3p6y

CF Im25-CF Im68-UGUAA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 × 2 （Q16630） 5'-R(UPGPUPAP*A)-3' × 2 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 × 2 （Q16630） 5'-R(UPGPUPAP*A)-3' × 2 water × 4	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 × 2 （Q16630） 5'-R(UPGPUPAP*A)-3' × 1 water × 4	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 × 2 （Q16630） 5'-R(UPGPUPAP*A)-3' × 2 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPSF5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–194； UniProt 34–227 作者链 B； PDB构建体 1–194； UniProt 34–227 作者链 E； PDB构建体 1–194； UniProt 34–227 作者链 F； PDB构建体 1–194； UniProt 34–227 作者链 I； PDB构建体 1–194； UniProt 34–227 作者链 J； PDB构建体 1–194； UniProt 34–227 作者链 M； PDB构建体 1–194； UniProt 34–227 作者链 N； PDB构建体 1–194； UniProt 34–227

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6

Homo sapiens

UniProt Q16630

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 × 2 （O43809） 5'-R(UPGPUPAP*A)-3' × 2 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 × 2 （O43809） 5'-R(UPGPUPAP*A)-3' × 2 water × 4	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 × 2 （O43809） 5'-R(UPGPUPAP*A)-3' × 1 water × 4	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5 × 2 （O43809） 5'-R(UPGPUPAP*A)-3' × 2 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPSF6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–82； UniProt 80–161 作者链 D； PDB构建体 1–82； UniProt 80–161 作者链 G； PDB构建体 1–82； UniProt 80–161 作者链 H； PDB构建体 1–82； UniProt 80–161 作者链 K； PDB构建体 1–82； UniProt 80–161 作者链 L； PDB构建体 1–82； UniProt 80–161 作者链 O； PDB构建体 1–82； UniProt 80–161 作者链 P； PDB构建体 1–82； UniProt 80–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3p6y
沉积日期 deposition_date	2010-10-11
结构标题 title	CF Im25-CF Im68-UGUAA complex
关键词 keywords	RRM domain, RNA binding, nuclear, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3p6y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3p6y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3p6y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.65 Å
Rg（电子密度）	26.83 Å
总 Rg	27.64 Å
原子数	4395
残基数	556
排除体积	77950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3p6y__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3p6y__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3p6y__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3p6y__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5
分子量 formula_weight	23614.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F,I,J,M,N
原子数 atom_count	17567

ERTINLYPLTNYTFGTKEPLYEKDSSVAARFQRMREEFDKIGMRRTVEGVLIVHEHRLPHVLLLQLGTTFFKLPGGELNPGEDEVEGLKRLMTEILGRQDGVLQDWVIDDCIGNWWRPNFEPPQYPYIPAHITKPKEHKKLFLVQLQEKALFAVPKNYKLVAAPLFELYDNAPGYGPIISSLPQLLSRFNFIYNLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
分子量 formula_weight	10149.4 kDa
突变 mutation	C159S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H,K,L,O,P

RIALYIGNLTWWTTDEDLTEAVHSLGVNDILEIKFFENRANGQSKGFALVGVGSEASSKKLMDLLPKRELHGQNPVVTPSNKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-R(UPGPUPAP*A)-3'
分子量 formula_weight	1571.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Q,R,S,T,U,V,W

UGUAA

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	69

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3p6yc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3p6yd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3p6yg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3p6yh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3p6yk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3p6yl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3p6yo_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3p6yp_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.0 — automated matches

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3p6yA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	3p6yB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	3p6yC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3p6yD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3p6yE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	3p6yF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	3p6yG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3p6yH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3p6yI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	3p6yJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	3p6yK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3p6yL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3p6yM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	3p6yN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

结构域编号 domain_id	3p6yO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3p6yP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

▶

晶胞边长 a length_a	104.783 Å
晶胞边长 b length_b	129.419 Å
晶胞边长 c length_c	111.159 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2288
R_work r_work	0.2263
R_free r_free	0.2755

CF Im25-CF Im68-UGUAA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3p6y__assembly_1__model_1

3p6y__assembly_1__model_1 | I(q)

3p6y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

CF Im25-CF Im68-UGUAA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3p6y__assembly_1__model_1

3p6y__assembly_1__model_1 | I(q)

3p6y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)