3pja

Crystal structure of human C3PO complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Translin-associated protein X × 2 （Q99598） water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Translin-associated protein X × 2 （Q99598） water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TSN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 B； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 C； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 D； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 E； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 F； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 G； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 H； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 I； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228

Translin-associated protein X

Homo sapiens

UniProt Q99598

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Translin × 6 （Q15631） water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Translin × 6 （Q15631） water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TSNAX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 K； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290 作者链 L； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pja
沉积日期 deposition_date	2010-11-09
结构标题 title	Crystal structure of human C3PO complex
关键词 keywords	7 alpha helical bundle, Ribonuclease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3pja__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3pja__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3pja__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.88 Å
Rg（电子密度）	36.95 Å
总 Rg	37.61 Å
原子数	13948
残基数	1714
排除体积	249770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3pja__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3pja__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Translin
分子量 formula_weight	26220.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	21233

MSVSEIFVELQGFLAAEQDIREEIRKVVQSLEQTAREILTLLQGVHQGAGFQDIPKRCLKAREHFGTVKTHLTSLKTKFPAEQYYRFHEHWRFVLQRLVFLAAFVVYLETETLVTREAVTEILGIEPDREKGFHLDVEDYLSGVLILASELSRLSVNSVTAGDYSRPLHISTFINELDSGFRLLNLKNDSLRKRYDGLKYDVKKVEEVVYDLSIRGFNKETAAACVEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Translin-associated protein X
分子量 formula_weight	33159.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

MSNKEGSGGFRKRKHDNFPHNQRREGKDVNSSSPVMLAFKSFQQELDARHDKYERLVKLSRDITVESKRTIFLLHRITSAPDMEDILTESEIKLDGVRQKIFQVAQELSGEDMHQFHRAITTGLQEYVEAVSFQHFIKTRSLISMDEINKQLIFTTEDNGKENKTPSSDAQDKQFGTWRLRVTPVDYLLGVADLTGELMRMCINSVGNGDIDTPFEVSQFLRQVYDGFSFIGNTGPYEVSKKLYTLKQSLAKVENACYALKVRGSEIPKHMLADVFSVKTEMIDQEEGIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	177

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d3pjaa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.16 — Translin
家族 Family family	a.118.16.1 — Translin

结构域编号 domain_id	d3pjab_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.16 — Translin
家族 Family family	a.118.16.1 — Translin

结构域编号 domain_id	d3pjac_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.16 — Translin
家族 Family family	a.118.16.1 — Translin

结构域编号 domain_id	d3pjad_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.16 — Translin
家族 Family family	a.118.16.1 — Translin

结构域编号 domain_id	d3pjae_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.16 — Translin
家族 Family family	a.118.16.1 — Translin

结构域编号 domain_id	d3pjaf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.16 — Translin
家族 Family family	a.118.16.1 — Translin

结构域编号 domain_id	d3pjag_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.16 — Translin
家族 Family family	a.118.16.1 — Translin

结构域编号 domain_id	d3pjah_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.16 — Translin
家族 Family family	a.118.16.1 — Translin

结构域编号 domain_id	d3pjai_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.16 — Translin
家族 Family family	a.118.16.1 — Translin

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3pjaA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

结构域编号 domain_id	3pjaL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translin; domain 1

结构域编号 domain_id	3pjaL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Translin; domain 2

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晶胞边长 a length_a	171.250 Å
晶胞边长 b length_b	95.830 Å
晶胞边长 c length_c	232.885 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.916 Å
R 因子 r_factor	0.2083
R_work r_work	0.2059
R_free r_free	0.2535

Crystal structure of human C3PO complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Translin-associated protein X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pja__assembly_2__model_1

3pja__assembly_2__model_1 | I(q)

3pja__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human C3PO complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Translin-associated protein X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pja__assembly_2__model_1

3pja__assembly_2__model_1 | I(q)

3pja__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)