3pot

Structural analysis of a Ni(III)-methyl species in methyl-coenzyme M reductase from Methanothermobacter marburgensis

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta × 2 （P11560） Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma × 2 （P11562） MAGNESIUM ION × 12 FACTOR 430 × 2 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 2 O-phosphono-N-(6-sulfanylhexanoyl)-L-threonine × 2 Coenzyme B × 2 Iodomethane × 2 POTASSIUM ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCRA_METTM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–550； UniProt 1–550 作者链 D； PDB构建体 1–550； UniProt 1–550

Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta

物种未注明

UniProt P11560

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha × 2 （P11558） Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma × 2 （P11562） MAGNESIUM ION × 12 FACTOR 430 × 2 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 2 O-phosphono-N-(6-sulfanylhexanoyl)-L-threonine × 2 Coenzyme B × 2 Iodomethane × 2 POTASSIUM ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCRB_METTM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–443； UniProt 1–443 作者链 E； PDB构建体 1–443； UniProt 1–443

Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma

物种未注明

UniProt P11562

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha × 2 （P11558） Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta × 2 （P11560） MAGNESIUM ION × 12 FACTOR 430 × 2 1-THIOETHANESULFONIC ACID × 2 O-phosphono-N-(6-sulfanylhexanoyl)-L-threonine × 2 Coenzyme B × 2 Iodomethane × 2 POTASSIUM ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCRG_METTM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 F； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pot
沉积日期 deposition_date	2010-11-23
结构标题 title	Structural analysis of a Ni(III)-methyl species in methyl-coenzyme M reductase from Methanothermobacter marburgensis
关键词 keywords	METAL-BINDING, NICKEL, METHYL-COENZYME M REDUCTASE, METHANOGENESIS, METHYLATION, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3pot__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3pot__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3pot__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.42 Å
Rg（电子密度）	37.55 Å
总 Rg	37.97 Å
原子数	19293
残基数	2462
排除体积	341550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3pot__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha
分子量 formula_weight	60639.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	22289

MADKLFINALKKKFEESPEEKKTTFYTLGGWKQSERKTEFVNAGKEVAAKRGIPQYNPDIGTPLGQRVLMPYQVSTTDTYVEGDDLHFVNNAAMQQMWDDIRRTVIVGLNHAHAVIEKRLGKEVTPETITHYLETVNHAMPGAAVVQEHMVETHPALVADSYVKVFTGNDEIADEIDPAFVIDINKQFPEDQAETLKAEVGDGIWQVVRIPTIVSRTCDGATTSRWSAMQIGMSMISAYKQAAGEAATGDFAYAAKHAEVIHMGTYLPVRRARGENEPGGVPFGYLADICQSSRVNYEDPVRVSLDVVATGAMLYDQIWLGSYMSGGVGFTQYATAAYTDNILDDFTYFGKEYVEDKYGLCEAPNNMDTVLDVATEVTFYGLEQYEEYPALLEDQFGGSQRAAVVAAAAGCSTAFATGNAQTGLSGWYLSMYLHKEQHSRLGFYGYDLQDQCGASNVFSIRGDEGLPLELRGPNYPNYAMNVGHQGEYAGISQAPHAARGDAFVFNPLVKIAFADDNLVFDFTNVRGEFAKGALREFEPAGERALITPAK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta
分子量 formula_weight	47279.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MAKFEDKVDLYDDRGNLVEEQVPLEALSPLRNPAIKSIVQGIKRTVAVNLEGIENALKTAKVGGPACKIMGRELDLDIVGNAESIAAAAKEMIQVTEDDDTNVELLGGGKRALVQVPSARFDVAAEYSAAPLVTATAFVQAIINEFDVSMYDANMVKAAVLGRYPQSVEYMGANIATMLDIPQKLEGPGYALRNIMVNHVVAATLKNTLQAAALSTILEQTAMFEMGDAVGAFERMHLLGLAYQGMNADNLVFDLVKANGKEGTVGSVIADLVERALEDGVIKVEKELTDYKVYGTDDLAMWNAYAAAGLMAATMVNQGAARAAQGVSSTLLYYNDLIEFETGLPSVDFGKVEGTAVGFSFFSHSIYGGGGPGIFNGNHIVTRHSKGFAIPCVAAAMALDAGTQMFSPEATSGLIKEVFSQVDEFREPLKYVVEAAAEIKNEI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma
分子量 formula_weight	28797.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.8.4.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MAQYYPGTTKVAQNRRNFCNPEYELEKLREISDEDVVKILGHRAPGEEYPSVHPPLEEMDEPEDAIREMVEPIDGAKAGDRVRYIQFTDSMYFAPAQPYVRSRAYLCRYRGADAGTLSGRQIIETRERDLEKISKELLETEFFDPARSGVRGKSVHGHSLRLDEDGMMFDMLRRQIYNKDTGRVEMVKNQIGDELDEPVDLGEPLDEETLMEKTTIYRVDGEAYRDDVEAVEIMQRIHVLRSQGGFNLE

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FACTOR 430
分子量 formula_weight	906.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1-THIOETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	142.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	O-phosphono-N-(6-sulfanylhexanoyl)-L-threonine
分子量 formula_weight	329.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	Coenzyme B
分子量 formula_weight	343.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	Iodomethane
分子量 formula_weight	141.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2602

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d3pota1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.31 — Methyl-coenzyme M reductase subunits
家族 Family family	d.58.31.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3pota2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.89 — Methyl-coenzyme M reductase alpha and beta chain C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.89.1 — Methyl-coenzyme M reductase alpha and beta chain C-terminal domain
家族 Family family	a.89.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3potb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.31 — Methyl-coenzyme M reductase subunits
家族 Family family	d.58.31.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3potb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.89 — Methyl-coenzyme M reductase alpha and beta chain C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.89.1 — Methyl-coenzyme M reductase alpha and beta chain C-terminal domain
家族 Family family	a.89.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3potc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.31 — Methyl-coenzyme M reductase subunits
家族 Family family	d.58.31.1 — Methyl-coenzyme M reductase gamma chain

结构域编号 domain_id	d3potd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.31 — Methyl-coenzyme M reductase subunits
家族 Family family	d.58.31.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3potd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.89 — Methyl-coenzyme M reductase alpha and beta chain C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.89.1 — Methyl-coenzyme M reductase alpha and beta chain C-terminal domain
家族 Family family	a.89.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3pote1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.31 — Methyl-coenzyme M reductase subunits
家族 Family family	d.58.31.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3pote2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.89 — Methyl-coenzyme M reductase alpha and beta chain C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.89.1 — Methyl-coenzyme M reductase alpha and beta chain C-terminal domain
家族 Family family	a.89.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3potf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.31 — Methyl-coenzyme M reductase subunits
家族 Family family	d.58.31.1 — Methyl-coenzyme M reductase gamma chain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3potA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	390 — Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3potA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 —

结构域编号 domain_id	3potA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal

结构域编号 domain_id	3potB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal

结构域编号 domain_id	3potB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 —

结构域编号 domain_id	3potC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	320 — Lambda Exonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit

结构域编号 domain_id	3potD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	390 — Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3potD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 —

结构域编号 domain_id	3potD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal

结构域编号 domain_id	3potE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	840 — Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal

结构域编号 domain_id	3potE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 —

结构域编号 domain_id	3potF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	320 — Lambda Exonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit

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晶胞边长 a length_a	81.886 Å
晶胞边长 b length_b	118.165 Å
晶胞边长 c length_c	122.388 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1330
R_work r_work	0.1317
R_free r_free	0.1562

Structural analysis of a Ni(III)-methyl species in methyl-coenzyme M reductase from Methanothermobacter marburgensis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-coenzyme M reductase I subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methyl-coenzyme M reductase I subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methyl-coenzyme M reductase I subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pot__assembly_1__model_1

3pot__assembly_1__model_1 | I(q)

3pot__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)