3p8c

Structure and Control of the Actin Regulatory WAVE Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 188.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1

Homo sapiens

UniProt Q7L576

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1253 未记录 Nck-associated protein 1 × 1 (Q9Y2A7) Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1 × 1 (Q92558) Probable protein BRICK1 × 1 (Q8WUW1) Abl interactor 2 × 1 (B4DSN1) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;10 % (w/v) glycerol, 4 % PEG 10,000, 12-20 % PEG 300, 100 mM Tris-HCl, 2 mM TCEP, 2 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.29 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYFP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1253; UniProt 1–1253

Nck-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y2A7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1128 未记录 Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 × 1 (Q7L576) Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1 × 1 (Q92558) Probable protein BRICK1 × 1 (Q8WUW1) Abl interactor 2 × 1 (B4DSN1) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;10 % (w/v) glycerol, 4 % PEG 10,000, 12-20 % PEG 300, 100 mM Tris-HCl, 2 mM TCEP, 2 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.29 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCKP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1128; UniProt 1–1128

Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1

Homo sapiens

UniProt Q92558

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–186 链 D; UniProt 485–559 突变:prolin rich region deletion mutant Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 × 1 (Q7L576) Nck-associated protein 1 × 1 (Q9Y2A7) Probable protein BRICK1 × 1 (Q8WUW1) Abl interactor 2 × 1 (B4DSN1) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;10 % (w/v) glycerol, 4 % PEG 10,000, 12-20 % PEG 300, 100 mM Tris-HCl, 2 mM TCEP, 2 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.29 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WASF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–186; UniProt 1–186 作者链 D; PDB构建体 205–279; UniProt 485–559

Probable protein BRICK1

Homo sapiens

UniProt Q8WUW1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–75 未记录 Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 × 1 (Q7L576) Nck-associated protein 1 × 1 (Q9Y2A7) Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1 × 1 (Q92558) Abl interactor 2 × 1 (B4DSN1) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;10 % (w/v) glycerol, 4 % PEG 10,000, 12-20 % PEG 300, 100 mM Tris-HCl, 2 mM TCEP, 2 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.29 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–75; UniProt 1–75

Abl interactor 2

Homo sapiens

UniProt B4DSN1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–158 片段:N-terminal domain Cytoplasmic FMR1-interacting protein 1 × 1 (Q7L576) Nck-associated protein 1 × 1 (Q9Y2A7) Wiskott-Aldrich syndrome protein family member 1 × 1 (Q92558) Probable protein BRICK1 × 1 (Q8WUW1) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277 K;10 % (w/v) glycerol, 4 % PEG 10,000, 12-20 % PEG 300, 100 mM Tris-HCl, 2 mM TCEP, 2 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.29 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B4DSN1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 2–159; UniProt 1–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3p8c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3p8c
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3p8c
沉积日期 deposition_date2010-10-13
结构标题 titleStructure and Control of the Actin Regulatory WAVE Complex
关键词 keywordsactin polymerization, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron59.47
零角强度 I(0) i01350630000.00
分子量 molecular_weight311020.0 kDa
排除体积 excluded_volume391260 ų
包络体积 envelope_volume553130 ų
水化壳体积 shell_volume84675 ų
包络直径 envelope_diameter209.9
壳层 Rg shell_rg52.32
包络 Rg envelope_rg59.58
形状 Rg shape_rg59.47
总 Rg total_rg59.26
总原子数 total_atoms21828
残基数 n_residues2685
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax188.6
Rg (实空间) rg_real59.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.80
I(0) (实空间) i0_real1.3510e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.79
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1347000000.0000
解质量估计 total_estimate0.5444
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.9
偏度 Skewness skewness0.634
峰度 Kurtosis kurtosis-0.319
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha199200000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.735; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.009; Positv: 1.000; Valcen: 0.805; Smooth: 0.034

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3p8cD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340
结构域编号 domain_id3p8cD02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id3p8cE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id3p8cF01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1620

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)