

How the CCA-adding Enzyme Selects Adenine over Cytosine in Position 76 of tRNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CCA-Adding Enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ovb__assembly_1__model_1

3ovb__assembly_1__model_1 | I(q)

3ovb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)