3owu

Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/F86C-CN from P. putida with Bound Equilenin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Steroid Delta-isomerase

Pseudomonas putida

UniProt P07445

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–131 链 D; UniProt 1–131 突变:D40N, C69S, C81S, F86(XCN), C97S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) EQU EQUILENIN × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.2;293 K;1.1 M ammonium sulfate, 5% isopropanol, 40 mM potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.270
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–131 链 B; UniProt 1–131 突变:D40N, C69S, C81S, F86(XCN), C97S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) EQU EQUILENIN × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.2;293 K;1.1 M ammonium sulfate, 5% isopropanol, 40 mM potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.70 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 63 个其他 PDB 条目、77 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDIS_PSEPU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 B; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 C; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 D; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3owu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3owu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3owu
沉积日期 deposition_date2010-09-20
结构标题 titleCrystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/F86C-CN from P. putida with Bound Equilenin
关键词 keywordsisomerase, steroids, cyanylation; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.81
零角强度 I(0) i058594300.00
分子量 molecular_weight57809.0 kDa
排除体积 excluded_volume71529 ų
包络体积 envelope_volume86641 ų
水化壳体积 shell_volume28651 ų
包络直径 envelope_diameter97.0
壳层 Rg shell_rg32.49
包络 Rg envelope_rg26.15
形状 Rg shape_rg25.82
总 Rg total_rg26.49
总原子数 total_atoms4064
残基数 n_residues512
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.3
Rg (实空间) rg_real26.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96
I(0) (实空间) i0_real5.8590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal58590000.0000
解质量估计 total_estimate0.8640
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.2
偏度 Skewness skewness0.423
峰度 Kurtosis kurtosis-0.246
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14080000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.771; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3owua_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.4 — NTF2-like
家族 Family familyd.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like
结构域编号 domain_idd3owub_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.4 — NTF2-like
家族 Family familyd.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like
结构域编号 domain_idd3owuc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.4 — NTF2-like
家族 Family familyd.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like
结构域编号 domain_idd3owud_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.4 — NTF2-like
家族 Family familyd.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3owuA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id3owuB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id3owuC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id3owuD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)