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3puj

Crystal structure of the MUNC18-1 and SYNTAXIN4 N-Peptide complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 128.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntaxin-binding protein 1

Rattus norvegicus

UniProt P61765

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–594 未记录 Syntaxin-4 N-terminal peptide × 1 （P70452） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；60% Tascimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.31 Å R-free 0.258
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–594 未记录 Syntaxin-4 N-terminal peptide × 1 （P70452） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；60% Tascimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.31 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3PUJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3C98 Revised structure of the munc18a-syntaxin1 complex 提交 2008-02-15 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–594（594 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；294 K；PEG400, Ammonium Acetate, Sodium Acetate, EDTA, 2-mercaptoethanol, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.60 Å R-free 0.263
4JEH Crystal Structure of Munc18a and Syntaxin1 lacking N-peptide complex 提交 2013-02-27 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–594（594 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；27% PEG 400, 10 mM EDTA, 10 mM DTT, 224 mM ammonium acetate, and 100 mM sodium acetate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4JEH Crystal Structure of Munc18a and Syntaxin1 lacking N-peptide complex 提交 2013-02-27 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–594（594 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；27% PEG 400, 10 mM EDTA, 10 mM DTT, 224 mM ammonium acetate, and 100 mM sodium acetate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4JEU Crystal Structure of Munc18a and Syntaxin1 with native N-terminus complex 提交 2013-02-27 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–592（590 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；298 K；27% PEG 400, 10 mM EDTA, 10 mM DTT, 224 mM ammonium acetate, and 100 mM sodium acetate , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.263
6LPC Crystal Structure of rat Munc18-1 with K332E/K333E mutation 提交 2020-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–594（594 aa）
链 B 1–594（594 aa）
突变：K332E, K333E 突变：K332E, K333E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289.15 K；4 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate
分辨率 3.40 Å R-free 0.331
7UDB Cryo-EM structure of a synaptobrevin-Munc18-1-syntaxin-1 complex class 2 提交 2022-03-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–594（594 aa）
突变：D326K 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7UDC cryo-EM structures of a synaptobrevin-Munc18-1-syntaxin-1 complex class1 提交 2022-03-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–594（594 aa）
突变：D326K 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7XSJ The structure of the Mint1/Munc18-1/syntaxin-1 complex 提交 2022-05-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–594（594 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；0.2M Sodium Malonate, pH 7.0, 20% (v/v) PEG 3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.270

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STXB1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–594； UniProt 1–594 作者链 B； PDB构建体 1–594； UniProt 1–594

Syntaxin-4 N-terminal peptide

物种未注明

UniProt P70452

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–10 片段：UNP residues 1-10 Syntaxin-binding protein 1 × 1 （P61765） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；60% Tascimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.31 Å R-free 0.258
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–10 片段：UNP residues 1-10 Syntaxin-binding protein 1 × 1 （P61765） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；60% Tascimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.31 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3PUJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3PUK Re-refinement of the crystal structure of Munc18-3 and Syntaxin4 N-peptide complex 提交 2010-12-05 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–10（10 aa） 片段：UNP residues 1-10
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10-13% PEG 3350, 0.2M MGACETATE, 0.1M MES, PH6.5, 50MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.05 Å R-free 0.279
3PUK Re-refinement of the crystal structure of Munc18-3 and Syntaxin4 N-peptide complex 提交 2010-12-05 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–10（10 aa） 片段：UNP residues 1-10
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10-13% PEG 3350, 0.2M MGACETATE, 0.1M MES, PH6.5, 50MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.05 Å R-free 0.279
8BBJ Secretagogin (mouse) in complex with its target peptide from Syntaxin-4 提交 2022-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 82–109（28 aa）
突变：F64L,Q80R,I167T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 CAC CACODYLATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；0.1 M Na cacodylate pH 5.5, 0.2 M NH4SO4, 25% v/v PEGSM (PEG-smear)
分辨率 2.65 Å R-free 0.269
8BBJ Secretagogin (mouse) in complex with its target peptide from Syntaxin-4 提交 2022-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 82–109（28 aa）
突变：F64L,Q80R,I167T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；0.1 M Na cacodylate pH 5.5, 0.2 M NH4SO4, 25% v/v PEGSM (PEG-smear)
分辨率 2.65 Å R-free 0.269

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STX4_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–10； UniProt 1–10 作者链 D； PDB构建体 1–10； UniProt 1–10

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3puj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3puj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3puj
沉积日期 deposition_date2010-12-05
结构标题 titleCrystal structure of the MUNC18-1 and SYNTAXIN4 N-Peptide complex
关键词 keywordsMEMBRANE TRAFFICKING, SM PROTEIN, SYNTAXIN, SNARE PROTEINS, Syntaxin binding protein, ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS complex; ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.26 Å
零角强度 I(0) i0219122000.00
分子量 molecular_weight122980.0 kDa
排除体积 excluded_volume155100 ų
包络体积 envelope_volume217130 ų
水化壳体积 shell_volume45760 ų
包络直径 envelope_diameter129.3 Å
壳层 Rg shell_rg45.05 Å
包络 Rg envelope_rg39.37 Å
形状 Rg shape_rg40.28 Å
总 Rg total_rg40.48 Å
总原子数 total_atoms8638
残基数 n_residues1086
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.8 Å
Rg (实空间) rg_real40.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal219100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8822
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary36.3 Å
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-0.871
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30850000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.890; Smooth: 0.915
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3pujA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1
结构域编号 domain_id3pujA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1910 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2
结构域编号 domain_id3pujA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a
结构域编号 domain_id3pujA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
结构域编号 domain_id3pujB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1
结构域编号 domain_id3pujB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1910 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2
结构域编号 domain_id3pujB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a
结构域编号 domain_id3pujB04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)