3pla

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box C/D RNP from Sulfolobus solfataricus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre mRNA splicing protein

Sulfolobus solfataricus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 4	50S ribosomal protein L7Ae × 2 （D0KRE2） ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 2 （P58032） C/D guide RNA × 2 ;RNA (5'-R(CPCPAPUPGPAPGPUPGPU)-3') ; × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 4	50S ribosomal protein L7Ae × 2 （D0KRE2） ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 2 （P58032） C/D guide RNA × 2 ;RNA (5'-R(CPCPAPUPGPAPGPUPGPU)-3') ; × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q97ZH3_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380 作者链 B； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380 作者链 K； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380

50S ribosomal protein L7Ae

Sulfolobus solfataricus

UniProt D0KRE2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 4	Pre mRNA splicing protein × 2 （Q97ZH3） ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 2 （P58032） C/D guide RNA × 2 ;RNA (5'-R(CPCPAPUPGPAPGPUPGPU)-3') ; × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 4	Pre mRNA splicing protein × 2 （Q97ZH3） ;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ; × 2 （P58032） C/D guide RNA × 2 ;RNA (5'-R(CPCPAPUPGPAPGPUPGPU)-3') ; × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D0KRE2_SULS9
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 D； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 L； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;

Sulfolobus solfataricus

UniProt P58032

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 4	Pre mRNA splicing protein × 2 （Q97ZH3） 50S ribosomal protein L7Ae × 2 （D0KRE2） C/D guide RNA × 2 ;RNA (5'-R(CPCPAPUPGPAPGPUPGPU)-3') ; × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 4	Pre mRNA splicing protein × 2 （Q97ZH3） 50S ribosomal protein L7Ae × 2 （D0KRE2） C/D guide RNA × 2 ;RNA (5'-R(CPCPAPUPGPAPGPUPGPU)-3') ; × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLPA_SULSO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232 作者链 F； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232 作者链 M； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pla
沉积日期 deposition_date	2010-11-15
结构标题 title	Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box C/D RNP from Sulfolobus solfataricus
关键词 keywords	RNA-binding, METHYLTRANSFERASE, SAM, Box C/D RNA, Guide RNA, RNA-Protein complex, TRANSFERASE-RNA complex; TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3pla__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3pla__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3pla__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.71 Å
Rg（电子密度）	40.16 Å
总 Rg	40.38 Å
原子数	13402
残基数	1535
排除体积	233590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3pla__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3pla__assembly_2__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pre mRNA splicing protein
分子量 formula_weight	44168.5 kDa
突变 mutation	M2V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,K
原子数 atom_count	20046

MVKIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEKFAQHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L7Ae
分子量 formula_weight	14075.3 kDa
突变 mutation	N2D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,L

MDAMSKASYVKFEVPQDLADKVLEAVRKAKESGKIKKGTNETTKAVERGQAKLVIIAEDVQPEEIVAHLPLLCDEKKIPYVYVSSKKALGEACGLQVATASAAILEPGEAKDLVDEIIKRVNEIKGKTSS

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	555311
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	26439.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
突变 mutation	S2A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,M

MAEVITVKQTNMENIYECEFNDGSFRLCTRNLVPNFNVYGERLIKYEGVEYREWNAFRSKLAGAILKGLKTNPIRKGTKVLYLGAASGTTISHVSDIIELNGKAYGVEFSPRVVRELLLVAQRRPNIFPLLADARFPQSYKSVVENVDVLYVDIAQPDQTDIAIYNAKFFLKVNGDMLLVIKARSIDVTKDPKEIYKTEVEKLENSNFETIQIINLDPYDKDHAIVLSKYKG

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	C/D guide RNA
分子量 formula_weight	12852.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G,H,N

GGGAGUCUUGUGAUGAAACACUCAUGGUCUGAAGACUCCC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(CPCPAPUPGPAPGPUPGPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3177.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J,O

CCAUGAGUGU

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	3plaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	3plaA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	3plaA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	3plaB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	3plaB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	3plaB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	3plaC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	3plaD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	3plaE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3plaE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3plaF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3plaF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3plaK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	3plaK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4070 —

结构域编号 domain_id	3plaK03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Nop domain

结构域编号 domain_id	3plaL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	3plaM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3plaM02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	241.199 Å
晶胞边长 b length_b	241.199 Å
晶胞边长 c length_c	145.408 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	19.910 Å
R 因子 r_factor	0.2493
R_work r_work	0.2478
R_free r_free	0.2776

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box C/D RNP from Sulfolobus solfataricus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre mRNA splicing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L7Ae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pla__assembly_1__model_1

3pla__assembly_1__model_1 | I(q)

3pla__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a catalytically active substrate-bound box C/D RNP from Sulfolobus solfataricus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pre mRNA splicing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L7Ae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pla__assembly_1__model_1

3pla__assembly_1__model_1 | I(q)

3pla__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)