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3pkj

Human SIRT6 crystal structure in complex with 2'-N-Acetyl ADP ribose

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-dependent deacetylase sirtuin-6

Homo sapiens

UniProt Q8N6T7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–355 突变：K267E A2N [(2R,3S,4R,5R)-4-(acetylamino)-3,5-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.12 Å R-free 0.265
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2–355 突变：K267E A2N [(2R,3S,4R,5R)-4-(acetylamino)-3,5-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.12 Å R-free 0.265
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–355 突变：K267E A2N [(2R,3S,4R,5R)-4-(acetylamino)-3,5-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.12 Å R-free 0.265
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 2–355 突变：K267E A2N [(2R,3S,4R,5R)-4-(acetylamino)-3,5-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.12 Å R-free 0.265
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 2–355 突变：K267E A2N [(2R,3S,4R,5R)-4-(acetylamino)-3,5-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.12 Å R-free 0.265
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 2–355 突变：K267E A2N [(2R,3S,4R,5R)-4-(acetylamino)-3,5-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.12 Å R-free 0.265
7 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–355 链 B； UniProt 2–355 链 C； UniProt 2–355 链 D； UniProt 2–355 链 E； UniProt 2–355 链 F； UniProt 2–355 突变：K267E A2N [(2R,3S,4R,5R)-4-(acetylamino)-3,5-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate × 6 ZN ZINC ION × 6 SO4 SULFATE ION × 12 UNX UNKNOWN LIGAND × 35 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS PH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 2.12 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3PKJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3K35 Crystal Structure of Human SIRT6 提交 2009-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–318（316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M Bis-Tris pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.267
3K35 Crystal Structure of Human SIRT6 提交 2009-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–318（316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M Bis-Tris pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.267
3K35 Crystal Structure of Human SIRT6 提交 2009-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–318（316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M Bis-Tris pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.267
3K35 Crystal Structure of Human SIRT6 提交 2009-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–318（316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M Bis-Tris pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.267
3K35 Crystal Structure of Human SIRT6 提交 2009-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 3–318（316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M Bis-Tris pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.267
3K35 Crystal Structure of Human SIRT6 提交 2009-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 3–318（316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M Bis-Tris pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.267
3K35 Crystal Structure of Human SIRT6 提交 2009-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 3–318（316 aa）
链 B 3–318（316 aa）
链 C 3–318（316 aa）
链 D 3–318（316 aa）
链 E 3–318（316 aa）
链 F 3–318（316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 6 SO4 SULFATE ION × 13 UNX UNKNOWN LIGAND × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M Bis-Tris pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.267
3PKI Human SIRT6 crystal structure in complex with ADP ribose 提交 2010-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–355（354 aa）
突变：K265E UNX UNKNOWN LIGAND × 2 ZN ZINC ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS pH5.8, temperature 297K
分辨率 2.04 Å R-free 0.213
3PKI Human SIRT6 crystal structure in complex with ADP ribose 提交 2010-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–355（354 aa）
突变：K265E UNX UNKNOWN LIGAND × 6 ZN ZINC ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS pH5.8, temperature 297K
分辨率 2.04 Å R-free 0.213
3PKI Human SIRT6 crystal structure in complex with ADP ribose 提交 2010-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2–355（354 aa）
突变：K265E UNX UNKNOWN LIGAND × 7 ZN ZINC ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS pH5.8, temperature 297K
分辨率 2.04 Å R-free 0.213
3PKI Human SIRT6 crystal structure in complex with ADP ribose 提交 2010-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 2–355（354 aa）
突变：K265E UNX UNKNOWN LIGAND × 3 ZN ZINC ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS pH5.8, temperature 297K
分辨率 2.04 Å R-free 0.213
3PKI Human SIRT6 crystal structure in complex with ADP ribose 提交 2010-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 2–355（354 aa）
突变：K265E UNX UNKNOWN LIGAND × 2 ZN ZINC ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS pH5.8, temperature 297K
分辨率 2.04 Å R-free 0.213
3PKI Human SIRT6 crystal structure in complex with ADP ribose 提交 2010-11-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 2–355（354 aa）
突变：K265E UNX UNKNOWN LIGAND × 6 ZN ZINC ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS pH5.8, temperature 297K
分辨率 2.04 Å R-free 0.213
3PKI Human SIRT6 crystal structure in complex with ADP ribose 提交 2010-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–355（354 aa）
链 B 2–355（354 aa）
链 C 2–355（354 aa）
突变：K265E 突变：K265E 突变：K265E UNX UNKNOWN LIGAND × 15 ZN ZINC ION × 3 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 3 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS pH5.8, temperature 297K
分辨率 2.04 Å R-free 0.213
3PKI Human SIRT6 crystal structure in complex with ADP ribose 提交 2010-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 2–355（354 aa）
链 E 2–355（354 aa）
链 F 2–355（354 aa）
突变：K265E 突变：K265E 突变：K265E UNX UNKNOWN LIGAND × 11 ZN ZINC ION × 3 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 3 SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；297 K；2M NH4SO4, 2%PEG400, 0.1M BIS-TRIS pH5.8, temperature 297K
分辨率 2.04 Å R-free 0.213
3ZG6 The novel de-long chain fatty acid function of human sirt6 提交 2012-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–296（296 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-296
未记录 ZN ZINC ION × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.236
5MF6 Human Sirt6 in complex with activator UBCS039 提交 2016-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–308（301 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 7M2 (4~{R})-4-pyridin-3-yl-4,5-dihydropyrrolo[1,2-a]quinoxaline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.87 Å R-free 0.220
5MF6 Human Sirt6 in complex with activator UBCS039 提交 2016-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 8–308（301 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 7M2 (4~{R})-4-pyridin-3-yl-4,5-dihydropyrrolo[1,2-a]quinoxaline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.87 Å R-free 0.220
5MFP Human Sirt6 in complex with activator UBCS58 提交 2016-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–308（301 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 7M5 4-pyridin-3-ylpyrrolo[1,2-a]quinoxaline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.98 Å R-free 0.185
5MFP Human Sirt6 in complex with activator UBCS58 提交 2016-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 8–308（301 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 7M5 4-pyridin-3-ylpyrrolo[1,2-a]quinoxaline × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.98 Å R-free 0.185
5MFZ Human Sirt6 in complex with small molecule UBCS40 提交 2016-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 7M9 1-pyrrolo[1,2-a]quinoxalin-4-ylnaphthalen-2-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.10 Å R-free 0.208
5MFZ Human Sirt6 in complex with small molecule UBCS40 提交 2016-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.10 Å R-free 0.208
5MGN Human Sirt6 in complex with activator UBCS38 提交 2016-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–308（301 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 7N2 (4~{R})-4-pyridin-3-yl-5-[3-(trifluoromethyl)phenyl]sulfonyl-4~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinoxaline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.07 Å R-free 0.192
5MGN Human Sirt6 in complex with activator UBCS38 提交 2016-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 8–308（301 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.07 Å R-free 0.192
5X16 Sirt6 apo structure 提交 2017-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–318（316 aa） 片段：UNP residues 3-318
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 35% v/v tert-Butanol
分辨率 1.97 Å R-free 0.232
5Y2F Human SIRT6 in complex with allosteric activator MDL-801 提交 2017-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–318（316 aa） 片段：UNP RESIDUES 3-318
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 8L9 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 HDR HEXADECANE-1-SULFINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Mes pH 6.5, 20% W/v PEG 8000
分辨率 2.53 Å R-free 0.217
6HOY Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the inhibitor trichostatin A 提交 2018-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 TSN TRICHOSTATIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.70 Å R-free 0.185
6HOY Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the inhibitor trichostatin A 提交 2018-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 3 TSN TRICHOSTATIN A × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.70 Å R-free 0.185
6QCD Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator quercetin 提交 2018-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 QUE 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.84 Å R-free 0.202
6QCD Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator quercetin 提交 2018-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 QUE 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.84 Å R-free 0.202
6QCE Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator isoquercetin 提交 2018-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 HW2 isoquercetin × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.90 Å R-free 0.187
6QCE Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator isoquercetin 提交 2018-12-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 HW2 isoquercetin × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.90 Å R-free 0.187
6QCH Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator cyanidin 提交 2018-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 4 HWB cyanidin × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.10 Å R-free 0.200
6QCH Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the activator cyanidin 提交 2018-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 6 HWB cyanidin × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.10 Å R-free 0.200
6QCJ Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the inhibitor catechin gallate 提交 2018-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 13–308（296 aa）
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 7 XEG (2R,3S)-2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-3,4-dihydro-2H-chromen-3-yl 3,4,5-trihydroxybenzoate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.01 Å R-free 0.199
6XUY Human Sirt6 13-308 in complex with ADP-ribose 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；100 mM Bis-Tris pH 5.7, 1.6 M (NH4)2SO4, and 10% PEG 400
分辨率 2.13 Å R-free 0.179
6XUY Human Sirt6 13-308 in complex with ADP-ribose 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；100 mM Bis-Tris pH 5.7, 1.6 M (NH4)2SO4, and 10% PEG 400
分辨率 2.13 Å R-free 0.179
6XV1 Human Sirt6 13-308 in complex with ADP-ribose and the activator MDL-801 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 8L9 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；100 mM Bis-Tris pH 5.7, 1.6 M (NH4)2SO4, and 10% PEG 400
分辨率 1.95 Å R-free 0.165
6XV1 Human Sirt6 13-308 in complex with ADP-ribose and the activator MDL-801 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；100 mM Bis-Tris pH 5.7, 1.6 M (NH4)2SO4, and 10% PEG 400
分辨率 1.95 Å R-free 0.165
6XV6 Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 1.75 Å R-free 0.225
6XV6 Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 1.75 Å R-free 0.225
6XV6 Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 1.75 Å R-free 0.225
6XV6 Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 1.75 Å R-free 0.225
6XV6 Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 1.75 Å R-free 0.225
6XV6 Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose 提交 2020-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 1.75 Å R-free 0.225
6XVG Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose and the activator MDL-801 提交 2020-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 8L9 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
6XVG Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose and the activator MDL-801 提交 2020-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 8L9 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
6XVG Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose and the activator MDL-801 提交 2020-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 8L9 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
6XVG Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose and the activator MDL-801 提交 2020-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 8L9 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
6XVG Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose and the activator MDL-801 提交 2020-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 8L9 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
6XVG Human Sirt6 3-318 in complex with ADP-ribose and the activator MDL-801 提交 2020-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 3–318（316 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 8L9 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；85 mM HEPES pH 7.5, 85 mM sodium chloride, 1.36 M (NH4)2SO4, 15% glycerol
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
6ZU4 Human Sirt6 13-308 in complex with ADP-ribose and the activator fluvastatin 提交 2020-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 13–308（296 aa）
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 9 115 (3R,5S,6E)-7-[3-(4-fluorophenyl)-1-(propan-2-yl)-1H-indol-2-yl]-3,5-dihydroxyhept-6-enoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；100 mM Bis-Tris pH 5.7, 1.6 M (NH4)2SO4, and 10% PEG 400
分辨率 2.46 Å R-free 0.205
7CL0 Crystal structure of human SIRT6 提交 2020-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–355（355 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 G4U tetradecanethial × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Mes pH 6.5, 20% W/v PEG 8000
分辨率 2.53 Å R-free 0.248
7CL1 Human SIRT6 in complex with allosteric activator MDL-801 (3.2A) 提交 2020-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–355（355 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 8L9 5-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonylamino]-2-[(5-bromanyl-4-fluoranyl-2-methyl-phenyl)sulfamoyl]benzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 G4X hexadecanethial × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Mes pH 6.5, 20% W/v PEG 8000
分辨率 3.20 Å R-free 0.220
8AK5 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment pyroglutamic acid 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PCA PYROGLUTAMIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.12 Å R-free 0.222
8AK5 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment pyroglutamic acid 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PCA PYROGLUTAMIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.12 Å R-free 0.222
8AK6 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment sulfamethoxazole 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 08D Sulfamethoxazole × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.98 Å R-free 0.222
8AK6 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment sulfamethoxazole 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 08D Sulfamethoxazole × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.98 Å R-free 0.222
8AK7 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 6-O-methylguanine 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 6GO 6-O-methylguanine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.81 Å R-free 0.233
8AK7 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 6-O-methylguanine 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 6GO 6-O-methylguanine × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.81 Å R-free 0.233
8AK8 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 4-hydroxybenzamide 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 HBD 4-HYDROXYBENZAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.73 Å R-free 0.193
8AK8 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 4-hydroxybenzamide 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 6 HBD 4-HYDROXYBENZAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.73 Å R-free 0.193
8AK9 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment Isatin 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ISN ISATIN × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.95 Å R-free 0.223
8AK9 Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment Isatin 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 ISN ISATIN × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.95 Å R-free 0.223
8AKA Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment cis-resveratrol 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 STL RESVERATROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 6 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.77 Å R-free 0.207
8AKA Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment cis-resveratrol 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 STL RESVERATROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.77 Å R-free 0.207
8AKB Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 4-nitrocatechol 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 4NC 4-NITROCATECHOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.13 Å R-free 0.261
8AKB Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 4-nitrocatechol 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 4NC 4-NITROCATECHOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.13 Å R-free 0.261
8AKC Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 3-(acetylamino)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 3 GV9 3-(acetylamino)thiophene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.83 Å R-free 0.206
8AKC Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 3-(acetylamino)thiophene-2-carboxylic acid 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 3 GV9 3-(acetylamino)thiophene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.83 Å R-free 0.206
8AKD Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 1-methyl-L-histidine 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 HIC 4-METHYL-HISTIDINE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.76 Å R-free 0.202
8AKD Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 1-methyl-L-histidine 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 HIC 4-METHYL-HISTIDINE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.76 Å R-free 0.202
8AKE Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment nicotinamide 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.82 Å R-free 0.224
8AKE Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment nicotinamide 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.82 Å R-free 0.224
8AKF Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 3-aminobenzamide 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 4 3AB 3-aminobenzamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.97 Å R-free 0.225
8AKF Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 3-aminobenzamide 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 3AB 3-aminobenzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.97 Å R-free 0.225
8AKG Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 4-amino-6-chlorobenzene-1,3-disulfonamide 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 7 I7B 4-AMINO-6-CHLOROBENZENE-1,3-DISULFONAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.82 Å R-free 0.193
8AKG Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 4-amino-6-chlorobenzene-1,3-disulfonamide 提交 2022-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 I7B 4-AMINO-6-CHLOROBENZENE-1,3-DISULFONAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.82 Å R-free 0.193
8BL0 Human Sirt6 in complex with the inhibitor S6023 and ADP-ribose 提交 2022-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 QTI 3-[4-[[5-(2-fluorophenyl)thiophen-2-yl]methyl]piperazin-1-yl]sulfonylbenzenesulfonamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.82 Å R-free 0.239
8BL0 Human Sirt6 in complex with the inhibitor S6023 and ADP-ribose 提交 2022-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 QTI 3-[4-[[5-(2-fluorophenyl)thiophen-2-yl]methyl]piperazin-1-yl]sulfonylbenzenesulfonamide × 1 SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.82 Å R-free 0.239
8BL1 Human Sirt6 in complex with the inhibitor S6039 and ADP-ribose 提交 2022-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 QY3 2-azanyl-5-[4-[[5-(2-fluorophenyl)thiophen-2-yl]methyl]piperazin-1-yl]sulfonyl-benzenesulfonamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.06 Å R-free 0.216
8BL1 Human Sirt6 in complex with the inhibitor S6039 and ADP-ribose 提交 2022-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 QY3 2-azanyl-5-[4-[[5-(2-fluorophenyl)thiophen-2-yl]methyl]piperazin-1-yl]sulfonyl-benzenesulfonamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.06 Å R-free 0.216
8CNM Human Sirt6 in complex with the inhibitor S6020 and ADP-ribose 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 13–308（296 aa）
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 8 V7R 4-azanyl-~{N}-(4-oxidanylcyclohexyl)benzenesulfonamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.88 Å R-free 0.227
8CNO Improved complex structure of human Sirtuin 6 with its inhibitor cis-resveratrol 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 13–308（296 aa）
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 2 STL RESVERATROL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 9 CL CHLORIDE ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.75 Å R-free 0.188
8F86 SIRT6 bound to an H3K9Ac nucleosome 提交 2022-11-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 2–355（354 aa）
未记录 ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8G57 Structure of nucleosome-bound Sirtuin 6 deacetylase 提交 2023-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–355（355 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES pH 7.5, 60 mM KCl, 1.5% glycerol, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8I2B Human SIRT6 in complex with inhibitor 7702 提交 2023-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 13–298（286 aa）
链 B 13–298（286 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 9 O5L N1-[[4-(4-aminophenyl)sulfanyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]methoxy]benzene-1,4-dicarboxamide × 6 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 6 SO4 SULFATE ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Bis-tris pH 5.7, 1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG400
分辨率 2.20 Å R-free 0.238
8OF4 Nucleosome Bound human SIRT6 (Composite) 提交 2023-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 L 1–355（355 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8ZVP Human SIRT6 in complex with EGCG 提交 2024-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 13–308（296 aa）
链 B 13–308（296 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 6 KDH (2R,3R)-5,7-dihydroxy-2-(3,4,5-trihydroxyphenyl)-3,4-dihydro-2H-chromen-3-yl 3,4,5-trihydroxybenzoate × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.7；291.15 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 2.50 Å R-free 0.205
9EIL SIRT6 bound to an H3K27Ac nucleosome 提交 2024-11-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 2–355（354 aa）
未记录 ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9G7H Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and the inhibitor 2-Pr 提交 2024-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 13–308（296 aa）
链 B 13–308（296 aa）
未记录 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 6 A1IIZ 2,4-bis(oxidanylidene)-1-[2-oxidanylidene-2-[[(2S)-3-oxidanylidene-3-(propylamino)-2-[3-(3-pyridin-3-yl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)propanoylamino]propyl]amino]ethyl]pyrimidine-5-carboxamide × 3 SO4 SULFATE ION × 21 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；293 K；1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7
分辨率 1.75 Å R-free 0.202

共 44 个其他 PDB 条目、91 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIRT6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–355； UniProt 2–355 作者链 B； PDB构建体 2–355； UniProt 2–355 作者链 C； PDB构建体 2–355； UniProt 2–355 作者链 D； PDB构建体 2–355； UniProt 2–355 作者链 E； PDB构建体 2–355； UniProt 2–355 作者链 F； PDB构建体 2–355； UniProt 2–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

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P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3pkj
沉积日期 deposition_date2010-11-11
结构标题 titleHuman SIRT6 crystal structure in complex with 2'-N-Acetyl ADP ribose
关键词 keywords;ROSSMANN FOLD, ZN-BINDING DOMAIN, STRUCTURAL GENOMICS, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC, ADP-RIBOSYLATION, 2'-N-Acetyl ADP ribose, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id3pkjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id3pkjA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id3pkjB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id3pkjB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id3pkjC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id3pkjC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id3pkjD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id3pkjD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id3pkjE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id3pkjE02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id3pkjF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id3pkjF02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)