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3ozu

The Crystal Structure of flavohemoglobin from R. eutrophus in complex with miconazole

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flavohemoprotein

Ralstonia eutropha

UniProt P39662

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–403 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X89 1-[(2R)-2-[(2,4-dichlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；277 K；1.5M ammonium sulphate, 25% (w/v) glycerol and 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–403 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X89 1-[(2R)-2-[(2,4-dichlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；277 K；1.5M ammonium sulphate, 25% (w/v) glycerol and 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.00 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3OZU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CQX Crystal structure of the flavohemoglobin from Alcaligenes eutrophus at 1.75 A resolution 提交 1999-08-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 DGG 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；281 K；protein solution: TRIS, potassium chloride, DTT, plus precipitant; precipitant: PEG 3350, sodium chloride, sodium citrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 1.75 Å R-free 0.215
1CQX Crystal structure of the flavohemoglobin from Alcaligenes eutrophus at 1.75 A resolution 提交 1999-08-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–403（403 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 DGG 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；281 K；protein solution: TRIS, potassium chloride, DTT, plus precipitant; precipitant: PEG 3350, sodium chloride, sodium citrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 1.75 Å R-free 0.215
1CQX Crystal structure of the flavohemoglobin from Alcaligenes eutrophus at 1.75 A resolution 提交 1999-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
链 B 1–403（403 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 DGG 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；281 K；protein solution: TRIS, potassium chloride, DTT, plus precipitant; precipitant: PEG 3350, sodium chloride, sodium citrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
分辨率 1.75 Å R-free 0.215
3OZV The Crystal Structure of flavohemoglobin from R. eutrophus in complex with econazole 提交 2010-09-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 DGG 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL × 1 ECN 1-[(2S)-2-[(4-CHLOROBENZYL)OXY]-2-(2,4-DICHLOROPHENYL)ETHYL]-1H-IMIDAZOLE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；1.5M ammonium sulphate, 25% (w/v) glycerol and 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
3OZV The Crystal Structure of flavohemoglobin from R. eutrophus in complex with econazole 提交 2010-09-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–403（403 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 DGG 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL × 1 ECN 1-[(2S)-2-[(4-CHLOROBENZYL)OXY]-2-(2,4-DICHLOROPHENYL)ETHYL]-1H-IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；1.5M ammonium sulphate, 25% (w/v) glycerol and 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
3OZV The Crystal Structure of flavohemoglobin from R. eutrophus in complex with econazole 提交 2010-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
链 B 1–403（403 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 DGG 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL × 2 ECN 1-[(2S)-2-[(4-CHLOROBENZYL)OXY]-2-(2,4-DICHLOROPHENYL)ETHYL]-1H-IMIDAZOLE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；1.5M ammonium sulphate, 25% (w/v) glycerol and 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
3OZW The Crystal Structure of flavohemoglobin from R. eutrophus in complex with ketoconazole 提交 2010-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
链 B 1–403（403 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 KKK 1-acetyl-4-(4-{[(2R,4S)-2-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-imidazol-1-ylmethyl)-1,3-dioxolan-4-yl]methoxy}phenyl)piperazine × 2 DGG 1-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-2-[8-(2-HEXYL-CYCLOPROPYL)-OCTANAL-1-YL]-3-[HEXADECANAL-1-YL]-GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；1.5M ammonium sulphate, 25% (w/v) glycerol and 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.241

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HMP_RALEH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–403； UniProt 1–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ozu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ozu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ozu
沉积日期 deposition_date2010-09-27
结构标题 titleThe Crystal Structure of flavohemoglobin from R. eutrophus in complex with miconazole
关键词 keywordsglobin fold, antiparallel beta-barrel, alpha/beta fold, HEM-, FAD-, NAD- binding domains, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.82 Å
零角强度 I(0) i037030700.00
分子量 molecular_weight46682.0 kDa
排除体积 excluded_volume58248 ų
包络体积 envelope_volume68563 ų
水化壳体积 shell_volume25962 ų
包络直径 envelope_diameter72.2 Å
壳层 Rg shell_rg28.92 Å
包络 Rg envelope_rg21.80 Å
形状 Rg shape_rg21.82 Å
总 Rg total_rg22.68 Å
总原子数 total_atoms3283
残基数 n_residues403
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.9 Å
Rg (实空间) rg_real22.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37030000.0000
解质量估计 total_estimate0.9055
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.4 Å
偏度 Skewness skewness0.147
峰度 Kurtosis kurtosis-0.486
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7075000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3ozua1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3ozua2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family familyb.43.4.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3ozua3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamilyc.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family familyc.25.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3ozuA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id3ozuA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id3ozuA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)