SAXSdb — 3pta

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(TPCPCPCPGPTPGPAPGPCPCPTPCPCPGPCPAPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPCPTPGPCPGPGPAPGPGPCPTPCPAPCPGPGPGPA)-3') ; × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNMT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–956； UniProt 646–1600

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3pta
沉积日期 deposition_date	2010-12-02
结构标题 title	Crystal structure of human DNMT1(646-1600) in complex with DNA
关键词 keywords	DNMT1, Maintenance DNA methylation, Transferase-DNA complex; Transferase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3pta__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3pta__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3pta__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.79 Å
Rg（电子密度）	32.92 Å
总 Rg	33.51 Å
原子数	7989
残基数	942
排除体积	138980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3pta__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
分子量 formula_weight	108060.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7989

SNAFKRRRCGVCEVCQQPECGKCKACKDMVKFGGSGRSKQACQERRCPNMAMKEADDDEEVDDNIPEMPSPKKMHQGKKKKQNKNRISWVGEAVKTDGKKSYYKKVCIDAETLEVGDCVSVIPDDSSKPLYLARVTALWEDSSNGQMFHAHWFCAGTDTVLGATSDPLELFLVDECEDMQLSYIHSKVKVIYKAPSENWAMEGGMDPESLLEGDDGKTYFYQLWYDQDYARFESPPKTQPTEDNKFKFCVSCARLAEMRQKEIPRVLEQLEDLDSRVLYYSATKNGILYRVGDGVYLPPEAFTFNIKLSSPVKRPRKEPVDEDLYPEHYRKYSDYIKGSNLDAPEPYRIGRIKEIFCPKKSNGRPNETDIKIRVNKFYRPENTHKSTPASYHADINLLYWSDEEAVVDFKAVQGRCTVEYGEDLPECVQVYSMGGPNRFYFLEAYNAKSKSFEDPPNHARSPGNKGKGKGKGKGKPKSQACEPSEPEIEIKLPKLRTLDVFSGCGGLSEGFHQAGISDTLWAIEMWDPAAQAFRLNNPGSTVFTEDCNILLKLVMAGETTNSRGQRLPQKGDVEMLCGGPPCQGFSGMNRFNSRTYSKFKNSLVVSFLSYCDYYRPRFFLLENVRNFVSFKRSMVLKLTLRCLVRMGYQCTFGVLQAGQYGVAQTRRRAIILAAAPGEKLPLFPEPLHVFAPRACQLSVVVDDKKFVSNITRLSSGPFRTITVRDTMSDLPEVRNGASALEISYNGEPQSWFQRQLRGAQYQPILRDHICKDMSALVAARMRHIPLAPGSDWRDLPNIEVRLSDGTMARKLRYTHHDRKNGRSSSGALRGVCSCVEAGKACDPAARQFNTLIPWCLPHTGNRHNHWAGLYGRLEWDGFFSTTVTNPEPMGKQGRVLHPEQHRVVSVRECARSQGFPDTYRLFGNILDKHRQVGNAVPPPLAKAIGLEIKLCMLAKA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPCPCPGPTPGPAPGPCPCPTPCPCPGPCPAPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5782.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TCCCGTGAGCCTCCGCAGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPTPGPCPGPGPAPGPGPCPTPCPAPCPGPGPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	5871.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CCTGCGGAGGCTCACGGGA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d3ptaa1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.95 — bi-CXXC zinc finger-like
超家族 Superfamily superfamily	g.95.1 — bi-CXXC zinc finger-like
家族 Family family	g.95.1.1 — bi-CXXC zinc finger-like

结构域编号 domain_id	d3ptaa2
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.129 — DNMT1 CXXC-BAH1 linker domain-like
超家族 Superfamily superfamily	j.129.1 — DNMT1 CXXC-BAH1 linker domain-like
家族 Family family	j.129.1.1 — DNMT1 CXXC-BAH1 linker domain-like

结构域编号 domain_id	d3ptaa3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.12 — BAH domain
家族 Family family	b.34.12.1 — BAH domain

结构域编号 domain_id	d3ptaa4
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.12 — BAH domain
家族 Family family	b.34.12.1 — BAH domain

结构域编号 domain_id	d3ptaa5
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.26 — C5 cytosine-specific DNA methylase, DCM

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3ptaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — DNA Methylase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Methylase, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	3ptaA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	490 — Bromo adjacent homology (BAH) domain

结构域编号 domain_id	3ptaA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	490 — Bromo adjacent homology (BAH) domain

结构域编号 domain_id	3ptaA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	162.800 Å
晶胞边长 b length_b	87.900 Å
晶胞边长 c length_c	113.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2570
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.2910

Crystal structure of human DNMT1(646-1600) in complex with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pta__assembly_1__model_1

3pta__assembly_1__model_1 | I(q)

3pta__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human DNMT1(646-1600) in complex with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3pta__assembly_1__model_1

3pta__assembly_1__model_1 | I(q)

3pta__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)