SAXSdb — 3p88

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Farnesoid X receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nuclear receptor coactivator 1 × 1 （A8K1V4） 7-(4-{[3-(2,6-dimethylphenyl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}phenyl)isoquinoline-3-carboxylic acid × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Nuclear receptor coactivator 1 × 12 （A8K1V4） 7-(4-{[3-(2,6-dimethylphenyl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}phenyl)isoquinoline-3-carboxylic acid × 12 SULFATE ION × 12 water × 24	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Nuclear receptor coactivator 1 × 3 （A8K1V4） 7-(4-{[3-(2,6-dimethylphenyl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}phenyl)isoquinoline-3-carboxylic acid × 3 SULFATE ION × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B6ZGS9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–229； UniProt 244–472

Nuclear receptor coactivator 1

Homo sapiens

UniProt A8K1V4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Farnesoid X receptor × 1 （B6ZGS9） 7-(4-{[3-(2,6-dimethylphenyl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}phenyl)isoquinoline-3-carboxylic acid × 1 SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Farnesoid X receptor × 12 （B6ZGS9） 7-(4-{[3-(2,6-dimethylphenyl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}phenyl)isoquinoline-3-carboxylic acid × 12 SULFATE ION × 12 water × 24	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Farnesoid X receptor × 3 （B6ZGS9） 7-(4-{[3-(2,6-dimethylphenyl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}phenyl)isoquinoline-3-carboxylic acid × 3 SULFATE ION × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8K1V4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–11； UniProt 745–755

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3p88
沉积日期 deposition_date	2010-10-13
结构标题 title	FXR bound to isoquinolinecarboxylic acid
关键词 keywords	nuclear recptor FXR, TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex; TRANSCRIPTION/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3p88__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3p88__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3p88__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.09 Å
Rg（电子密度）	17.68 Å
总 Rg	18.63 Å
原子数	1927
残基数	240
排除体积	34274 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3p88__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3p88__assembly_2__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3p88__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Farnesoid X receptor
分子量 formula_weight	26870.7 kDa
突变 mutation	C432E, C466E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1940

ELTPDQQTLLHFIMDSYNKQRMPQEITNKILKEEFSAEENFEILTEMATNHVQVLVEFTKKLPGFQTLDHEDQIALLKGSAVEAMFLRSAEIFNKKLPSGHSDLLEERIRNSGISDEYITPMFSFYKSIGELKMTQEEYALLTAIVILSPDRQYIKDREAVEKLQEPLLDVLQKLCKIHQPENPQHFAELLGRLTELRTFNHHHAEMLMSWRVNDHKFTPLLEEIWDVQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear receptor coactivator 1
分子量 formula_weight	1416.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DHQLLRYLLDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	7-(4-{[3-(2,6-dimethylphenyl)-5-(1-methylethyl)isoxazol-4-yl]methoxy}phenyl)isoquinoline-3-carboxylic acid
分子量 formula_weight	492.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3p88a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3p88A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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晶胞边长 a length_a	158.537 Å
晶胞边长 b length_b	158.537 Å
晶胞边长 c length_c	158.537 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	F 2 3
空间群编号 int_tables_number	196
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	47.780 Å
R 因子 r_factor	0.2413
R_work r_work	0.2375
R_free r_free	0.2889

FXR bound to isoquinolinecarboxylic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Farnesoid X receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear receptor coactivator 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3p88__assembly_1__model_1

3p88__assembly_1__model_1 | I(q)

3p88__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

FXR bound to isoquinolinecarboxylic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Farnesoid X receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear receptor coactivator 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3p88__assembly_1__model_1

3p88__assembly_1__model_1 | I(q)

3p88__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)