SAXSdb — 3pn3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptide deformylase 1B, chloroplastic

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	tert-butyl {(2S)-1-[formyl(hydroxy)amino]-3-phenylpropan-2-yl}carbamate × 1 ZINC ION × 8 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	tert-butyl {(2S)-1-[formyl(hydroxy)amino]-3-phenylpropan-2-yl}carbamate × 1 ZINC ION × 7 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	tert-butyl {(2S)-1-[formyl(hydroxy)amino]-3-phenylpropan-2-yl}carbamate × 2 ZINC ION × 15 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DEF1B_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–193； UniProt 83–273 作者链 B； PDB构建体 3–193； UniProt 83–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pn3
沉积日期 deposition_date	2010-11-18
结构标题 title	Crystal structure of Arabidopsis thaliana petide deformylase 1B (AtPDF1B) in complex with inhibitor 21
关键词 keywords	peptide deformylase, 1B, PDF, N-terminal excision pathway, NME, induced-fit, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3pn3__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3pn3__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3pn3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.45 Å
Rg（电子密度）	16.32 Å
总 Rg	17.29 Å
原子数	1439
残基数	181
排除体积	25818 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3pn3__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3pn3__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3pn3__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peptide deformylase 1B, chloroplastic
分子量 formula_weight	21976.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.88
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3500

MEIVEYPDPILRAKNKRIDIFDENLKNLVDAMFDVMYKTDGIGLSAPQVGLNVQLMVFNPAGEPGEGKEIVLVNPKIKKYSDKLVPFDEGCLSFPGIYAEVVRPQSVKIDARDITGERFSISLSRLPARIFQHEYDHLEGVLFFDRMTDQVLDSIREELEALEKKYEEKTGLPSPERVEARQKRKAGVGFGKR

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	mouse-ear cress,thale-cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	tert-butyl {(2S)-1-[formyl(hydroxy)amino]-3-phenylpropan-2-yl}carbamate
分子量 formula_weight	294.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	611

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3pn3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

结构域编号 domain_id	3pn3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	45 — Peptide Deformylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptide deformylase

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晶胞边长 a length_a	55.600 Å
晶胞边长 b length_b	55.610 Å
晶胞边长 c length_c	149.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	44.620 Å
R 因子 r_factor	0.1600
R_work r_work	0.1595
R_free r_free	0.1695

Crystal structure of Arabidopsis thaliana petide deformylase 1B (AtPDF1B) in complex with inhibitor 21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptide deformylase 1B, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pn3__assembly_2__model_1

3pn3__assembly_2__model_1 | I(q)

3pn3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Arabidopsis thaliana petide deformylase 1B (AtPDF1B) in complex with inhibitor 21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptide deformylase 1B, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pn3__assembly_2__model_1

3pn3__assembly_2__model_1 | I(q)

3pn3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)