3p4s

Crystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in complex with a 3-nitropropionate adduct

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fumarate reductase flavoprotein subunit

Escherichia coli 042

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase iron-sulfur subunit × 1 （D3GV55） Fumarate reductase subunit C × 1 （D3QL74） Fumarate reductase subunit D × 1 （D3GV53） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 3-NITROPROPANOIC ACID × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase iron-sulfur subunit × 1 （D3GV55） Fumarate reductase subunit C × 1 （D3QL74） Fumarate reductase subunit D × 1 （D3GV53） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3GV56_ECO44
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–577； UniProt 1–577 作者链 M； PDB构建体 1–577； UniProt 1–577

Fumarate reductase iron-sulfur subunit

Escherichia coli 042

UniProt D3GV55

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （D3GV56） Fumarate reductase subunit C × 1 （D3QL74） Fumarate reductase subunit D × 1 （D3GV53） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 3-NITROPROPANOIC ACID × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （D3GV56） Fumarate reductase subunit C × 1 （D3QL74） Fumarate reductase subunit D × 1 （D3GV53） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3GV55_ECO44
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–243； UniProt 2–244 作者链 N； PDB构建体 1–243； UniProt 2–244

Fumarate reductase subunit C

Escherichia coli O55:H7 str. CB9615

UniProt D3QL74

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （D3GV56） Fumarate reductase iron-sulfur subunit × 1 （D3GV55） Fumarate reductase subunit D × 1 （D3GV53） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 3-NITROPROPANOIC ACID × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （D3GV56） Fumarate reductase iron-sulfur subunit × 1 （D3GV55） Fumarate reductase subunit D × 1 （D3GV53） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3QL74_ECOCB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 2–131 作者链 O； PDB构建体 1–130； UniProt 2–131

Fumarate reductase subunit D

Escherichia coli 042

UniProt D3GV53

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （D3GV56） Fumarate reductase iron-sulfur subunit × 1 （D3GV55） Fumarate reductase subunit C × 1 （D3QL74） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 3-NITROPROPANOIC ACID × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Fumarate reductase flavoprotein subunit × 1 （D3GV56） Fumarate reductase iron-sulfur subunit × 1 （D3GV55） Fumarate reductase subunit C × 1 （D3QL74） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3GV53_ECO44
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119 作者链 P； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3p4s
沉积日期 deposition_date	2010-10-07
结构标题 title	Crystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in complex with a 3-nitropropionate adduct
关键词 keywords	Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3p4s__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3p4s__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3p4s__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.75 Å
Rg（电子密度）	33.39 Å
总 Rg	33.50 Å
原子数	8393
残基数	1069
排除体积	149840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3p4s__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3p4s__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fumarate reductase flavoprotein subunit
分子量 formula_weight	63477.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,M
原子数 atom_count	16792

MQTFQADLAIVGAGGAGLRAAIAAAQANPNAKIALISKVYPMRSHTVAAEGGSAAVAQDHDSFEYHFHDTVAGGDWLCEQDVVDYFVHHCPTEMTQLELWGCPWSRRPDGSVNVRRFGGMKIERTWFAADKTGFHMLHTLFQTSLQFPQIQRFDEHFVLDILVDDGHVRGLVAMNMMEGTLVQIRANAVVMATGGAGRVYRYNTNGGIVTGDGMGMALSHGVPLRDMEFVQYHPTGLPGSGILMTEGCRGEGGILVNKNGYRYLQDYGMGPETPLGEPKNKYMELGPRDKVSQAFWHEWRKGNTISTPRGDVVYLDLRHLGEKKLHERLPFICELAKAYVGVDPVKEPIPVRPTAHYTMGGIETDQNCETRIKGLFAVGECSSVGLHGANRLGSNSLAELVVFGRLAGEQATERAATAGNGNEAAIEAQAAGVEQRLKDLVNQDGGENWAKIRDEMGLAMEEGCGIYRTPELMQKTIDKLAELQERFKRVRITDTSSVFNTDLLYTIELGHGLNVAECMAHSAMARKESRGAHQRLDEGCTERDDVNFLKHTLAFRDADGTTRLEYSDVKITTLPPA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli 042
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	216592
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fumarate reductase iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	27021.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,N

AEMKNLKIEVVRYNPEVDTAPHSAFYEVPYDATTSLLDALGYIKDNLAPDLSYRWSCRMAICGSCGMMVNNVPKLACKTFLRDYTDGMKVEALANFPIERDLVVDMTHFIESLEAIKPYIIGNSRTADQGTNIQTPAQMAKYHQFSGCINCGLCYAACPQFGLNPEFIGPAAITLAHRYNEDSRDHGKKERMAQLNSQNGVWSCTFVGYCSEVCPKHVDPAAAIQQGKVESSKDFLIATLKPR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli 042
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	216592
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fumarate reductase subunit C
分子量 formula_weight	14898.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,O

TTKRKPYVRPMTSTWWKKLPFYRFYMLREGTAVPAVWFSIELIFGLFALKNGPEAWAGFVDFLQNPVIVIINLITLAAALLHTKTWFELAPKAANIIVKDEKMGPEPIIKSLWAVTVVATIVILFVALYW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O55:H7 str. CB9615
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	701177
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fumarate reductase subunit D
分子量 formula_weight	13118.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,P

MINPNPKRSDEPVFWGLFGAGGMWSAIIAPVMILLVGILLPLGLFPGDALSYERVLAFAQSFIGRVFLFLMIVLPLWCGLHRMHHAMHDLKIHVPAGKWVFYGLAAILTVVTLIGVVTI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli 042
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	216592
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3-NITROPROPANOIC ACID
分子量 formula_weight	119.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3p4sb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d3p4sb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.2 — alpha-helical ferredoxin
家族 Family family	a.1.2.1 — Fumarate reductase/Succinate dehydogenase iron-sulfur protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3p4sc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d3p4sn1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d3p4sn2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.2 — alpha-helical ferredoxin
家族 Family family	a.1.2.1 — Fumarate reductase/Succinate dehydogenase iron-sulfur protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3p4so_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3p4sA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3p4sA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3p4sA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3p4sA04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — succinate dehydrogenase protein domain

结构域编号 domain_id	3p4sB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	3p4sB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-helical ferredoxin

结构域编号 domain_id	3p4sC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

结构域编号 domain_id	3p4sD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

结构域编号 domain_id	3p4sM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	3p4sM02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3p4sM03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3p4sM04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — succinate dehydrogenase protein domain

结构域编号 domain_id	3p4sN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	3p4sN02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-helical ferredoxin

结构域编号 domain_id	3p4sO00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

结构域编号 domain_id	3p4sP00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

▶

晶胞边长 a length_a	98.065 Å
晶胞边长 b length_b	139.006 Å
晶胞边长 c length_c	276.476 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2550
R_work r_work	0.2550
R_free r_free	0.2790

Crystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in complex with a 3-nitropropionate adduct

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fumarate reductase flavoprotein subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fumarate reductase iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fumarate reductase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fumarate reductase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3p4s__assembly_2__model_1

3p4s__assembly_2__model_1 | I(q)

3p4s__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)