3phw

OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with Ubiquitin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase L

Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a × 1 （P62979） ETHANAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a × 1 （P62979） ETHANAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a × 1 （P62979） ETHANAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a × 1 （P62979） ETHANAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	L_CCHFI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–185； UniProt 1–183 作者链 C； PDB构建体 3–185； UniProt 1–183 作者链 E； PDB构建体 3–185； UniProt 1–183 作者链 G； PDB构建体 3–185； UniProt 1–183

Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

Homo sapiens

UniProt P62979

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA-directed RNA polymerase L × 1 （Q6TQR6） ETHANAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA-directed RNA polymerase L × 1 （Q6TQR6） ETHANAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA-directed RNA polymerase L × 1 （Q6TQR6） ETHANAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA-directed RNA polymerase L × 1 （Q6TQR6） ETHANAMINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS27A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 D； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 F； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 H； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3phw
沉积日期 deposition_date	2010-11-04
结构标题 title	OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with Ubiquitin
关键词 keywords	OTU domain, De-ubiquitinase, De-ISGylase, Hydrolase-Ribosomal Protein complex; Hydrolase/Ribosomal Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3phw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3phw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3phw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.30 Å
Rg（电子密度）	18.18 Å
总 Rg	19.10 Å
原子数	1865
残基数	231
排除体积	33244 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3phw__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3phw__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3phw__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3phw__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase L
分子量 formula_weight	21011.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12, 2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	8055

GPMDFLRSLDWTQVIAGQYVSNPRFNISDYFEIVRQPGDGNCFYHSIAELTMPNKTDHSYHYIKRLTESAARKYYQEEPEARLVGLSLEDYLKRMLSDNEWGSTLEASMLAKEMGITIIIWTVAASDEVEAGIKFGDGDVFTAVNLLHSGQTHFDALRILPQFETDTREALSLMDRVIAVDQLTS

来源 Source

来源生物 organism	Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200
通用名 common_name	CCHFV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652961
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
分子量 formula_weight	8519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ETHANAMINE
分子量 formula_weight	45.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	562

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3phwb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d3phwd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d3phwf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d3phwh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3phwA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	3phwB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3phwC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	3phwD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3phwE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	3phwF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3phwG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	3phwH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	79.440 Å
晶胞边长 b length_b	106.170 Å
晶胞边长 c length_c	111.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	45.623 Å
R 因子 r_factor	0.2164
R_work r_work	0.2131
R_free r_free	0.2783

OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with Ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3phw__assembly_1__model_1

3phw__assembly_1__model_1 | I(q)

3phw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

OTU Domain of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus in complex with Ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-directed RNA polymerase L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3phw__assembly_1__model_1

3phw__assembly_1__model_1 | I(q)

3phw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)