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3pmg

STRUCTURE OF RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION. USE OF FREEZING POINT DEPRESSANT AND REDUCED TEMPERATURE TO ENHANCE DIFFRACTIVITY

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 133.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoglucomutase-1

物种未注明

UniProt P00949

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–561 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.191
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–561 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3PMG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C47 BINDING DRIVEN STRUCTURAL CHANGES IN CRYSTALINE PHOSPHOGLUCOMUTASE ASSOCIATED WITH CHEMICAL REACTION 提交 1999-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–562（561 aa）
链 B 2–562（561 aa）
未记录 G16 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.248
1C4G PHOSPHOGLUCOMUTASE VANADATE BASED TRANSITION STATE ANALOG COMPLEX 提交 1999-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–562（561 aa）
链 B 2–562（561 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 VG1 ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE-6-VANADATE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.290
1JDY RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–561（561 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.244
1JDY RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–561（561 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.244
1LXT STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE PHOSPHOGLUCOMUTASE FROM RABBIT 提交 1996-07-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–561（561 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.260
1LXT STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE PHOSPHOGLUCOMUTASE FROM RABBIT 提交 1996-07-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–561（561 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.260
1VKL RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–561（561 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.210
1VKL RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE 提交 1996-07-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–561（561 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NI NICKEL (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4
分辨率 2.70 Å R-free 0.210

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PGMU_RABIT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–561； UniProt 1–561 作者链 B； PDB构建体 1–561； UniProt 1–561

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3pmg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3pmg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3pmg
沉积日期 deposition_date1995-03-02
结构标题 titleSTRUCTURE OF RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION. USE OF FREEZING POINT DEPRESSANT AND REDUCED TEMPERATURE TO ENHANCE DIFFRACTIVITY
关键词 keywordsPHOSPHOTRANSFERASE, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.99 Å
零角强度 I(0) i0226399000.00
分子量 molecular_weight123060.0 kDa
排除体积 excluded_volume154650 ų
包络体积 envelope_volume193050 ų
水化壳体积 shell_volume44703 ų
包络直径 envelope_diameter140.9 Å
壳层 Rg shell_rg41.33 Å
包络 Rg envelope_rg37.07 Å
形状 Rg shape_rg37.00 Å
总 Rg total_rg37.24 Å
总原子数 total_atoms10610
残基数 n_residues1120
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.6 Å
Rg (实空间) rg_real37.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.94 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal226400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8147
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.2 Å
偏度 Skewness skewness0.573
峰度 Kurtosis kurtosis-0.126
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha60910000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.669; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.696; Smooth: 0.885
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd3pmga1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamilyc.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family familyc.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
结构域编号 domain_idd3pmga2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamilyc.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family familyc.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
结构域编号 domain_idd3pmga3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamilyc.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family familyc.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
结构域编号 domain_idd3pmga4
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.129.2 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain
家族 Family familyd.129.2.1 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd3pmgb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamilyc.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family familyc.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
结构域编号 domain_idd3pmgb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamilyc.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family familyc.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
结构域编号 domain_idd3pmgb3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.84 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
超家族 Superfamily superfamilyc.84.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
家族 Family familyc.84.1.1 — Phosphoglucomutase, first 3 domains
结构域编号 domain_idd3pmgb4
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamilyd.129.2 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain
家族 Family familyd.129.2.1 — Phosphoglucomutase, C-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3pmgA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3
结构域编号 domain_id3pmgA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3
结构域编号 domain_id3pmgA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3
结构域编号 domain_id3pmgA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3pmgB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3
结构域编号 domain_id3pmgB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3
结构域编号 domain_id3pmgB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3
结构域编号 domain_id3pmgB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain
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8. 引用文献 (5)

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9. 文件与曲线 (10)