SAXSdb — 3puk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntaxin-binding protein 3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–592	未记录	Syntaxin-4 N-terminal peptide × 1 （P70452）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10-13% PEG 3350, 0.2M MGACETATE, 0.1M MES, PH6.5, 50MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.279
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–592	未记录	Syntaxin-4 N-terminal peptide × 1 （P70452）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10-13% PEG 3350, 0.2M MGACETATE, 0.1M MES, PH6.5, 50MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STXB3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592 作者链 B； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592

Syntaxin-4 N-terminal peptide

物种未注明

UniProt P70452

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–10	片段：UNP residues 1-10	Syntaxin-binding protein 3 × 1 （Q60770）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10-13% PEG 3350, 0.2M MGACETATE, 0.1M MES, PH6.5, 50MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.279
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–10	片段：UNP residues 1-10	Syntaxin-binding protein 3 × 1 （Q60770）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10-13% PEG 3350, 0.2M MGACETATE, 0.1M MES, PH6.5, 50MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3PUK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3PUJ Crystal structure of the MUNC18-1 and SYNTAXIN4 N-Peptide complex 提交 2010-12-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–10（10 aa）片段：UNP residues 1-10	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；60% Tascimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.31 Å R-free 0.258
3PUJ Crystal structure of the MUNC18-1 and SYNTAXIN4 N-Peptide complex 提交 2010-12-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–10（10 aa）片段：UNP residues 1-10	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；60% Tascimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.31 Å R-free 0.258
8BBJ Secretagogin (mouse) in complex with its target peptide from Syntaxin-4 提交 2022-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–109（28 aa）	突变：F64L,Q80R,I167T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；0.1 M Na cacodylate pH 5.5, 0.2 M NH4SO4, 25% v/v PEGSM (PEG-smear)	分辨率 2.65 Å R-free 0.269
8BBJ Secretagogin (mouse) in complex with its target peptide from Syntaxin-4 提交 2022-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 82–109（28 aa）	突变：F64L,Q80R,I167T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；0.1 M Na cacodylate pH 5.5, 0.2 M NH4SO4, 25% v/v PEGSM (PEG-smear)	分辨率 2.65 Å R-free 0.269

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STX4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–10； UniProt 1–10 作者链 D； PDB构建体 1–10； UniProt 1–10

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3puk
沉积日期 deposition_date	2010-12-05
结构标题 title	Re-refinement of the crystal structure of Munc18-3 and Syntaxin4 N-peptide complex
关键词 keywords	MEMBRANE TRAFFICKING, SM PROTEIN, SYNTAXIN, SNARE PROTEINS, Syntaxin binding protein, ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS complex; ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.66 Å
零角强度 I(0) i0	219720000.00
分子量 molecular_weight	121260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	151250 Å³
包络体积 envelope_volume	231230 Å³
水化壳体积 shell_volume	41831 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.5 Å
壳层 Rg shell_rg	50.79 Å
包络 Rg envelope_rg	44.76 Å
形状 Rg shape_rg	46.64 Å
总 Rg total_rg	46.88 Å
总原子数 total_atoms	8521
残基数 n_residues	1116
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.7 Å
Rg (实空间) rg_real	46.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	219700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7297
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.161
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.178
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.694; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.399; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Syntaxin-binding protein 3
分子量 formula_weight	68044.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8521

MAPPVSERGLKSVVWRKIKTAVFDDCRKEGEWKIMLLDEFTTKLLSSCCKMTDLLEEGITVIENIYKNREPVRQMKALYFISPTPKSVDCFLRDFGSKSEKKYKAAYIYFTDFCPDSLFNKIKASCSKSIRRCKEINISFIPQESQVYTLDVPDAFYYCYSPDPSNASRKEVVMEAMAEQIVTVCATLDENPGVRYKSKPLDNASKLAQLVEKKLEDYYKIDEKGLIKGKTQSQLLIIDRGFDPVSTVLHELTFQAMAYDLLPIENDTYKYKTDGKEKEAVLEEDDDLWVRVRHRHIAVVLEEIPKLMKEISSTKKATEGKTSLSALTQLMKKMPHFRKQISKQVVHLNLAEDCMNKFKLNIEKLCKTEQDLALGTDAEGQRVKDSMLVLLPVLLNKNHDNCDKIRAVLLYIFGINGTTEENLDRLIHNVKIEDDSDMIRNWSHLGVPIVPPSQQAKPLRKDRSAEETFQLSRWTPFIKDIMEDAIDNRLDSKEWPYCSRCPAVWNGSGAVSARQKPRTNYLELDRKNGSRLIIFVIGGITYSEMRCAYEVSQAHKSCEVIIGSTHILTPRKLLDDIKMLNKSKDKVSFKDE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Syntaxin-4 N-terminal peptide
分子量 formula_weight	1345.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MRDRTHELRQ

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3pukA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1

结构域编号 domain_id	3pukA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2

结构域编号 domain_id	3pukA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a

结构域编号 domain_id	3pukA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3pukB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1

结构域编号 domain_id	3pukB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2

结构域编号 domain_id	3pukB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a

结构域编号 domain_id	3pukB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	170.400 Å
晶胞边长 b length_b	170.400 Å
晶胞边长 c length_c	170.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.054 Å
最低分辨率 resolution_low	45.541 Å
R 因子 r_factor	0.2407
R_work r_work	0.2387
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/pu/3puk/3puk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pu/3puk/3puk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pu/3puk/3puk.dat

Re-refinement of the crystal structure of Munc18-3 and Syntaxin4 N-peptide complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntaxin-binding protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Syntaxin-4 N-terminal peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)